在300餘年的漫長歲月中，沙皇時代視西伯利亞為「國內殖民地」。在西伯利亞長期奉行「懲罰式的墾殖」政策。圖為1885—1886年被沙皇俄國流放到西伯利亞地區做苦役的戰俘，罪犯、政治犯。
西伯利亞成為國內外有名的苦役流放地，西伯利亞流放是俄國社會政治鬥爭的「晴雨表」。同時,它給西伯利亞開發帶來嚴重的負面影響,是西伯利亞勞動力匱乏、社會經濟發展遲緩的重要原因之一。
自16世紀末起，西伯利亞這個「金窖」在沙皇統治的陰霾下變成了一條「罪孽的袋子」苦役流放地。 俄國史上著名的「銅鐘流放」開啟了西伯利亞流放之先河，後來登上沙皇寶座的鮑裡斯·戈都諾夫成為西伯利亞流放制的始作俑者。
西伯利亞流放是俄國社會政治鬥爭的晴雨表，它同難以計數的與沙皇專制奮力抗爭者聯繫在一起。俄國曆次農民戰爭的眾多參加者都是西伯利亞流放制度的犧牲品。
隨著沙皇專制制度的不斷加強,西伯利亞流放制逐步形成，1649年沙皇阿列克謝·米哈伊洛維奇頒布一部重要法典，使農奴制度在俄國最終確立。該法典首次把流放西伯利亞作為一種刑罰固定下來，規定流放西伯利亞是僅次於死刑的重刑，並指定新建不久的雅庫次克及勒拿河流域為流放地。17世紀下半葉，每年流放到西伯利亞的人數最多可達6000～9000人。
在官場傾軋中失勢的人也是西伯利亞流放的承載者，1728年彼得二世將聲名顯赫的亞·達·緬希科夫公爵發配到鄂畢河下遊荒涼的別廖佐沃鎮。「比隆苛政」時期在俄國供職的來自波羅的海沿岸的一些高官也「光顧」西伯利亞，其中比隆及掌握軍權的布·克·米尼赫被流放到彼雷姆,總攬外交事務的安·伊·奧斯捷爾曼被流放到別廖佐沃鎮並死於這裡。類似的例子不勝枚舉。
彼得大帝開創了強迫移居西伯利亞的時代，1698年發動叛亂的射擊軍約600人被放逐到西伯利亞，他們幾乎遍及西伯利亞的每一座城堡。