1.「理」與「氣」不離不雜
太極只是一個「理」，只是天地萬物之理；理不離氣，氣不離理，理氣相即，所謂太極正表明理氣一體渾成的特點。
氣是形成事物的形質之體的根源，形器實質的存亡生滅，都是氣的聚散；而氣之聚散的根據，則是理。
理在氣中，理氣一體渾成，理與氣是構成此世界的兩大根據。
有此理，此世界有了存在的根據、價值和意義，理是此世界有差別相的統一者，此理是莊嚴肅穆、潔淨空闊的。
有此氣則形成了此形質的世界，氣是一個永無終止的流行之物，它聚散、障蔽，充滿隨機性和偶然性。
理氣一體渾成是在此世界上看。太極是天地萬物之理，在天地言，則天地中有太極；在萬物言，則萬物中各有一太極，渾成之理備於天地間萬事萬物。
《朱子語類》卷一云：
「天下未有無理之氣，亦未有無氣之理。」
又說：
「天地之間有理有氣。理也者，形而上之道也，生物之本也。氣也者，形而下之器也，生物之具也。是以人物之生，必稟此理然後有性，必稟此氣然後有形。」（《答黃道夫》一，
《文集》卷五十八）有理必有氣，有氣必有理，才能生成真切實際的天地和萬事萬物。
不過理為形上之道，是生物之本原；氣為形下之器，是生物之資具。人與物稟受此理而成自身之人性或物性，稟受此氣而成就自身之形體器質。
正因為理氣對於此世界中人物之生成作用不同，所以理氣雖一體渾成，卻不妨將二者相區別開來。
朱子云：
「所謂理與氣，此絕是二物。但在物上看，則二物渾淪，不可分開各在一處，然不害二物之各為一物也。若在理上看，則雖未有物而已有物之理，然亦但有其理而已，未嘗實有是物也。」（《答劉叔文》一，
《文集》卷四十六）「在物上看」，就是從具體而真實的事物來看，這可以說是一種常識的看；「在理上看」，則是從事物的本原根據上看，這可以說是一種哲學的看。
從具體而真實的事物來看，理氣渾淪一體不可分開，「理」與「氣」不離，但從事物的本原根據上看，理是理，氣是氣，理為形而上者，氣為形而下者，理氣不同類，理與氣「絕是二物」，並且，較之氣，理則更為根本，理是事物存在的根據。
這就是朱子的理氣既不相離又不相雜的思想。
2.「理」「氣」先後的問題
《朱子語類》卷一載：
或問：理在先，氣在後。曰：理與氣本無先後之可言。但推上去時，卻如理在先，氣在後相似。
或問：必有是理然後有是氣，如何？曰：此本無先後之可言，然必欲推其所從來，則須說先有是理。
或問先有理後有氣之說。曰：不消如此說；而今知得他合下是先有理後有氣邪？後有理先有氣邪？
皆不可得而推究。然以意度之，則疑此氣是依傍這理行。及此氣之聚，則理亦在焉。
蓋氣則能凝結造作，理卻無情意，無計度，無造作。
這三則語錄基本代表了朱子晚年對理氣先後關係問題探索的最後結論。
由上述可知，對朱子來說，理構成了萬物的性，氣構成萬物的形，人物的生成是「理與氣合」，故從此世界的構成或理氣一體渾成的角度看，理不可能生氣，氣亦不可能生理，理與氣只是兩種不同的存在，並無生成關係與時間先後的間隔可言。
在這幾則語錄中，朱子所謂的「理與氣本無先後之可言」也說明了這一點，由此看來，朱子是主張理氣無先後可言的。
然而，在「理」「氣」先後問題上，朱子及其門人又都不以這種理解為滿足，總是要不斷地追問，理與氣究竟何者為先？
從這幾則語錄中，朱子所謂的「推上去」「推其所從來」之意來看，他們這種刨根究底所追問的「先」顯然不是時間先後的「先」，而是理與氣何者更為根本。
