臺海軍所謂「敦睦艦隊」磐石艦暴發群聚感染，截至23日已累計確診29人，成為臺灣防疫的最大破口。但民進黨當局相關部門含糊其辭，在相關的關鍵消息上一再改口，引發外界質疑。臺灣媒體報導稱，磐石艦返港時，聯檢小組登船檢查竟然只花了不到一個小時就草草完事，還有綠營前民代爆料稱，聯檢小組要求開立「全艦新冠肺炎檢測陰性」的假報告。
臺行政機構負責人蘇貞昌：「發生『敦睦艦隊』磐石艦這一個事情，確實有許多缺失，沒有到位。任何每一個細節，每一個點都要查核清楚，我們痛定思痛，亡羊補牢。」
蘇貞昌在臺行政機構會議上發話，稱臺軍所謂「敦睦艦隊」產生防疫漏洞後要開始亡羊補牢，首先就是釐清疑點。但所謂「敦睦艦隊」支隊長陳道輝日前在接受民代電話質詢時明確表示，有通報1人有發燒情形，臺海軍艦指部的資料中為何卻沒有？
臺防務部門副主管張哲平：「我也不見得認為他是隱匿啦，那今天支隊長也講，他可能記錯了。我們所有數據裡面，他確實是有回報，他回報不是表格的填報，而是文字的敘述，他的敘述裡面是扁桃腺發炎。」
臺防務部門竟稱，陳道輝改口說自己可能記錯了，臺軍方信息模糊至此，令外界霧裡看花。臺灣媒體更進一步爆料稱，磐石艦返港時，聯檢小組連同監察官、後勤官、保防官以及左營海軍總醫院醫師等人登船檢察，卻沒有臺灣流行疫情指揮中心的人員，傳出半小時左右就草草檢查完畢。
同期：臺防務部門副主管 張哲平：我們依序是在7點半，聯檢人員來登艦做聯合檢查上船，8點半作業完成。
臺海軍前「副參謀長」蘭寧利：「港裡面下錨，然後檢疫的話，大概要4個多小時左右，我那個時候軍艦是290人。」
臺媒指出，「磐石艦」的聯合檢查時間跟臺海軍前輩的經驗落差太多。而民進黨籍前民代林靜儀也爆料，聯檢小組曾要求左營海軍總醫院開立「全船官兵都新冠肺炎檢測陰性」的假報告，就是「便宜行事」。
臺防務部門副主管張哲平：「不瞞大家說，我們在事件一開始的時候，我們其實看了媒體的一些反映。我們自己勾稽一些可疑的地方，很謝謝TVBS提供我們這個信息，我們想我們應該會納入，我們絕對會納入，我們未來調查的一個要項裡面。」
對於臺灣媒體曝出臺軍聯檢太隨便的問題，臺防務部門竟稱，看完媒體反映後會納入後續調查。但臺軍方的馬虎大意，已經讓病毒可能在全臺灣流竄。被列入健康自主管理名單的臺海軍司令劉志斌23號下午在臺軍方的電視節目上公開向臺灣民眾道歉，並自請處分。
同臺「海軍司令」劉志斌：「我身為『海軍司令』，責無旁貸，要表達最誠摯的歉意，一定肩負起最大的責任。」