湖泊屬於地表徑流，由湖盆構造和所容納的水體兩部分組成，一般來說氣候溼潤地區湖泊數量較多，而且多為淡水湖；而氣候乾旱地區湖泊數量較少，而且多為鹹水湖。世界上有許多著名的湖泊，世界上最大的湖泊是「裏海」，世界上最深的湖泊是「貝加爾湖」，世界上最大的淡水湖是「蘇必利爾湖」，我國最大的湖泊是「青海湖」，我國最大的淡水湖是「鄱陽湖」。
以上這些湖泊，從湖水性質來看裏海和青海湖是鹹水湖，而貝加爾湖、蘇必利爾湖和鄱陽湖是淡水湖。如果，從湖水的性質來看，世界上還有一些湖泊十分特殊，這類湖泊在湖泊中的不同位置，湖水的鹹淡性質不同。也就是在同一個湖泊中有些區域湖水是「鹹」的，而有些區域湖水是「淡」的，這類湖泊最典型的代表就是位於中亞地區的「巴爾喀什湖」，這是一個差不多一半是鹹水，一半是淡水的湖泊。
為什麼湖泊內不同區域的湖水性質會不一樣呢？我們知道，湖泊中的湖水之所以是鹹水，有兩種可能性，第一種是這個湖泊本來就是海洋的組成部分，後來與海洋分離，形成湖泊，湖水自然是鹹的，不過在漫長的地質時期內，這類湖泊如果既有水的流入，又有水的流出，也會逐漸變成淡水湖。第二種是湖泊只有水的流入而沒有流出，導致湖水中鹽分不斷積累，鹽度增加，成為鹹水湖，這類湖泊多分布在乾旱地區和高海拔地區。
巴爾喀什湖所在的中亞地區，深居內陸降水較少，年蒸發量較大，多分布鹹水湖，所以實際上巴爾喀什湖本來應該是一個典型的鹹水湖。目前湖泊東半部分湖水清澈，寬度約10-20千米，水深約25米，鹽度（10.4‰）較高，而湖泊的西半部分卻保持淡水的狀態。保持巴爾喀什湖西半部分湖水鹽度低的最重要原因是「伊犁河」的匯入，發源於天山山脈的伊犁河自東而西注入該湖，大量的淡水匯入，使得平均含鹽量僅有1.48‰。此外，巴爾喀什湖東西延伸，形態十分狹長，使得東西部分湖水的交換十分緩慢，也是導致東西兩部分湖水性質不同的原因之一。