從零開始學生信-orthofinder的安裝

2021-03-02 生物信息分析學習

【說明】：由於沒有準備實例，本文只進行安裝和介紹。orthofinder的使用很簡單，可以先行查看help信息。

【注意】：orthofinder由python2編寫，請在安裝或使用前將python3注釋掉。

【下載】：conda install orthofinder # 用conda 2 進行安裝，一次安裝不成功者請重試（附帶軟體很多），提示更新conda時，請更新。

【Tip】由於是剛開始搭建生信分析環境，沒有給orthofinder單獨配一個環境空間，orthofinder安裝好之後，基本的基因分析軟體也安裝好了。

那麼orthofinder具體包含了些什麼軟體呢？

包括兩兩比對軟體：blast，diamond。# diamond快，且宣稱其方法和比對結果並不比blast遜色（快一千到一萬倍，實測差別不大）。

包括多重比對軟體：mafft，muscle。# muscle最快，mafft最準，這兩個軟體在多序列比對中宣稱排前二（當然，一般會用gblock或bmge進行非保守序列過濾）。

包括建樹軟體：fasttree，raxml，iqtree。# fasttree最快，raxml和iqtree較準。

包括聚類軟體：mcl。# orthofinder套用的聚類軟體

包括其他重要的包和依賴。# 一般生信分析軟體都會涉及的依賴，很多都在裡面，比幾年前友好很多。

【總言】：orthofinder打包了很多生信分析軟體，對orthoMCL進行了優化。

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