1946年3月17日，南京航空委員會DC47型222號專機，從青島起飛後即遇大霧。經與龍華機場聯絡後，得知上海方氣候惡劣無法降落，飛機的乘坐者戴笠當即命令轉飛南京。
下午1時左右，當飛機抵達南京郊縣江寧板橋鎮上空時，遭遇雷雨天氣，一頭栽倒在板橋鎮以南不足200米高的戴山半山腰上。機上13人全部遇難，無一倖免。3月19日下午，戴笠的屍體被從墜機現場清理出來，送往殯儀館整容換衣，然後放入楠木棺材內。
戴笠此人殺伐果斷從不遲疑，但卻非常迷信。她本名戴春風，當瞎子算命說他五行缺水時，便給自己改名，曾經使用的化名也奪與水有關，如塗清波、沈沛霖、洪森等。其中「沈沛霖」用得最久，戴笠認為自用了這個化名後，自己事業如日中天，一帆風順。
此刻，戴笠的飛機撞在了「戴山」上，屍骨落在了「困雨溝」。在飛機失事處，還有一座不大的戴家廟。迷信的軍統特務認為戴山、戴家廟都是收戴笠之魂的地方，「雨農」逢「困用溝」自然沒了命。另外，出事時飛機上剛好有13人，正犯了戴笠的忌諱。
也許戴笠命該如此。
4月1日，軍統局在重慶舉行隆重的戴笠追悼會，所有軍統內外勤的大特務全部到會。老蔣親自到會主祭，號召特務們要完成戴笠生前「遺願」，繼續做好特務工作，並在講話中流了淚。
隨後，老蔣下令在全國範圍內為戴笠舉行公祭。4月中旬以後，全國各大城市紛紛舉行了公祭活動。5月26日，戴笠的把兄弟杜月笙在上海主持了隆重的祭奠。伴著亮堂裡低音喇叭、長喇叭、號角、短號、低音笛的奏鳴聲，杜月笙悲切地哽咽，流下蒼涼的老淚。面對眾人說：「我與雨農兄結為兄弟二十多年，今天我哭雨農兄，不但是為個人失去平生知己，我也是為國家民族到這種時候，失去我兄而難過！」話說到這兒，杜月笙又大哭起來！
6月11日，已遷回南京的國民政府發布命令，追授戴笠陸軍中將軍銜，褒揚他智慮忠純，謀勇兼備，準照集團軍總司令陣亡例公葬，並交部從優議恤。6月12日，老蔣再次親率數百名軍政大員舉行大規模的葬禮，將戴笠靈柩護送至鐘山靈谷寺志公殿存放。
戴笠之死，並沒有阻擋老蔣取消軍統組織的決心。戴笠死後沒多久，軍統局便被保密局所取代。
1947年3月17日，保密局在新落成的洪公祠新樓大禮堂，隆重召開了戴笠逝世1周年紀念會，然後選了吉日安葬戴笠。下葬時，已升任保密局局長的毛人鳳，卻下了一個匪夷所思的命令，讓心腹手下攪拌了大量水泥渣，注入戴笠的墓穴。
眾所周知，水泥本身的重量和化學成分，有可能對楠木棺材造成損壞，使得死者暴露在空氣中加速腐爛。毛人鳳為何要這麼做呢？
據毛人鳳後來解釋，之所以做這樣一個手腳，是因為戴笠生前得罪人太多，唯恐其墓穴被仇人打開鞭屍。用水泥渣攪拌灌在墓穴裡，使棺木與整個墓穴結為一大塊，這樣便不容易把棺木打開了。
這麼一聽，毛人鳳說的似乎有點道理。但另一個軍統老牌特務鄭介民卻不這樣認為。戴笠下葬後，鄭介民曾對友人憤憤地說：「毛其心可誅，為保局長之位，竟然聽從山野道士所言，用水泥封存戴局長墓穴，意謂巨石壓頂，自己便可高枕無憂了，實為極卑鄙之舉！」
不管毛人鳳當時的真實想法是什麼，3年後他卻追悔莫及了。
解放戰爭打響後，國軍兵敗如山倒。1949年初，毛人鳳在逃亡前，下令將戴笠的屍體掘出火化，帶往臺灣。然而，一個連的工兵費了九牛二虎之力，也沒能打開戴笠墓穴，原來注入的水泥牢牢結成了一大塊，除非使用炸藥才有可能打開。毛人鳳得報，悔不該當初，只得作罷。