2020年3月31日訊/
生物谷BIOON/---自2019年12月8日以來，中國湖北省武漢市報告了幾例病因不明的肺炎。大多數患者在當地的華南海鮮批發市場工作或附近居住。在這種肺炎的早期階段，嚴重的急性呼吸道感染症狀出現了，一些患者迅速發展為急性呼吸窘迫症候群（acute respiratory distress syndrome, ARDS）、急性呼吸衰竭和其他的嚴重併發症。2020年1月7日，中國疾病預防控制中心（China CDC）從患者的咽拭子樣本中鑑定出一種新型冠狀病毒，最初被世界衛生組織（WHO）命名為2019-nCoV。大多數2019-nCoV肺炎患者的症狀較輕，預後良好。到目前為止，一些患者已經出現嚴重的肺炎，肺水腫，ARDS或多器官功能衰竭和死亡。
2019年新型冠狀病毒（2019-nCoV），圖片來自Wikipedia。
2020年2月11日，世衛組織將這種疾病病重命名為2019年冠狀病毒病（COVID-19）。同一天，負責分類和命名病毒的的國際病毒分類學委員會的冠狀病毒研究小組在bioRxiv上發表了一篇文章，指出該研究小組已經決定，新型冠狀病毒2019-nCoV是導致2002-2003年爆發嚴重急性呼吸症候群（SARS）冠狀病毒（SARS-CoV）的變種。因此，將這種新病原體重新命名為嚴重急性呼吸症候群冠狀病毒2號（severe acute respiratory syndrome coronavirus 2），或SARS-CoV-2。值得注意的一點是，儘管國際病毒分類委員會冠狀病毒研究小組將病毒命名為SARS-CoV-2，但該研究小組主席John Ziebuhr認為這個名字（SARS-CoV-2）和SARS（嚴重急性呼吸症候群，也稱非典型肺炎）沒有關聯。不過，這種病毒的重新命名引起了不少爭議。據《科學》網站報導，世界衛生組織不滿意SARS-CoV-2這個名字，而且不打算採用此名稱。
冠狀病毒可引起多種動物的多系統感染。在此之前已有6種冠狀病毒可以感染人類，它們主要引起人類的呼吸道感染：兩種高度致命性的冠狀病毒，即嚴重急性呼吸道症候群（SARS）冠狀病毒（SARS-CoV）和中東呼吸症候群（MERS）冠狀病毒（MERS-CoV）；4種可導致溫和的上呼吸道疾病的冠狀病毒，即HCoV-OC43、HCoV-229E、HCoV-NL63和HCoV-HKU1。
基於此次疫情給中國和全世界帶來嚴重的危害，小編針對近期2019-nCoV/COVID-19研究取得的進展進行一番梳理，以饗讀者。
1.華人學者Nature發文呼籲不要將新型冠狀病毒SARS-CoV-2汙名化目前在世界範圍內引起嚴重呼吸道疾病的冠狀病毒已被命名為SARS-CoV-2，該疾病為COVID-19。當這種病毒去年12月首次出現時，醫學期刊通常將其描述為"2019年新型冠狀病毒"。《Nature》雜誌則使用了"中國冠狀病毒"和"武漢冠狀病毒"。這種基於地理特徵的臨時術語是令人反感的，因為它會激發對中國人的偏見和歧視，而通過社交媒體傳播的恐懼在國際上加劇了這種偏見和歧視。
圖片來源：Nature。
雖然給疾病和病毒正式命名是困難和耗時的，但我們必須有條不紊地為它們選擇無害的名稱，使它們成為人類歷史的一部分。2015年，世界衛生組織(World Health Organization)發布了指導方針，旨在將"疾病名稱對貿易、旅行、旅遊或動物福利的不必要負面影響最小化，避免對任何文化、社會、國家、地區、專業或種族群體造成冒犯"。它要求科學家、記者和衛生官員在提到新的人類傳染病時使用中性的通用術語。
2.Science：深度解析為何新型冠狀病毒更易於在人間傳播擴散 病毒S蛋白與宿主細胞受體ACE2的親和力竟是SARS的10-20倍！最近在中國爆發的新型冠狀病毒（2019-nCoV）感染疫情如今已經被列為國際關注的突發公共衛生事件，這種病毒會引起發燒、嚴重呼吸道疾病和肺炎症狀；冠狀病毒的S糖蛋白（spike glycoprotein）是開發新型疫苗、治療性抗體和
