布爾加科夫的《大師和瑪格麗特》用一切手段探討了一個「人的存在」問題，藉助基督教題材的改寫和愛情故事的講述，作家嘗試回答一個宗教哲學問題，即「上帝是否存在和怎樣存在」，從而尋找人類的精神支柱。
小說共有32章，兩條主要的敘事線索分布其中。第一條線索是發生在古代耶路撒冷的關於「彼拉多的小說」，講述的是本丟·彼拉多如何審判和處死耶舒阿的故事。
故事的另一條線索是發生在史達林時期莫斯科社會的魔鬼的系列惡作劇，其中穿插講述了大師和瑪格麗特的愛情故事。這部分上場的主要人物是魔鬼沃蘭德和他的隨從以及大師和瑪格麗特。
這部分著力於展現一幅現代人的道德群像圖——雜技場經理「胡作非為、利用職權搞女人，什么正事也不幹」，房管所主任「為房管所賺得一筆可觀收入，自己也收受四百盧布賄賂」，經濟學家覬覦死者房產，小市民專門打探人隱私……作家藉助魔鬼的惡作劇展現了精神支柱崩塌之後的現代人生存困境。
貫穿小說始終的是魔鬼沃蘭德，他的存在是為了證明上帝的存在，同時也為了解釋上帝如何存在。
小說的題詞是這樣寫的：「你到底是何許人？」「我屬於那種力的一部分，它總想作惡，卻又總施善於人。」這是引自歌德的《浮士德》中的一段話。
沃蘭德這個名字來自歌德的《浮士德》（德文der Volande——魔鬼），他與《浮士德》中的魔鬼靡菲斯特非常相像，撒旦即魔鬼，按照《聖經》的記載，魔鬼是上帝的眾子之一，在《約伯記》中，魔鬼就人究竟能否敬神從善的問題同上帝發生了爭執，並在徵得上帝的允許下對上帝自認其在地上最可信賴的僕人約伯進行百般試煉。
人與魔鬼訂立契約，這是義大利、德國等西歐國家文學中一個常用的情節和手法，作者也同樣使用了這麼一種手法來塑造沃蘭德的形象。「魔鬼」歷來是作為「善」的對立面形象出現的。
但魔鬼沃蘭德的本質特徵是「總想作惡，卻又總施善於人」。他的出現是為了整治莫斯科城的混亂。他不是獨自來到莫斯科的，而是帶著自己的隨從吸血鬼格拉、殺人狂阿扎傑羅、胖黑貓別裡蒙特等。沃蘭德是實幹家，他很少說教，注重的是行動。
由於他造訪莫斯科並具體介入這座城市生活的各種事件，人們才知道這個魔鬼的巨大威力和他的善行。
沃蘭德是惡魔，但是他違背自己的道德本性，成為正義的保障、善的創造者和公正的法官。因此，沃蘭德不是代表惡勢力的魔鬼，而仿佛是一位完成上帝旨意，甚至在某種程度上等同於上帝的魔鬼。
布爾加科夫讓沃蘭德這個魔鬼，「上帝的對立面」置於上帝的位置，這就徹底顛覆了《聖經》思想及其形象體系。因為在基督教觀念裡，上帝與魔鬼處於永久的對立之中，上帝是善，魔鬼是惡。而且總是上帝戰勝魔鬼，善戰勝惡。
此外，沃蘭德否定《福音書》，「《福音書》裡記載的那些事純屬子虛，根本沒有發生過」。小說中的沃蘭德形象否定了《福音書》，也就否定了耶穌的存在。
在小說的最後，魔鬼沃蘭德還提醒大師他的小說並沒有真正寫完，因為大師關於耶穌與彼拉多的故事，只寫到耶穌殉難，而未提及耶穌死後彼拉多的最後結局。
魔鬼沃蘭德知道大師已矢志封筆，不願再提筆寫作，但為了再次激發起大師的創作激情，沃蘭德在引領大師與瑪格麗特去那「寬恕和永久的樂園」的路上，特意讓大師看到了他筆下的主人公總督彼拉多：
在一處巖石裸露、荒涼平展的山頂上，大師筆下的那個彼拉多仍坐在當初處死耶穌的那處荒山的圈椅裡，他的眼睛似乎瞎了，不住地搓手，那雙失明的眼睛凝望著空中的玉盤，完全沉浸在自己的思緒中。
自從他下令處死了耶穌，他就徹底地失眠了，既為自己犯下的罪過而膽怯，又為當初未能與那位被自己下令處死的耶穌繼續深談下去而追悔莫及。
於是，兩千年來，他就這樣長坐在這個圈椅裡，聽憑悔恨和痛苦噬咬自己的心。如此情形，連一貫為人作惡的魔鬼沃蘭德，也禁不住要為這個可憐人向大師求一個情。
而大師呢，最終接過了魔鬼的請求，將自由赦免給了那個苦等了「一萬兩千個月夜」的主人公。
正是魔鬼，肯定了大師與瑪格麗特之間超凡脫俗的愛情；也同樣是因為魔鬼，大師的小說才有了一個完滿的結局。
小說裡，魔鬼和他的隨從擁有不同的身份和名字，他們可以是任何人，你、我、他，名字成了一種不固定的代號，或者說，名字本身就是一種不固定的代號。
這樣的處理方式帶有一定的象徵意義，上帝存在，並且應當存在於每一個個體心中，而精神支柱——最根本的善惡觀念，也即「上帝」的存在是人之所以為人的基礎。
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