「新冠肺炎在日本國內的感染處於早期階段，接下來將繼續發展」——日本國立感染症研究所所長脅田隆字16日在日本政府召開的專家會議上說。根據日本時事通訊社的統計，截至16日，日本確診的新冠肺炎病例達到414人，其中包括「鑽石公主」號郵輪上的355人。當天，日本國內報告新增6例新冠肺炎病例，其中東京都新增5例，愛知縣新增1例。日本首相官邸16日在官網發文稱，新冠肺炎「在日本並沒有流行」，「大家和預防流感、感冒一樣，勤洗手，注意咳嗽禮儀很重要」，「避免前往人多的場所」。
這是2月8日，在日本東京池袋，旗袍女孩在「東京燈會滿月祭」現場為武漢募捐。
日本厚生勞動省16日發布的最新消息顯示，隔離中的「鑽石公主」號郵輪當天最新確診70名新冠肺炎病例，其中38名「無症狀」。全船3711名乘客和船員中，目前已有1219名接受病毒檢查，共有355名確診。法國國際廣播電臺16日稱，近30%的感染率是全球各地檢測的最高感染率之一。
日本國內方面，東京都16日宣布新增5例新冠肺炎確診病例，其中3例為之前確診病例的接觸者，另2例感染途徑尚不明確。日本TBS新聞網稱，自2月13日東京一名計程車司機被發現感染以來，他的同事及他1月18日曾參加的新年會相關人員中，已有10人被確診感染。參加該新年會的人員及其家人共有超過190人，東京都政府正在逐步對這些人進行病毒檢測。
自新冠肺炎疫情暴發以來，日本國內的感染病例以輸入型為主，但這一情況近日突然發生變化。共同社稱，2月13日起，日本北海道、千葉、神奈川、愛知、和歌山相繼報告出現感染路徑不明的患者，且多人都沒有中國旅行和接觸史，認為新冠肺炎「開始在日本國內流行」的聲音出現。日本厚生勞動省大臣加藤勝信15日晚在記者會上表示：「就(疫情發展)階段來說，此前看得出感染途徑，但現在已經看不清感染途徑了。狀況已和以前不同了。」
16日，日本政府召開新型冠狀病毒感染症對策本部會議。日本首相安倍晉三在會上表示，將盡全力防止疫情在日本國內擴大，要求閣僚迅速應對，大幅強化病毒檢測，全力擴充醫療及諮詢渠道。當天晚上，日本政府官員和傳染病專家首次舉行聯合會議，就疫情現狀、醫療機構診斷情況等內容展開討論，探討新冠肺炎目前在日本是否算得上「流行」。NHK電視臺稱，鑑於日本各地接連報告出現感染路徑不明的新冠肺炎患者，專家會議主席、國立感染症研究所所長脅田隆字表示，「新冠肺炎在日本國內的感染處於早期階段，接下來將繼續發展」。加藤勝信在會後舉行的記者會上表示，「從現在開始，應該採取設想患者增加的對策」。
《日本經濟新聞》16日稱，近一周內，日本的新冠肺炎患者人數激增。日本此前花費巨大力氣追蹤確診患者的行動軌跡，如果市內傳播的可能性提高的話，日本應該調整應對方式，採取「早期發現，對症下藥」的做法。
不過，在防止人群大規模聚集方面，日本政府似乎依然沒有採取更嚴格的措施。東京奧運會的聖火傳遞活動如期舉行，而東京的防控重心主要集中在反恐領域。2月16日，日本全國11地按照計劃舉行馬拉松比賽。據各地大賽組委會統計，共有近10萬參賽者。據《朝日新聞》16日報導，在熊本市馬拉松大賽上，有參賽選手佩戴口罩，大賽實行委員會向所有參賽者發放了口罩。京都馬拉松大賽上，組織方在開跑前對參賽者手部進行了消毒。
東京大學社會科學研究所教授丸川知雄16日在接受《環球時報》記者採訪時稱，日本國內新冠肺炎確診人數只有幾十名，目前已經引起了政府、媒體和醫療機構的重視，因此日本可能不會發生「大暴發」情況。不過，他最擔心的是日本的形式主義導致政府不能及時調整應對措施。就他觀察，目前日本民眾戴口罩的比例沒有提高。丸川知雄認為，中國在抗擊新冠肺炎疫情中積累了很多寶貴的數據、經驗甚至痛苦的教訓，這些都將對日本有所幫助。
隨著「鑽石公主」號上的確診病例越來越多，一些國家終於開始採取行動接回其本國公民。為接回滯留在郵輪上的約380名美國公民，美國政府派遣的專機於16日傍晚抵達日本。《紐約時報》稱，有乘客對美國政府沒有早日採取行動感到憤怒，且不滿回美國後要再隔離14天的規定，拒絕登機。該船的隔離期將在19日結束。報導稱，在隔離期間，該船上已檢測的人員中，至少有40名美國人被確認感染，他們不能返回美國，將繼續留在日本進行治療。