診斷技術的關鍵靶點。2月19日，刊登在Science雜誌上一篇題為「Cryo-EM Structure of the 2019-nCoV Spike in the Prefusion Conformation」的研究論文中，來自美國德克薩斯大學和國家過敏和傳染病研究所的研究人員通過聯合研究利用冷凍電鏡技術解析了新型冠狀病毒S蛋白的結構，深入研究後，研究者發現，新冠病毒S蛋白與宿主細胞ACE2之間的親和力是SARS的10-20倍，相關研究結果或為後期疫 苗和新型抗病毒藥物的提供新的思路和研究基礎。
據WHO 2月10日數據顯示，目前全球有超過4萬例確診病例，已經造成了至少900人死亡，這種冠狀病毒被認為是一種新型冠狀病毒（2019-nCoV），其與多種蝙蝠冠狀病毒及SARS冠狀病毒具有高度相似性；相比SARS冠狀病毒而言，新型冠狀病毒似乎更容易人傳人，其能在幾個大洲快速傳播，並讓WHO宣布全球進入公共衛生應急狀態。新型冠狀病毒能利用一種緊密糖基化的、同源三聚體I類融合凸起蛋白（S蛋白）來進入宿主細胞中，S蛋白能以一種相對穩定的融合前構象存在，並經歷劇烈的結構重排來促進病毒膜結構與宿主細胞膜進行融合，這一過程是由病毒S1亞單位與宿主受體的結合所誘發，其能破壞融合前三聚體的穩定性，從而導致S1亞單位脫落，並促使S2亞單位轉變為高度穩定的融合後構象。為了能與宿主受體相結合，S1的受體結合結構域會經歷鏈狀樣的構象運動，這種運動方式會暫時隱藏或暴露受體結合的決定因素，這兩種狀態被認為是「向上」或「向下」構象，其中向下的構象對應的是受體不可及的狀態，而向上構象則對應著受體可達的狀態，後者被認為具有不穩定。由於S蛋白不可或缺的功能，因此其有望成為抗體所介導的中和作用的易感性靶點，而融合前的S結構則能夠提供原子水平的信息來幫助指導科學家們進行疫苗的設計和開發。
3.八國科學家在柳葉刀上發文譴責新型冠狀病毒陰謀論截止今天，在中國，新型冠狀病毒確診感染者的數量已經超過數萬人，此次疫情影響了全中國幾乎所有的省份，給我國造成了重大的經濟損失，也嚴重影響了大家的生活、學習和工作。
圖片來源：https://cn.bing.com。
迄今為止，此次新型冠狀病毒的來源還沒有得到確認，但是網絡上各種關於病毒戰爭的陰謀論不斷出現，混淆視聽。就在今天來自八個國家的科學家們在國際知名醫學期刊《柳葉刀》（Lancet）上發表了支持中國的科研、公共衛生和醫務工作者的聲明，同時譴責了關於冠狀病毒起源的陰謀論。
4.Nature：超過80個臨床試驗在測試新冠病毒新藥在中國臨床試驗的公共註冊表中，新藥物與千年傳統療法一起被列出來，而中國
臨床試驗的註冊表每天都在增長。目前還沒有已知的治療方法，醫生們也急於幫助那些患有這種疾病的人，但是科學家們警告說，只有仔細進行試驗才能確定哪些措施有效。
世界衛生組織(WHO)首席科學家Soumya Swaminathan表示，該組織的團隊一直在評估中國的許多臨床試驗，並制定了一項
臨床試驗方案，可同時由世界各地的臨床醫生執行。如果中國的試驗(每項試驗多達600人)在設計時沒有嚴格的研究參數標準，如對照組、隨機化和臨床結果的測量，這些努力將是徒勞的。因此，世界衛生組織從一開始就與中國科學家合作制定標準。例如，不管正在測試的治療方法如何，一個人的恢復或衰退階段都應該用同樣的方法來測量。Swaminathan解釋說："我們希望能把某種結構引入到整件事情中。"
世界衛生組織的
臨床試驗方案設計得很靈活，允許世界各地的研究人員隨著時間的推移匯集他們的成果。它將比較兩種或三種有科學證據支持的治療方法，包括一種愛滋病藥物組合(洛匹那韋和利託那韋)和一種叫做瑞德西韋的實驗性抗病毒藥物。
Swaminathan說："讓
臨床試驗順利進行是我們的首要任務，因為如果我們能獲得哪些方法有效、哪些方法無效的信息，我們現在就能讓患者受益。"
