慧遠的思想是十分博雜的，既有傳來的印度佛教各派觀點，也有中國傳統文化觀點，包括儒道以及玄學。這種雜，正是慧遠的特色及貢獻。
佛教傳入中國內地，至慧遠時已有二百年左右，這種外來的文化要紮下根來，必然要與中國的傳統文化相結合。南北朝時期，正是中國僧人消化改造外來佛教文化的時期，所以在這個意義上，慧遠無疑開了風氣之先，是站在這股潮流前面的弄潮者。
慧遠以「法性」為本體，認為法性的本性是永恆不變，沒有生滅的，是實在的，人要擺脫痛苦，獲得解脫，就是要體認這個本體，與之冥合，達到涅槃境界。他的思想常出入於空有之間，在他的〈沙門不敬王者論〉、〈明報應論〉諸篇上，都可略見其宗旨。
他對於佛家認為最高境界的涅槃，理解作『生絕神冥，形盡神存』的境界，其所謂『神』，即是精極為靈，不能定其體狀、窮其幽致，因此也不可能以語言來表達。
又說人生由化而有，形和神雖各殊，而相與為化則渾為一體；然而形只是桎梏，而神卻有暗中轉移的妙用，可以從這一形體相迭傳附於另一形體，有如火之可由此薪傳於異薪一般。火薪相傳這個比喻在當時本為常談，而他開始用傳於異形來解釋，具有自此傳於彼的意義。這和犢子部執勝義我為不可說法，雖執受五蘊而又有解脫可能之義很相近，顯然是受了僧伽提婆譯講《三法度論》的影響。
他說到入道之要，則主張依悟徹以求反本。所謂反本，意指不以情累其生，不以生累其神。而欲遣除塵累，必有待於運用禪觀，究生化之源，永息流轉，使神靈絕境，這就是所謂徹悟。他在廬山昏曉行道，致力禪觀，祈向淨土，都可視為他基於這一思想的實踐。
後來，他接觸到羅什的譯著，又迎請覺賢傳出禪經，研習中觀，兼究寂照相濟的說法，很得歸宗無相之旨。但他晚年談到法性無性和禪智究竟時，仍舉火傳不息，以及形累、神化等說，可見他的根本思想還是保留著，沒有完全改變。
慧遠初事道安，即以建立教法宏綱為己任，以後他更推廣此意，欲根據教法移風易俗。
他認為出家之人號為沙門，在於能破習俗的愚暗，教導有情轉向覺道。因而主張出家修行，應該與世俗上以世法為準則有所不同，應高尚其事，不敬王侯，才能變俗以達其道。
而化導世俗，在先示以罪福報應，使知去惡從善，以此來啟發自己內在的心，從而覺悟。他自己隱居廬山率眾行道，以身作則，在當時確已獲得相當大的影響。特別是他所主張的，以罪福報應導俗和以禪觀念佛入真的見解，對於後世的影響尤其深遠。
像他所倡行的念佛法門，原是用觀想功夫，到了善導時就側重稱名，形成淨土一宗。
導俗入真，固不能逸出于慧遠的遺規，所以後人仍追奉他為淨土宗的初祖。其淨土思想著重於自力，我們通過對慧遠淨土思想的考察，以及東晉時代般若學的背景探索，了解到慧遠所提倡的念佛三昧是定中見佛的般若三昧。
我們從其闡發的念佛三昧是諸三昧中最殊勝中可以看出來，原文如下：
又諸三昧，其名甚眾，功高易進，念佛為先。何者？窮玄極寂，尊號如來，體神合變，應不以方。故令人斯定者，昧然忘知，即所緣以成鑑。鑑明，則內照交映，而萬象生焉。非耳目之所暨，而聞見行焉。於是睹夫淵凝虛鏡之體，則悟靈根（相）湛一，清明自然。察夫玄音以叩心聽，則塵累每消，滯情融朗。非天下之至妙，孰能與於此哉？
遠公認為：三昧的名稱甚多，在諸三昧中，以功德高，進展容易的標準來衡量，當推念佛三昧最為第一，這是什麼緣故呢？
窮盡玄妙通達寂滅的境界，即是如來性體。如來性體，任運神妙，應合法界的幻化。隨緣妙應，無有定規。如來體性能令證入念佛三昧的修行之人，渾然消泯人我是非的界限，遣蕩種種知見，涉緣應事，如同鏡子。鏡子明亮，內照清楚，便能映現森羅萬象的相狀。即便耳與眼不能視聽的景物，但運用聞性與見性，亦能通曉無礙。
在念佛三昧中，能令塵勞掛累日漸消除，滯塞的情執徐徐融化開朗，這個境界的獲得，若不是天下至妙的念佛法門，還有什麼方法能夠達到呢？
遠公這段文句展示的念佛三昧，傾重於自性佛，著重自力修證，然以禪觀證悟，棲神淨土，兼仰佛力，如是，便避免了渺茫無主，蹈虛履空。
在慧遠大師所作的《西方發願文》之序中我們可以看出慧遠思想的特色，其序的大意是說自己的心，本來是佛，只要把心向裡面照，自然是清明的，然後持阿彌陀佛的名，念念不斷，念到一心不亂，自己的心和阿彌陀佛打成一片，到了這時候，心就是淨土，性就是彌陀，阿字和無字一般，彌是滿，陀是光和壽，阿彌陀就是無量光，無量壽，光無量就是智慧無量，壽無量就是沒有生死，沒有生死，就是了了生死，這就是大悟了，若沒有悟到無生，亦能往淨土地方去，生到淨土就是無生，無生就不生，這是盡頭處的話，若沒有證到這境界，但念阿彌陀佛的名號，即可以生到阿彌陀佛的國裡，這是阿彌陀佛的本願，所以念阿彌陀佛，是修行的最上法門。
我們從序文一開始，便可以看出慧遠的主張：我心即佛。我們修行，持誦阿彌陀佛的聖號，做到一心不亂，自己的心和阿彌陀佛打成一片，至此，心就是淨土，即是自性彌陀。由此，我們可以看出，慧遠的淨土思想著重於自力。
但善導大師的淨土思想卻著重於他力，也即仰仗阿彌陀佛的本願之力而往生。
我們從《善導大師與淨土法門》一書中可以看出來，其以九品往生皆是凡夫，說明往生非靠自力，而是仰仗阿彌陀佛的願力，以佛之願力，往生西方，即同七八九地菩薩。
在討論西方極樂世界究竟是報土，還是化土時，諸師所說不一，爭論紛紛，攝論諸師執著西方極樂世界是報土，凡夫二乘不能往生，凡夫二乘往生者，只是別時意，如果西方極樂世界是化土，那麼阿彌陀佛是化佛，令凡夫二乘皆得往生，可見西方極樂世界應為化土，報土是淨土，化土豈得真淨土？
對此，善導大師力排眾議，著重於文義並顯，大師主張，第一阿彌陀佛是報佛，西方極樂世界是報土，而凡夫之人，皆能生於報土，其所以生報土的原因，是仗阿彌陀佛強大的願力，而非眾生自力所致，如果忽略了彌陀大願，只著眼於往生者之資格而論凡夫能否往生，其說是不正確的。
由此，說明我人往生西方極樂世界是依阿彌陀佛的強大的願力。並非靠自力。此是從自力與他力關係說明兩者的比較。下面本文將從其他方面來比較。