通過語言學來分析人類歷史是一個重要的方式，因為人類的語言都是從簡單到複雜不斷發展的，一旦幾種語言在淺層特徵上有相同特徵，那麼可以判斷這些語言是從同一種語言發展出來的，即這幾個民族在遠古屬於同一民族。
比如漢語和藏語、緬甸語是親戚，這幾種語言很多是孤立語，有聲調，單音節詞根佔多數；有量詞，以虛詞和語序作為表達語法意義。後來經過研究發現，大約5000-7000年前，在今天甘肅青海一帶的原始漢藏民族出現分化，一支東進參與了漢民族的形成；一支進入青藏高原，與當地土著融合形成了藏族；還有一支經過橫斷山脈南下，進入緬甸，成為緬甸人。
現在在語言學中，把有親緣關係的語言稱為「語系」，通過分析語言所屬的語系，可以判斷該民族的起源。
語系分布地圖，除了日語外，朝鮮語也有爭議，不過朝鮮語的阿爾泰語系特點比較重
不過，這世界上有一種常用語言是除外的，這種語言非常複雜，至今都無法判斷語系，這也使得該民族的起源成為人類學中一個著名的課題，這就是日語。
日語屬於哪個語系呢？這個還真不確定，因為日語實在是太複雜了，很多語系的特點都有。
當然，不能確定語系不代表不能分析其特點，做出假說。關於日語如何分類有不同說法。
明治時代末期，日本部分學者提出「日語屬於阿爾泰語系」的說法，其根據是古代的日語（和語）的首個音節不會出現r音（流音）、日語有元音和諧律等理由。因此，甚至在日本也流行過一陣「圖蘭主義」。
但是，這些特點是孤立的，完全難以證明日語和被認為屬於阿爾泰語系的各種具體語言之間相互存在親屬關係。因此，古代日語的上述特徵只能證明日語在類型上屬「阿爾泰型」的語言，而不能證明更多。
也有人認為日語屬於南島語系，因為它們認為日語在音韻體系和詞彙上有類似之處，然而詞例並不充足，也有很多例子只是推斷，並不確定。而且這種觀點並不受到主流接受，因為找不到音韻演化的有規律性關係。
甚至有人認為日語和達羅毗荼語系之間存在關係，但承認這一觀點的學者較少。大野晉認為日語在詞彙、語法方面和泰米爾語有共同點。
日語當然也從中國學來了很多東西，但底層特徵是不會變得
那日語是不是和漢語是親戚呢？畢竟日本文明是從中國學來的嘛。日語和漢語當然有聯繫，日語音韻中的拗音等就是來自於漢語，此外日語模仿古代漢語書面語的文法、語法的行為，使得人們在日語文法、語法和文體上都能看見漢語對日語的影響。
但是，日語和漢語基本不可能是「親戚」，持有這種觀點（即日語屬於「漢藏語系」）的人非常少，日語身上漢語的特徵完全是之後有意學過來的，在底層特徵上日語和漢語差太遠了。漢語是孤立語，而日語是黏著語。而且日語的基礎詞彙和漢語完全不對應。
為什麼日語這麼複雜？其實這隱含著的事實是：日本人的起源很複雜！
日本列島在地理上處於距離人類起源地（非洲）最遠的地方，所以日本出現人類歷史很晚，非洲人到達亞歐大陸，一路東進，之後才到日本。
但問題是，這些人是什麼時候到的日本呢？
古代日本列島和大陸實際上並不是完全分離的，在距今約一萬多年前的冰河時期，日本才與大陸完全脫離，在這之前，日本和大陸之間是有「陸橋」存在的。
所以，最初的日本人應該是通過這些連接處從大陸到的日本。
這一批最古老的日本人被稱為「繩文人」，這「繩文人」具體是哪些部族的後代並不清楚，日本國立科學博物館率領的研究團隊解構了一具女性繩文人遺骸的DNA，推定繩文人大約從3.8萬年至1.8萬年前從亞洲大陸去到日本，並與中國漢人有著共同祖先。不過，這只能說明有部分繩文人是源於中國大陸。
那麼，是否也有一批人是從南島過來的呢？或者從西伯利亞等地來的呢？這也不知道，比如人類學的研究顯示繩文人並不是單一族群，Ishida等人在2009年指出大部分的繩文人似乎與青銅時期的南部西伯利亞人相似。但九州、四國、本州南部某些地區的繩文人則與東亞人相似。
日本部分人的體毛很茂盛，和東亞其它民族差異顯著，這便是繩文人特徵的遺傳。
有些日本人的特徵和繩文人相似
這批日本人並沒有建立先進的文明，因為和大陸脫節，所以他們長期過著茹毛飲血的生活，現代日本文明是由彌生人建立的，彌生人從哪裡來的這倒是確定：中國大陸和朝鮮半島。一般認為彌生人是來自江南吳越地方的水稻農民，以及來自齊國（今中國山東省）、朝鮮半島等地，這些人是公元前10世紀到公元3世紀到日本的，帶來了水稻耕作、金屬器具等先進的生產方式。
彌生人徵服了繩文人（日本傳說中神武天皇東徵等就是對這一段歷史的隱喻），建立了日本文明，雖然總體來說，彌生人佔了優勢，但是從血統和文明來說，繩文人的特徵當然也融入了進去。
有些人可能想：那簡單啊，既然彌生人佔據了優勢，那他們的文化自然是強勢文化了，日語自然源於他們的語言嘍。既然來自大陸，那自然和大陸有關。日語當然應該和漢語同源。
這麼想就太簡單了，彌生人到日本的時候，漢文明根本沒擴張到東南沿海，而從大陸南方去日本的這批人說的更不是漢語。部分彌生人可能是說一種南亞語系或壯侗語族語言，因他們的農業用語似乎有南方語言成分，彌生人在從東亞大陸南部遷移到日本之前與南島有聯繫，這表明日本語系的最終來源可能包括東亞大陸南部。有類型學的證據表明原始日語可能是單音節的，SVO語法和孤立語言，這些特點也是南亞語系語言的特點。
再融合之前繩文人的語言特點，這麼多語言混合在一起，形成了複雜的日語。有些人是從北方庫頁島這些地方進入的日本，這些人的語言可能就有阿爾泰語系的特點；而從南方，經過琉球到日本的，可能就有些南島或者南亞語系的特點。
也正是因此，日語的語系至今不能確定。
作者：雲帆