5.Nature：預防冠狀病毒大流行的全球解決方案如果我們要對付新的冠狀病毒疾病COVID-19，就必須加快對研究的投資。我們需要更深入地了解這種呼吸道疾病的傳播、進展和流行病學。我們需要了解感染的危險因素、無症狀或輕度感染的作用以及"超級傳播者"的性質。我們必須確定疾病的季節性和病毒在炎熱、潮溼環境中的生存能力，並改進按年齡劃分的死亡率估計值。
應優先考慮與監測、實驗室設施和衛生系統較弱的國家相關的研究。在這些地區，疫苗供應路線不應依賴於冷藏，在護理點應提供
診斷。世界衛生組織正在規劃這類研究和發展優先事項。社會科學問題也很重要。這些問題包括如何向公眾傳達管理和預防疾病的選擇，以及如何應對誤解和恐懼，避免被汙名化。必須鼓勵社區參與和責任。
6.雙重磅！西湖大學周強課題組深度解析新型冠狀病毒感染人體宿主的奧秘近日，關於新型冠狀病毒（2019-nCoV）的研究成果可謂是層出不窮，這不，來自西湖大學周強課題組的研究人員近日在預印版平臺bioRxiv連發兩篇文章清楚解析了新型冠狀病毒是如何侵襲人體宿主細胞的，相關研究結果或為後期研究人員改進並開發新型治療藥物提供非常有價值的線索和信息。
ACE2-B0AT1複合物的整體結構，圖片來源：Renhong Yan，et al. bioRxiv (2020) doi：10.1101/2020.02.17.951848。
首先，在第一篇題為「Structure of dimeric full-length human ACE2 in complex with B0AT1」的研究報告中，研究人員利用冷凍電鏡技術成功對2019新冠病毒的受體ACE2的全長結構進行了清楚地解析；血管緊張素轉換酶2（ACE2，angiotensin converting enzyme2）是SARS冠狀病毒（SARS-CoV）的表面受體，其能直接與刺突糖蛋白（S蛋白）相互作用，ACE2同樣也被認為是2019-nCoV的受體；B0AT1（SLC6A19）是一種中性胺基酸轉運蛋白，其能在需要ACE2的腸道細胞表面進行表達。他們揭示了在二聚體組裝過程中全長ACE2的高解析度結構，模型研究結果表明，冠狀病毒的兩個S蛋白三聚體能與一個ACE2二聚體同時結合，本文研究結果為闡明2019-nCoV的感染機制及後期開發新型療法提供了新的線索和思路。
隨後在第二篇題為「Structural basis for the recognition of the 2019-nCoV by human ACE2」的研究報告中，研究人員利用冷凍電鏡技術在2.9埃全解析度條件下，在B0AT1存在的情況下，揭示了人類全長的ACE2受體與2019-nCoV 的S蛋白受體結合結構域（RBD）複合體的精細化結構；研究者表示，與諸如SARS-CoV等其它冠狀病毒一樣，2019-nCoV能利用S蛋白表面的受體結合結構域（RBD）與宿主細胞的ACE2進行結合。
第一篇研究報告中，研究者揭示了人類全長ACE2與中性胺基酸轉運蛋白B0AT1複合體的結構，這篇研究中，研究人員基於此前研究結果，藉助冷凍電鏡技術深入解析了完整ACE2蛋白與2019-nCoV的RBD的複合物結構。研究者表示，ACE2-RBD界面的局部解析度為3.5埃，這就能幫助他們分析RBD與受體之間的相互作用，與SARS-CoV一樣，2019-nCoV的RBD會被ACE2的胞外肽酶結構域（PD，extracellular peptidase domain）通過極性殘基所識別，成對比較後，研究者發現了一些特殊變異，這或許就能夠解釋上述兩種相關病毒的RBDs之間與宿主受體之間不同的親和性。
第二篇研究中，研究人員分析了這兩種RBD-ACE2之間的界面特性，儘管某些突變會增強nCoV-RBD和ACE2之間的相互作用，但其它變異也可能會降低SARS-RBD與ACE2之間的親和力；比如，由於ACE2的Lys317和Asp30位點之間鹽橋（salt bridge）的形成，因此從胺基酸位點Val404到Lys317的變化可能會導致更緊密連接的形成，將Leu472改變為Phe486可能會增強與Met82之間的範德華力，然而，將Arg426替換為Asn439似乎會通過失去ACE2上的與Asp329形成的重要鹽橋而削弱其之間的相互作用。
