1946年（民國35年）時，中央銀行在迪化、哈密兩所分行發行新疆省流通券，以收回地方銀元發行權，達到統一貨幣發行的目的。但是，僅僅三個月便停止了。於是特準新疆商業銀行在財政部派員監督下繼續發行省鈔，同時由該銀行向央行繳納黃金5萬兩，作為發行準備金。
到了1949年（民國38年），局勢對國民政府當局更加不利，前一年發行的金圓券（1948年8月18日，政府下令實行幣制改革，以金圓券取代法幣， 強制將黃金、白銀和外幣兌換為金圓券）已貶值到駭人聽聞的地步，其與銀圓的比價，最低時暴跌至面額的二十億分之一！後來，新疆商業銀行發行了以千萬圓為單位的紙幣，甚至最後還發行了3億、6億、30億、60億圓超高面額的紙幣。最終泛濫成災！由於民眾對紙幣已毫無信心，中央政府被迫於7月初恢復銀本位幣制。在公告發出之前，哈密分行致電已由上海搬遷至廣州的中央分行，報告新疆即日起實施幣制改革，恢復銀本位，並自行籌制一圓銀幣，此即民國卅八年新疆省造幣廠鑄壹圓銀幣誕生了。
1949年9月25日，新疆和平解放，為安定民心、維護社會經濟穩定，人民政府同意繼續鑄制流通新疆"四九"銀元，但將幣正面紀年"民國卅八年"改為公元紀年"一九四九年"，背面仍有"1949"字樣，故此幣又俗稱新疆"雙四九"銀元。從此，新疆造幣廠鑄民國三十八年壹圓銀元在發行了短短4個月後就停鑄了，最終結束了其新疆民國時期金融使命，成為最後一款民國時期地方流通的"關門幣"。亦是新疆唯一以圓為貨幣單位的大洋銀元，可謂為民國末代金融的"最後晚餐"。
新疆的造幣廠由於設備落後，工藝尚欠精湛，故新疆造幣廠鑄民國卅八年壹圓銀元質量粗糙且版式複雜，有實心版和空心版之分，如依幣正面上的漢字書寫方式及背面"1"字的寫法，可劃分為普通版、壹橫上翹版、細字版、方足1版、雜體字版、童體字版等等。另外，該幣發行之初，新疆當局嚴禁攜出省境，流入中原極少，故中國近代機制幣權威耿愛德對其評價甚高，被早期錢幣收藏界視為夢寐以求的珍品。