當李自成農民起義軍進入北京城後，崇禎帝殺妻砍女，並且召來了自己的兒子讓他們各自逃命。隨著崇禎帝在煤山老槐樹上吊死去，統治了中國277年的明王朝宣告滅亡。崇禎帝自殺的消息傳到陪都南京，城中官員一片慌亂。一些臣僚為再樹明幟，商議擁立新君。當時思宗的從兄福王朱由崧與從父潞王朱常淓正避難於淮安。按世系序次，當立了福王朱由崧，但福王為人昏庸。鳳陽總督馬士英認為福王易於控制，遂聯合劉孔昭等，力主擁戴福王。翰林院詹事姜日廣等人認為福王品行不端，不宜擁立，主張立較賢明的潞王。雙方相持不下，各請兵部尚書史可法定奪。
史可法到南京後，提出福王有七不可立：貪、淫、酗酒、不孝、虐下、不讀、幹預有司，他也主張立潞王。馬士英聞訊，立即密約江北各總兵，致書南京諸大臣，說已傳令將士奉福王到南京即位。馬士英等握有兵權，聲勢較大，在既成事實面前，史可法無奈地同意了。
五月初一，福王至南京，百官人賀。史可法提出，崇禎太子存亡未卜，如果現在稱帝，太子一旦南來，打算怎麼辦?他不主張福王馬上稱帝。五月四日，福王上監國之位，建南明政權。10天後，福王改即帝位，以是年為弘光元年，史稱南明弘光政權，福王為弘光帝。
弘光政權建立後，極為腐敗。他們天真地幻想清兵在消滅李自成後能停止南侵，並且派使攜帶大量金銀去酬謝清軍。弘光皇帝不理朝政，天天在宮裡縱情聲色，只知道在民間選擇淑女供自己享受。根據《明季遺聞》等書記載，1645年初，有一少年從北方南來，經南京至杭州，住進了南明鴻臚寺少卿高夢箕的侄子高成的家中，自稱是崇禎太子朱慈烺。高夢箕不敢隱瞞，密奏弘光帝和大學士馬士英。弘光帝得知消息後，慌張不安，他雖然昏庸，但知道自己的皇位是怎麼得來的，如果真的太子來了，必定會危及自己的皇帝寶座。於是命太監李繼周將少年迎到南京。
李繼周在金華見到了太子，太子說：「朱由崧想把皇位讓給我嗎?」李不知道如何回答才好。太監前來迎太子，頓時在金華傳開，許多官員紛紛前去參見太子，一路上招待太子的官員接踵而至。太子到南京後，先被安置在興善寺。弘光帝十分憂慮，不知該如何處理這件事。他先派兩個原在北京皇宮裡當差的太監前去觀察動靜，想不到兩人一見太子就大哭起來。見太子衣衫單薄，就把自己身上的衣服脫下披在太子身上。太監一回來，就遭到弘光帝一頓臭罵：「太子是真是假都難搞清，就把他當成皇帝看待。就是真太子，我也不會讓位的。」兩個太監和李繼周都被秘密處死。
太子到來的消息傳到民間，引起轟動。南京百姓爭相要一睹太子的風採，官員們也想先見上太子一面，將來能有個升遷的好機會。弘光帝一看此事已無法禁止，就傳旨太子的身份必須確認，不便見百官，把太子關進了大獄。
兵部有個官員上奏說，他知道太子的底細。太子名叫王子明，高陽人，是駙馬都尉王禺的侄孫，外貌酷似太子。北京陷落後南奔，遇見高夢箕家人穆虎，是穆虎讓他假冒太子來到南明的。弘光帝一聽，激動萬分，因為太子很有可能是假的，這樣他的皇位就不會出現任何動搖的機會。他馬上傳旨要親自審訊太子，這時他也有膽量讓見過太子的官員前來辨認。曾教太子讀書的劉正宗和李景濂被召到武英殿密談，在一番曉之以情動之以理後，劉正宗馬上表態：「聽說太子已經死了，這個冒出來的太子我一定能夠看出點問題的。」
大明門辨認正式開始。劉正宗拿出地圖問圖上的承華殿和坤寧宮是什麼場所，想不到太子一一回答，說是自己的東宮和皇后的住所。接著劉正宗問自己以前教的課目，太子對答如流。問題問了一個又一個，都沒有問倒太子。太子笑著說：「如果你以為我是假的，我就算是假的。我本來就不想來爭皇位，是皇伯讓人接我到京的。」劉正宗知道也問不出名堂，最後對弘光帝說：「樣子很像太子，但回答的問題都不對。」
有個姓蘇的太監忽然記起太子的脛骨上有個特別的記認，一看就知是真假，連忙向弘光帝報告。這下弘光帝就不敢讓人看了，萬一是真的，就很難收場了，與馬士英一商量覺得還是讓人辨認比較好。他們想到了被關在監獄裡的方拱幹，方當年曾為太子講過一段時間的課，如果他說不是，就很有權威了。
三月初八，刑部會審太子，方拱於前去辨認。審問官讓太子跪下，太子不答應。一個官員指著方拱幹問太子這個人是誰?太子說是方先生。方拱幹一見太子，既不敢說是假的，也不敢說是真的，因為這個人太像太子了，真假實在難辨。一個官員見到辨認失敗，乾脆直截了當地說「你不是太子，你真名叫王子明。」太子說：「我又沒有自吹自己是太子，你們不想認也就算了，你們一年前不就是站在我父皇的朝廷上嗎，如今為什麼這樣健忘，連一個人也不相認了。」大臣們被他講得啞口無言。最後內閣官員王鐸說：「太子肯定是假的，不要再審了。」
這時，百姓間流傳開來了馬士英和王鐸要殺太子的消息，一些大臣紛紛上疏責問。將軍黃得功說：「假冒太子的結論是官員奉承皇帝的結果。是誰下結論認為太子是假的?依據是什麼?應該向天下百姓交待清楚。先帝的兒子，也是陛下的兒子，怎能關進大獄?」
弘光帝看了奏本，氣得要死，下旨燒掉黃得功的奏本，但迫於輿論只能再審太子。這次審問官員是左都御史李沾。李沾事先讓人告訴太子，要他自認是王子明。開審時，李沾直呼王子明，太子不應。李沾命人上刑罰，太子痛得大呼小叫。當年東宮伴讀的丘致中實在看不下去了，抱著受刑的太子大哭，當即被關人大獄。
外面輿論越傳越厲害，南明一些大臣對這件事也十分關注。弘光帝無奈之下只能作出對北來之人「好生護養」、「勿驟加刑」，待正告天下後再行申法的決定。太子案真假還來不及搞清楚，南明小朝廷出問題了。先是駐守在江北前線的四鎮總兵為爭奪地盤互相開戰，接著駐武昌的左良玉部以奉太子密詔「清君側」為名起兵，直指南京。弘光帝、馬士英急調各部入衛南京，無暇再理此案，使太子案不了了之。
五月十日，清軍渡江，弘光帝、馬士英連夜逃出南京。混亂中，有人擁太子登武英殿，群呼萬歲。清軍入南京，太子不知去向，有人說被清軍俘虜，有人說在亂軍中被殺。太子是真是假?當代有很多人進行了考證，有人說是偽太子，也有人說是真太子，雙方各說各的理由。其實，太子的真假不要說今天我們是難以知道，就連當時的人們也無法搞清，這早已是一個千古歷史之謎。