每個國家在社會性質轉型的時候，各階層利益必然出現極大的矛盾，必然有一部分仁人志士為其努力，為其付出鮮血和生命，比如中國清朝末年的「戊戌六君子」，他們的遭遇，說起來可惜。同時在中國的鄰國，日本，當歷史發展到向資本主義社會轉型的時候，幾百年的幕府政治也該謝幕了，到了最後的江戶幕府德川家茂，德川慶喜的時候。
此時的幕府統治末期，美國「黑船事件」敲開了日本的國門，這點和中國如出一轍，一個封建國家不能再對外界無動於衷了。面對入侵，幕府籤訂不平的條約，國內各藩，武士，農民等人利益受到影響，矛盾逐漸激化。1863年，幕府組織了一批武士負責京都治安，屬京都守護職松平容保節制，稱作「新選組」，主要成員有近藤勇、芹澤鴨，衝田總司，土方歲三，山南敬助，原田左之助等人。同年近藤勇肅清芹澤鴨勢力，任局長，土方歲三任副長。
此時代表先進思想的倒幕勢力正慢慢進行，以中下級武士為主體的改革派中心在西南部經濟較發達的薩摩、長州、土佐、肥前四藩。他們逐漸認識到自己國家的落後民族的危機，提出「尊王攘夷」的口號，實質是推翻幕府統治。1864年7月8日，新選組突襲京都三條小橋的一間旅館，屋內多位主要來自長州藩的尊王攘夷激進派，重要人物被殺或被捕。此事件又被稱為「池田屋事變」。
1867年3月，伊東甲子太郎、藤堂平助一派受命成為孝明天皇的御陵衛士，脫離新選組。伊東甲子太郎學識和教養都很優秀。專門學習過水戶學·國學，他所學習的水戶學包括尊王敬幕的內容，因此加入同樣持「尊王敬幕攘夷」觀點的新選組。但最終還是決定跟逐漸傾斜向佐幕派的近藤土方決裂，為了貫徹自己的信念而從新選組脫隊。成為御陵衛士後開始與勤王派接觸。12月13日夜，被新選組派出的人暗殺在七條油小路，史稱油小路事件。
同年1月德川慶喜任幕府第15代將軍。明治天皇即位，倒幕勢力與幕府的戰爭一直在繼續，德川慶喜提出「大政奉還」「王政復古」以瓦解倒幕勢力。1868年，鳥羽伏見一戰，德川戰敗，宣告退位，從此德川幕府滅亡。但是幕府勢力還在抵抗，近藤勇於4月被伏，斬首，享年35歲。土方歲三仍在北海道組織抵抗，1869年1月，蝦夷共和國成立，總裁本武揚，土方歲三出任陸軍奉行並。5月11日 政府軍奇襲函館山頂，土方重傷死亡。從此新選組宣布解散。