按照朱熹這些說法，第一，理與氣實際上無所謂先後。
第二，從邏輯上『推上去』、『推其所從來』，可以說理在氣先。
這裡要注意的是，不是說推論的結果理在時間上先於氣，而是說這種推論及其結果本身只表明理氣的先後是一種邏輯上的關係。
當朱子及其門人從理與氣何者更為根本的意義上說「先有理後有氣」時，他們對理與氣究竟何者為先的理解則無疑為一種哲學理解，「先有理後有氣」這一命題也無疑為一哲學命題。
朱子究竟是如何從哲學理解的角度，對「先有理後有氣」這一命題作出具體說明的。
朱子云：
「要之，也先有理。只不可說是今日有是理，明日卻有是氣，也須有先後。且如萬一山河大地都陷了，畢竟理卻只在這裡。」（《語類》卷一）
朱子在這裡明確指出，在理先氣後的說法上不可以摻雜「今日」「明日」這些時間概念。
要之，理氣先後是指的邏輯上的先後，而不是指的時間上的先後。
理與氣，在此世界要有一起有，無無理之氣、無氣之理。
但「也須有先後」，「山河大地」都是物，物有生存毀滅，理卻常存不息，而天地之理的常存不息，故又能再生出天地萬物來，朱子在此是從天地之理的恆常性來說明「先有理後有氣」這一哲學命題的。
朱子云：
「以本體言之，則有是理然後有是氣。」（《孟子或問》卷三）
朱子在此所謂的「本體」即事物存在或發生的根據。
對朱子來說，「以本體言之」，理是本、是體，是事物存在或發生的根據，理決定氣，朱子在此是從本體、本原的角度來推論和說明理氣的先後問題的。
朱子云：
「理未嘗離乎氣。然理形而上者，氣形而下者。自形而上下言，豈無先後？」（《語類》卷一）
儘管理與氣，猶呼吸，猶終始，循環無端，「理未嘗離乎氣」，但「理」畢竟屬形而上者，「氣」屬形而下者，故由上及下，由理言氣，自是理在先、氣在後，朱子在此是從形上、形下之分的角度來說明理先氣後的。
準上所說，「先有理後有氣」這一哲學命題所顯示的是：理是終極的實在，是萬事萬物的本原與根據，理決定氣而非氣決定理。
當然，朱子對「先有理後有氣」作一哲學理解和說明的目的也是為了給儒家的人倫道德提供宇宙本體論的論證：
如未有君臣，已先有君臣之理在這裡，不是先本無，卻待安排也。（《語類》卷九十五）
未有這事，先有這理。如未有君臣，已先有君臣之理；未有父子，已先有父子之理。不成元無此理，直待有君臣父子，卻旋將道理入在裡面？（《語類》卷九十五）
對朱子來說，君臣父子之間的忠孝之理決定君臣父子關係，是處理君臣父子關係的根據，故在此意義上，朱子認為：
「未有君臣，已先有君臣之理；未有父子，已先有父子之理。」
並且，朱子哲學體系中的人倫道德之理與作為終極實在的宇宙本體論的「理」是貫通和一致的，而作為終極實在的宇宙本體論的「理」具恆常性、普遍性，故儒家的人倫道德之理亦具恆常性、普遍性，從而為儒家的人倫道德提供了一種宇宙本體論的論證和說明。
毫無疑問，朱子這種對儒家人倫道德的宇宙本體論論證與說明，不僅是對二程「理」本論的一種繼承，而且也是對二程「理」本論的一種發展，使其更具思辨性和理論深度。
3.「理一分殊」
「理一分殊」的觀念始於程頤，在朱熹的哲學中則得到了進一步的豐富和發展，他主要是用「太極」的觀念來論述這一思想的：
蓋合而言之，萬物統體一太極也；分而言之，一物各具一太極也。（《太極圖說解》）
太極只是天地萬物之理。在天地言，則天地中有太極；在萬物言，則萬物中各有太極。（《語類》卷一）