除了周強課題組這兩篇重要研究成果外，近日，來自清華大學和中科院微生物研究所的研究人員也在解析2019-nCoV的S蛋白受體結合結構域與ACE2複合體結構上取得了重大突破，相關的研究結果與周強課題組的電鏡結構相互補充和支持。來自中國的這些科學家們在全球範圍內首次揭示了新冠病毒S蛋白如何與細胞受體ACE2在原子層面相互作用，值得一提的是，目前研究人員都選擇在第一時間將其複合物的原子坐標向全球公布，以提高其潛在的利用價值。相信後期通過科學家們不懈地努力，相關研究結果將能夠快速推動新型冠狀病毒感染新型藥物的研發和疫苗的開發設計。
7.兩篇論文表明中國實施的COVID-19疫情遏制措施有效，中國的疫情傳播在放緩，部分省份接近絕跡美國杜蘭大學的傑出教授James "Mac" Hyman正在使用數學模型更好地理解和預測COVID-19的傳播，並且定量確定了制止這種疾病的各種措施的有效性。Hyman在杜蘭大學科學與工程學院的研究目標是幫助公共衛生界了解和預測2019-nCoV感染的傳播，並評估控制它的不同方法的潛在有效性。
Hyman和他在美國喬治亞州立大學和加拿大公共衛生局的同事們最近先後在Infectious Disease Modeling期刊和Journal of Clinical Medicine期刊上發表了兩篇論文，論文標題分別為「Real-time forecasts of the COVID-19 epidemic in China from February 5th to February 24th, 2020」和「Short-term Forecasts of the COVID-19 Epidemic in Guangdong and Zhejiang, China: February 13–23, 2020」。
在第一篇論文中，這些作者說，這些預測可以幫助公共衛生官員準備醫療服務並分配應對這種流行病所需的資源，以及預測減輕該流行病所需的幹預措施的強度和類型。在沒有針對這種病毒的疫苗或抗病毒藥物的情況下，有效實施非藥物幹預措施，比如人身保護和社會隔離，對於控制這一流行病至關重要。
在第二篇論文中，這些研究人員使用先前驗證的現象學模型來產生對中國廣東省和浙江省累計報告病例的短期預測。利用中國國家衛生健康委員會截至2020年2月13日的每日報告累計病例數據，他們提前5天和10天預測報告的累積病例。
具體來說，他們使用廣義邏輯增長模型、理查茲增長模型和次流行波模型來進行預測，這些模型先前已用於預測由於不同傳染病引起的疫情。每種模型的預測都表明廣東省和浙江省的疫情可能已接近絕跡；但是，次流行波模型的預測還包括進一步持續傳播的潛力，特別是在浙江省。他們對這三種模型的10天預測顯示，到2020年2月23日，廣東省將再增加65～81例（上限：169～507），浙江省再增加44～354例（上限：141～875）。在最好的情況下，目前的數據表明這兩個省的傳播正在放緩。
8.高福、石正麗等中國科學家柳葉刀發文呼籲重新命名冠狀病毒在中國武漢，一種新型冠狀病毒感染引起了一場罕見的呼吸系統疾病的爆發，最初主要是肺炎。這種新病毒最初被WHO命名為2019-nCoV。2020年2月11日，世衛組織將該病重命名為2019年冠狀病毒病(COVID-19)。同一天，國際病毒分類學委員會的冠狀病毒研究小組(CSG)在bioRxiv上發表了一篇文章，建議根據對相關冠狀病毒的系統發育分析，將2019-nCoV確定為SARS-CoV-2型。CSG聲稱，他們在引入另一種源自"SARS"的病毒名稱時，無意提及"SARS"；然而，SARS是一種疾病的名稱，給新病毒命名為SARS- cov -2實際上意味著它會引起SARS或類似的疾病，特別是對缺乏病毒學知識的科學家和公眾而言。新名稱也與疾病名稱COVID-19不一致。作為一種自然發生的病毒，SARS-CoV-2與其他所有SARS樣病毒或與SARS相關的冠狀病毒不同，它們的主要特徵是基因組序列。
