甲午戰爭後，中日籤訂馬關條約，結束了清廷在臺211年的統治，臺灣自此紀年改元、開始進入日本帝國統治時期。不同於清廷的消極領臺，日本政府急於對這塊帝國的第一個殖民地，進行積極開發與有效管理。於是在臺灣各地的反抗勢力逐漸瓦解之後，臺灣總督府也逐漸建立起行政架構，並開始進行施政。而此時全島尚未納入國家體制的區域，就僅剩下廣大的東部山地地區。
1896，日軍由卑南登陸，蹈循陸路由南向北進入東部後山，與外太魯閣地區展開接觸。延續了漢人的指稱，這條由太魯閣群山之間流出的山溪，被來到的日人稱為塔次基裡溪。
這一年冬天，旋即發生了日軍監視哨被族人包圍殲滅的新城事件，十三名官兵全數罹難。這個事件震驚了總督府，也是日後無數衝突的開端。1906，第五任臺灣總督上任；同年，發生了包括花蓮港支廳長等行政官員在內，共25名日人被族人馘首的威裡事件。
從此，總督府開始改變理蕃政策，積極準備討伐太魯閣人。這位陸軍將領出身的新任總督，亟欲打破臺灣山地這種領而未治的情況，更將理蕃視為任內施政重點，1910然後提出五年理蕃計劃上奏日本天皇。其施政的區域，主要放在北蕃的泰雅等族群，並以討伐太魯閣地區的太魯閣蕃作為結束理蕃計劃的重點軍事行動，這個計劃旋即奉準實施。
相較於其他蕃地，日本總督府對於太魯閣的地理認識也屬較晚。遲至領臺近二十年之後的1913，總督府在五年理蕃計劃中的太魯閣討伐戰爭前夕，對於太魯閣地區的相關地理知識仍是一片空白。總督府亟欲了解內太魯閣山區的地理環境及各部落位置，為預定於次年展開的軍事大型軍事行動選定進兵路線，遂由蕃務本署計劃一系列太魯閣周邊的高山探險、與地圖測繪計劃。 最終據此繪製最初的目測圖、以及具體建議軍隊的進軍路線。
蕃務本署警視山本新太郎探勘奇萊山歸來之後，具體建議入侵太魯閣的進軍路線。
其中進入合歡、奇萊山方面的隊伍，以霧社東方的櫻峰為根據地，在臺灣總督佐久間左馬太的親自參與下，組織了一支三百餘人的軍事探險隊，順利登上了合歡山山頂；同時，另一支分隊由山本警視率領，自櫻峰根據地渡過濁水溪，攀登奇萊山北峰。在晴朗的天候狀況下，順利完成了立霧溪、託博闊溪上遊的地形與蕃社位置測繪。其後於復命報告中，山本警視具體建議了4條經由霧社經櫻峰根據地，進入太魯閣的可行路線：
１、濁水溪谷路線─由櫻峰沿濁水溪溪谷翻越合歡、奇萊山鞍部分水嶺，進入立霧溪上遊。
２、奇萊北峰─由合歡山、奇萊山鞍部分水嶺，攀登奇萊山北峰卡裡亞諾敏，再循奇萊山東稜下至託博闊溪南岸。
３、屏風山─經合歡山攀登屏風山，下降至託博闊社北岸。
４、立霧溪北岸─經合歡山繞行畢祿山南側，即立霧溪北岸，至西拉歐卡夫尼社。
十月間，探險隊陸續完成各地的測繪作業；來年二月，蕃務本署再由南澳進入南湖大山方面，由總督府技師野呂寧測量陶賽溪流域的陶賽群；補齊了太魯閣北方這塊僅剩的測量空白區域。入侵太魯閣的軍事行動，已蓄勢待發、即將展開。
東西夾擊、峽谷烽煙─太魯閣討伐戰爭下的全面入侵
1914年，總督府動員了駐防全臺的軍、警部隊共計六千餘名，在佐久間總督的親自率領下，分別由東、西兩側包圍太魯閣；萬餘名苦力挑夫，則絡繹不絕地將補給往來運送於集結地；萬餘人整裝待命，即將蜂擁進入太魯閣山區，展開五年理蕃計劃下的軍事進犯行動，全面引燃太魯閣討伐的峽谷烽煙。
