公元前219年，秦始皇為求長生不老，派遣方士徐福入海尋藥。徐福率領童男童女若干幾次入海，最遠到達今天的日本列島，並把中華文明傳入日本。以上就是史記中記載的徐福東渡的故事，中國人也依據徐福東渡的故事以日本文化的開創者、甚至是日本人的祖先自居。然而史記真真假假，其很多內容也已在後世的考證中出現了很多破綻，所以徐福是否真的是我們口中所說的日本人或者日本文化的祖先還有待研究。
就日本民族的由來來說，目前學界包括日本國內在內總共有四種理論。第一種理論在日本最受歡迎，認為日本人來自於公元前兩萬年以前的遠古冰河期人類。第二種理論也在日本流傳甚廣，認為日本人來自於公元四世紀的中亞遊牧民族。第三種理論理論是目前學界最認可的一種說法，即日本人是古代朝鮮人的後代，然而這個理論在日本國內卻最不受待見。而最後一種理論認為現代日本人來自於以上幾種民族的融合。
研究日本人和日本文化，不得不提的兩個時代就是繩紋和彌生。讓我們先從繩紋時代開始。考古學顯示，日本在遠古時期就有人類居住。大約50萬年前，人類經由路橋來到當時還與亞洲東部大陸連在一起的日本。大約13000年前，日本的原住民在熬過了一個冰川期之後進入了發展期，一個最主要的變革就是陶器的發明，也正是陶器的發明使得當時日本人口呈現爆炸式的增長，就是這個時候開始，日本進入了前後綿延一萬年的繩紋時代。繩紋人一直過著狩獵採集的生活，並在陶器的幫助下開採豐富的食材。同時，因為孤立的存在於海洋上的一座島上，日本一直處於與世隔絕的狀態，而這種狀態終於在公元前400年被打破，因為朝鮮人來了。
與朝鮮半島一海峽之隔的日本西南端最先開始出現新的生活方式，鐵器以及大規模的農業是繩紋時代日本人聞所未聞的新事物，依靠著鐵器以及大規模集約化的農業，日本進入高速發展期，也就是彌生時代。之所以認為朝鮮人是日本人的祖先，最初的表現來自於對彌生時代的考古學發現：在同一時期，日本與朝鮮從技術到文化很多方面存在相似性。當然很多人會認為這種影響也可能是反向的。然而，需要指出的是，對於農業和技術來說，人類歷史遵循這樣一個原則，那就是全球範圍內只有幾個獨立發展出農業的地區，而這些地區則享有技術發展的先機，然後臨近的人類社會借鑑這些成果繼而開始發展。中國就是獨立發展出農業的地區，農業和技術從中國傳到朝鮮（已於日本繩紋時代同期發展出小規模農業）再由對馬海峽傳到日本，這無疑是一條可靠的文化傳播路徑。
人類基因學的研究再一次佐證了朝鮮人是日本人祖先的設想，繩紋人的頭骨顯著區別於現代日本人，而與阿伊努人接近，彌生人的頭骨則接近現代日本人。同時，基因學家假設現代日本人是類似朝鮮人的彌生人與類似阿伊努人的繩紋人融合的後代，嘗試著去測算了這兩種基因庫的各自影響。結果表明，在現代日本人的基因庫裡，朝鮮/彌生基因總體佔主導地位，繩紋人/阿伊努人的基因自南方開始向北逐漸減少，這也與朝鮮人最開始從南方登陸，把阿伊努人/繩紋人趕到北方的設想相吻合，要知道，阿伊努人一直到19世紀末都還佔據著本州島北部和北海道大部分地區，有南方溫暖的地區不要卻聚集於北邊寒冷的土地，如果不是外力的作用，還能是什麼？
於是一個相對可靠的結論就這樣得出了，繩紋人從公元前一萬多年前開始直到公元前四百年來都是作為日本原住民存在於日本島上，公元前四百年朝鮮人從對馬海峽來到日本南方，開啟了彌生時代。繩紋人要麼是被同化，要麼就是被驅趕至北方氣候惡劣的地區，而阿伊努人就是繩紋人的直接後代。至於現代日本人很可能就是參雜了大部分朝鮮人基因與少部分阿伊努人基因的後代。
所以日本人目前不得不面對的一個現實是，不論從考古學還是基因學的角度來看，日本人都很有可能是朝鮮人的後代，可是考慮到日本人孤傲的性格、與朝鮮民族的世仇以及亞洲獨大的地位，日本人很難接受這樣一個事實。而回到開篇的話題，我們也可以得出一個結論，那就是徐福肯定不是日本人的祖先，可能徐福本人真實存在，徐福東渡的故事也確有其事，但是徐福最多就是有部分後代留存於日本，這樣的結論一點也不新奇，考慮到中日朝鮮三個民族一衣帶水的關係，民族融合在可預見的範圍內發生是完全可以接受的。而徐福東渡是否加速了彌生文化的發展，則是另外一個話題了。