元治元年（1864）的禁門之變（蛤御門之變）讓京都大半市街燒成一片灰燼，北從一條通，一直到南邊的七條、東本願寺一帶的街區、社寺全都燃燒殆盡。不久後，德川慶喜還政於天皇，明治時代揭開序幕。
明治四年京都府頒布通知，允許建造三層、四層樓建築，不過本二階建築漸增，町家建築繼承江戶時代的工法，到了明治中期已經可以建造出洗鍊而質優的町家，例如當時已經出現「貸木造」（注一）樣式的屋簷。現在在西陣和室町一帶仍留有許多當時的町家。此外，從這個時期開始紛紛蓋起紅磚造的洋樓，京都的市街也漸漸「響起文明開化之音」（注二）。
進入大正時代後，部分町家開始出現變化。拆掉出格子，窗戶安裝黃銅管制的格子窗欞，壁板改貼花崗巖或磁磚，建具部分則以「東障子」（玻璃拉門）取代室內拉門，新潮時髦的町家登場。此外，住宅地向郊外擴展，隨著新的住居接連蓋起，家屋的構造也跟著大為改變，平安時代以來一家挨著一家、連綿不絕的京町家開始產生變化。
住居專用的「大塀造」町家就是在這段時期出現的。大塀造町家是一種建築式樣，面向道路一側築有高牆，入口和主屋間則設置了前庭，當時大多作為醫生、學者、藝術家、富商等人退隱後的住所之用。
一直到昭和10年左右都還有新的京町家陸續建成，除了少部分例外，在那之後就不再興建人稱「京町家」的木造建築了。原因之一，在於昭和25年制定的建築基準法中，將木造軸組工法的京町家認定為「現有不符合資格的建築物」。從此之後大約有半個世紀，別說是蓋新的町家，就連從事町家修繕的木工和泥水匠等專門人員都減少了。
昭和30年後高度經濟成長的浪潮來襲，也為京町家帶來了變化。因景氣大好深受其惠的商業地帶，老舊的町家紛紛拆除改建大樓，或整修成「看板建築」，也就是只有外觀為西式風格的建物。
此外，當時流行在跑廊的水泥地上鋪設並架高地板，消除臺所或座敷等房間與地板之間的高低落差。這種稱為「東京臺所」的風格受到主婦們壓倒性支持，短短的時間內便深入京都人的家中。配合新的生活樣式，京町家的設計和使用方式也跟著大幅改變，像是用合板覆蓋牆壁和天花板等等。
此外，1980年後半到1990年左右的泡沫經濟時期地價飛騰，連帶推升了固定資產稅和遺產稅，接連出現町家屋主為了繳納高額稅金，不得不出售土地或家屋。像這樣各種因素交錯，町家快速地消失在京都的市街中，而長久以來井然有序的街區則見高樓大廈和公寓大樓日益增加。