南非政府19日證實，當地出現變種新冠病毒（即新毒株），可能是導致第二波疫情加劇的原因，正與世界衛生組織合作研究新毒株的特性。
南非衛生部長在推特上發文稱，基因科學家分析疫情從3月爆發以來收集的數百個樣本，發現１種名為「501.V2」的新毒株，最初在東開普省曼德拉灣 的患者身上發現，不清楚其源頭，而新毒株有3種突變。 證據顯示該國第二波疫情可能由新毒株引起，病毒傳播速度比第一波快，但不知道是否更致命。 醫師亦提供了臨床流行病學圖像轉變的證據，指出更多沒有慢性病的年輕患者嚴重不適。
非洲的新冠肺炎疫情持續蔓延，19日累計病例突破250萬件，南非是區內疫情最嚴重的國家，至今已有逾91萬人染疫、2.4萬人病歿。 多國政府實施封城、宵禁及限制聚集，以遏止病毒傳播，奈及利亞無限期關閉學校、嚴禁舉行演唱會、嘉年華及街頭派對，首都拉哥斯的上班族在家工作；剛果同樣宣布宵禁及下令國民 在公共場所佩戴口罩。