立霧溪，這條曾經為族人延續命脈的大河之路，如今卻也無情地成為了侵略者入侵的孔徑。
討伐行動分別以合歡山、立霧溪口為根據地，西路由軍隊自合歡山向下壓制，東路由警察隊溯立霧溪仰攻，東西兩路同時入侵太魯閣。其中軍隊的行進路線配置如下：
畢祿山支隊：自合歡山根據地沿畢祿山東稜東下，為山脊路線。
屏風山支隊：自合歡山根據地攀登石門山、沿石門山東稜轉立霧溪北岸東下；此為入侵的主線與部隊主力，亦為軍司令部所在位置。
託博闊支隊：由屏風山南側東下託博闊溪東下。
卡裡亞諾敏支隊：自合歡山攀登奇萊北峰，循其東稜線東下。
臺灣步兵第一聯隊巴託蘭支隊：由霧社，溯塔羅灣溪，翻越奇萊南峰至木瓜溪上遊。
各路支隊將依路線東行，並伺機於塔次基裡溪中遊地帶會合。兩支步兵聯隊均各自配屬工兵，並由南投廳警察支持築路作業，將進行沿線的道路開鑿，與臨時設施，如棧道、木梯、橋梁的應急構工；以求通過這個山高嶺峻、斷崖遍布，又無路可通的未知境界。
此外，警察隊則分別由立霧溪口、三棧溪口、木瓜溪口溯溪進入山區。其中在立霧溪方面，警察隊將於進入太魯閣峽谷後，至三角錐山附近與軍隊完成會合；如此多路龐大的軍事部署，為的正是強硬打開自古與外界隔絕的太魯閣蕃地。
5月底，軍隊分別自畢祿山、合歡山、屏風山與奇萊山南峰出發，向東俯攻而下。由徵用自太魯閣人發源地的西部託洛克人所組成的蕃人隊為嚮導，循著太魯閣人移民東遷的路徑，翻越奇萊大山，首先攻下了託博闊社。昔日先民東遷的初到之地，而今卻也成為異族徵伐下，陷落的初到首站。而警察部隊在攻克沿海外太魯閣部落後，順著塔次基裡溪與木瓜溪谷進入內太魯閣地區，多路夾擊太魯閣人。
軍隊大致沿著溪路進軍，運用火炮遠距攻擊以及步兵逐戶進逼，順著塔次基裡溪逐一攻下各社後，再焚毀屋舍、蹂躪作物，進行焦土作戰。另一方面，太魯閣人則據天險力守，埋伏突襲、或設陷阱遊擊騷擾，以阻緩日軍攻勢。彼此雖互有進退，然而實力相差甚巨。蜂擁而至的日軍，猶如春暖雪融的塔次基裡溪，任憑山高嶺峻亦不足為懼；彈盡糧絕的太魯閣人，則如秋涼飄落的紅葉，零落溪上終隨大江東去。
塔次基裡溪畔的戰事進行了半個月，軍隊已經順著溪流陸續攻陷了卡拉寶、西拉歐卡夫尼等大社。六月十四日，軍隊動用炮兵支持，兵分兩路圍攻古白楊，在猛烈的炮擊下部隊逐步挺進，激戰後終於攻陷了這個內太魯閣的第一大社。族人倉皇奔逃後，留下廢棄的耕地，與傾散的家當，進入社中的軍隊開始火焚屋舍，滾滾濃煙遮蔽了天日，昔日峽中的強大族社，如今，在直衝雲霄的烈焰中，只見滿目瘡痍。
6月14日，三路進兵的日軍步兵協同炮兵，入侵太魯閣最大族社古白楊社。戰事由凌晨延續至午前；軍隊攻入並火焚部落後，留下這幅師竭兵疲的景象。
6月21日，軍隊的炮兵攻上了塔比多後方，一座稱為饅頭山的山頂，峽谷下遊諸社悉在炮火射程下，太魯閣戰事的勝負至此幾乎已告底定。不久，軍警部隊在布洛灣附近完成會師；8月，總督府在西拉歐卡夫尼舉行託博闊等八社歸順儀式。同時，也宣告了太魯閣人被迫接受殖民的開端。