本只是一太極，而萬物各有稟受，又自各全具一太極爾。如月在天，只一而已，及散在江湖，則隨處而見，不可謂月已分也。（《語類》卷九十四）
在朱子看來，天地萬物總體而言只有一個太極或一理，此太極此理散在萬物使萬物各具一太極一理，此即「理一分殊」。
故在此意義上，朱子認為：
「只是此一個理，萬物分之以為體。」（《語類》卷九十四）「是有天下公共之理，未有一物所具之理。」（《語類》卷九十四）
這表明對朱子來說，理都是普遍的，沒有特殊的，「理一」與萬物所各具之「理」的關係也並非我們所說的一般與個別、抽象與具體、全體與部分的關係，而是具統一性、普遍性的本體之「理」與此「理」在萬物上的用的關係，萬事萬物之理皆是此統一性、普遍性的本體之「理」的體現。
朱子常以「月印萬川」和「隨器取量」二例來闡明理一分殊之內涵。
「月印萬川」本是釋氏用來闡明真假兩界一多相攝理論的例子，朱子在此隨手借用，已滌除其間的佛家理論內涵，而代之以程顥「體用一源，顯微無間」作為背景，認為太極之理統攝人物分殊之理。
在「隨器取量」的例子中，朱子說：
「人物之生，天賦之以此理，未嘗不同，但人物之稟受自有異耳。如一江水，你將勺去取，只得一勺；將碗去取，只得一碗；至於一桶一缸，各自隨器量不同，故理亦隨以異。」（《語類》卷四）
從性質來說，隨器取量之水雖分量不同，但皆為水，也即譬況人物所稟受之理為一；然而器有大小，故水在不同器中也就有多少之別，此即比喻：人物所稟受之理雖一，但因受各自所稟受的氣的粹駁不同的影響，故此「理一」在各個具體的人與物上的表現則有偏有全。
總起來說，朱熹無非是想說明「萬個是一個，一個是萬個」（《語類》卷九十四）的道理。
朱子之師李侗曾說：
「吾儒之學，所以異於異端者，理一分殊也，理不患其不一，所難者分殊耳。」（趙師復《跋延平答問》引）
朱子正是通過對這種「理一分殊」思想的闡發來抵禦佛老思想和維護儒家的人倫規範的：
理只是這一個，道理則同，其分不同，君臣有君臣之理，父子有父子之理。（《語類》卷六）
萬物皆有此理，理皆同出一原，但所居之位不同，則其理之用不一，如為君須仁，為臣須敬，為子須孝，為父須慈。物物各具此理，而物物各異其用，然莫非一理之流行也。（《語類》卷十八）
對朱子來說，萬物所同出的「一理」亦即具統一性、普遍性的本體之「理」是通過「分殊」以見其用的，各種具體的人倫道德規範都是此「一理」的體現，如果不能了解此「一理」之用之「分殊」亦即各種具體的人倫道德規範，那麼此「一理」即是「空」理，與佛老無別，故他強調道：
「蓋能於分殊中事事物物、頭頭項項理會得其當然，然後方知理本一貫。不知萬殊各有一理，而徒言理一，不知理一在何處？」（《語類》卷二十七）
朱子尤為注重「理一」在「分殊」或「用」中的那種差序之愛，以及個人對不同對象所承擔的義務的差別，他說：
「自天地言之，其中固自有分別；自萬殊觀之，其中亦自有分別。不可認是一理了，只滾做一看，這裡各自有等級差別。且如人之一家，自有等級之別。所以乾則稱父，坤則稱母，不可棄了自家父母，卻把乾坤做自家父母看。且如『民吾同胞』，與自家兄弟同胞，又自別。」（《語類》卷九十八）
一個人首先是愛自己父母，然後再及他人和物，一個人對父母、兄弟、他人及萬物所負有的義務也自有等級差別，這是次第自然如此。
朱子對「理一分殊」思想的闡發正是為了揭示和凸顯儒家差序之愛，以及個人對不同對象所承擔的義務自有差別這些「儒家性」品格。