保生大帝的信仰傳說
據說保生大帝為紫微星轉世投胎，父親吳通，後追封為協成元君，母親黃氏為玉華大仙轉世，吳夲年少時曾受崑崙山西王母傳授法術，後舉科舉，官任御史，精通天 文地理，禮樂醫術，後辭官修道，行醫濟世，曾於山林之中施法救起遭虎咬死的書僮，感動書僮主人知縣江仙官與張師爺，追隨吳夲修練道術，施藥活人。閩臺民間 則流傳不少傳說，如：
醫虎喉： 吳夲於山中採藥時，遇一白額金睛老虎，因食人而骨哽咽喉，痛苦難當，遇吳真人乃垂首趨附，求其救治，真人心有不忍，乃斥責其惡，見其知悔，乃以符水施灌， 化骨入喉，此虎感恩遂化為吳真人座騎。故保生大帝廟龕之下，多祀奉有老虎神像，稱為「虎爺」、「黑虎大將」。為臺灣虎爺信仰的重要來源之一。
點龍眼： 有蟠龍患有眼疾，化為老者，請求真人醫治，真人以符水醫治。
泥馬渡康王： 傳說宋高宗為康王時，入金國為人質，趁隙脫逃，逃至吳真人廟內。心中苦於金兵追趕，無力擺脫，忽聞馬鳴，廟前竟有良駒停駐，遂乘馬疾奔南方，金兵隨後亦策 馬追趕，逃至江岸時，康王胯下座騎竟飛馳過江，擺脫追兵後，座騎化為泥馬，經高宗派人四下探訪，始知為保生大帝施力救助。（另一說非保生大帝，而是在崔府 君廟，受到崔府君的保佑。）
絲線診脈醫國母： 相傳明成祖年間，孝慈皇后患有乳疾，求訪天下名醫莫救，突有道士自稱住白礁鄉名吳夲，自稱能醫治皇后重病，並言能以絲線診脈。成祖先以絲線繫於皇后玉鐲、 貓身，皆被真人識破，成祖驚異，乃命內侍繫絲線於皇后手腕，段為乳疾，並隔屏指示施以針灸，乳疾頓消。成祖欲賜予官爵財寶，皆辭不受，騎鶴而去。皇后感其 恩德，乃立國母獅於福建白礁慈濟宮廟庭之內。
神龍化雨助太祖
明朝開國之前，太祖朱元璋與陳友諒大戰於鄱陽湖，爾時突刮滔天巨浪，正當太祖兵士將為風浪吞噬之際，大帝適時現身於雲層之上，令坐騎神龍化風雨於無形，太祖始得大勝。朱元璋於南京即位後，為感念保生大帝之恩，便於洪武五年，下令勒封為「昊天御史醫靈真君」。
玄天上帝借劍
傳說玄天上帝在悟道時，曾經割破自己的肚腹，取出內臟丟進河中，以表示潔淨過往的罪惡，從此「放下屠刀」，竭誠修道。而這些被丟進河裡的胃、腸，卻變化成為烏龜精和大蛇精，危害百姓。
玄天上帝想下凡去收服他們，一時卻找不到合用的武器，便找保生大帝商量，想向他借寶劍一用。保生大帝怕玄天上帝有借無還，就沒有答應將寶劍借給他。玄天上帝只好把自己的部屬──三十六神官神將當作抵押，保生大帝才終於首肯。可是，保生大帝只肯把劍借給玄天上帝，而把劍鞘留在自己手裡，因為祂想：要是上帝公賴皮不歸還寶劍，就可以念咒語讓劍飛回。
沒想到玄天上帝收服了龜、蛇兩妖之後，卻把寶劍緊緊的握在手中捨不得還，大道公也只有望著劍鞘生悶氣了，所以，我們所看到的廟宇中，保生大帝有三十六神官神將與劍鞘；玄天上帝則有龜、蛇二將與寶劍。
（另一說非向保生大帝，而是向呂純陽祖師借。）
大道公風、媽祖婆雨
在百年前，保生大帝與媽祖之間，一段戀情不遂，求愛被拒的大帝，逢農曆三月廿三日媽祖聖誕就作法降雨。媽祖一氣之下，也在農曆三月十五日大帝聖誕作法颳風 ，這段穿鑿附會的神話，更被傳為民間趣譚。
人世間難免會產生糾紛，而神界也不例外。在民間相傳著這樣一段傳說：傳說神界的單身貴族大道公與媽祖曾有一段羅曼史，保生大帝得道後見媽祖端莊賢淑，便展開追求攻勢，而媽祖見其宅心仁厚，也萌生愛意，倆神情投意合，共同譜下一段「堅定的友情」。一日，媽祖乍見母羊產子之苦，毅然慧劍斬情絲與保生大帝斷絕往來，大帝無端被拋棄非常懊惱，乃在媽祖誕辰（農曆三月二十三日）遶境時施法下雨，淋洗媽祖臉上脂粉；欶封「天上聖母」的媽祖也不是省油的燈，掐指一算，算出破壞美貌的是保生大帝，來年農曆三月十五日保生大帝聖誕，媽祖也施展神力，瞬間狂風大作，把保生大帝頂上帽子吹落在地。因此每逢媽祖誕辰便經常下雨，而保生大帝誕辰則常會颳風，此即民間氣象諺語：「大道公風，媽祖婆雨」的由來；若當天無風無雨，信徒就說：今年大道公和媽祖婆和解了.
其實，每年三月間颳風下雨，是節氣的影響。農曆三月中旬正值廿四節氣中的清明，氣候濕潤，風生水起，因而颳風降雨是自然的現象。民間穿鑿附會，把自然現象帶入一段保生大帝與天上聖母鬥法故事，益添民間信仰的趣味性。
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