截至2020年2月17日，2019-nCoV已在中國和其他24個國家造成71 331人感染和1775人死亡，在生物學、流行病學和臨床特徵上與SARS-CoV不同。因此，將2019-nCoV命名為SARS-CoV-2實際上是誤導。對於這樣一種明顯受到國際關注的流行病病毒，它應該有自己獨特的名稱。
2019-nCoV仍在演變中，現在預測當前疫情的結果還為時過早。一些專家預測2019年的nCoV可能演變成一種低致病性但高傳染性的冠狀病毒，這種病毒可能在每個冬季捲土重來，就像導致季節性流感的病毒一樣。如果是這樣的話，SARS-CoV-2這個名字可能會對那些該病毒正在造成流行病的國家的社會穩定和經濟發展產生負面影響，甚至可能會波及全世界。人們一想到SARS的再次發生就會恐慌。旅行者和投資者可能不希望訪問一個SARS正在流行的國家，甚至是一些零星的SARS病例。人們還可能認為，與SARS-CoV一樣，2019-nCoV在當前疫情結束後不會再次出現；因此，在不遠的將來，他們可能不會做好預防2019-nCoV感染的準備，並可能失去警覺性。
基於其特殊的臨床、病毒學和流行病學特點和新型冠狀病毒的不確定性，為了避免誤導和混淆，並幫助科學家和公眾更好的溝通，我們--一群在中國病毒學家--建議重命名SARS-CoV-2 2019人類冠狀病毒(HCoV-19)。這樣的名稱將該病毒與SARS-CoV區別開來，並使其與世衛組織對其引起的疾病COVID-19的名稱保持一致。
9.Nature：管軼等發現穿山甲可能為冠狀病毒中間宿主在中國和其他地方正在爆發的病毒性肺炎與一種新型冠狀病毒有關，暫時稱為2019-nCoV。儘管蝙蝠很可能是2019-nCoV的宿主宿主，但目前還不清楚有哪些中間宿主能夠促進病毒向人類的轉移。
圖片來源：https://cn.bing.com/。
近日，來自汕頭大學和香港大學聯合病毒研究所的管軼教授和廣西醫科大學胡豔玲教授課題組聯合在預印本網站bioRxiv 發表題為Identification of 2019-nCoV related coronaviruses in Malayan pangolins in southern China 的最新研究論文。在該文章中，他們報告了在中國南部緝私行動中查獲的穿山甲中發現的2019年nCoV相關冠狀病毒。宏基因組測序發現穿山甲相關的CoVs屬於2019-nCoV相關冠狀病毒的兩個亞系，其中一個與2019-nCoV受體結合域非常接近。
研究人員認為發現的多種穿山甲冠狀病毒譜系及其與2019-nCoV的相似性表明，應該考慮將穿山甲作為這種新型人類病毒的可能中間宿主，並應將其從菜市場上清除，以防止人畜共患傳播。
10.男同胞請注意！南京醫科大學發現冠狀病毒可能損害腎臟和睪丸ACE2(血管緊張素轉換酶2)已被證明是介導2019-nCoV進入人類細胞的主要受體之一，這種情況也發生在嚴重急性呼吸症候群冠狀病毒(SARS)中。多項研究表明，部分患者除了呼吸系統損傷外，還有腎功能異常甚至腎臟損傷，其機制尚不清楚。這引起了研究人員對冠狀病毒感染是否會影響泌尿系統和男性生殖系統的興趣。
近日來自南京醫科大學附屬蘇州醫院泌尿外科研究團隊的研究人員使用在線數據集來分析ACE2在不同人體器官中的表達，他們在medRxiv上文報導，研究結果表明，ACE2在腎小管細胞、間質細胞和睪丸輸精管細胞中均有高表達。因此，病毒可能直接與此類ACE2陽性細胞結合，損傷患者的腎臟和睪丸組織。
研究人員認為，2019-nCoV患者在臨床工作中應進行腎功能評估和特殊護理，因為病毒和抗病毒藥物對腎臟有一定的毒性。此外，由於該病毒對睪丸組織的潛在致病性，臨床醫生應注意患者住院期間及後期臨床隨訪中睪丸病變的風險，特別是對年輕患者生育能力的評估及適當幹預。（生物谷 Bioon.com）