1. 天龍寺
天龍寺的最大秘密，是它保管有段家先祖所留的六脈神劍劍譜。這是武林中至高無上的武學秘笈，甚至是金庸所有小說中攻擊力最強的武功。
但江湖中人很少有聽說過「六脈神劍」的。即使聽說過，多半也認為是無稽之談，以為這只是傳說。因為他們不相信有人能積蓄到足夠內力射出數道無形劍氣。
不知道無崖子他們從哪得到的可靠情報，使得他們確切地知道了六脈神劍這種武功是真實存在的。慕容博知道這件事，則是來源於姑蘇王家的琅嬛玉洞。再後來，鳩摩智也從慕容博口中知道了有六脈神劍這回事。
在大理國內部，天龍寺藏有六脈神劍劍譜一事，只有天龍寺的高輩僧人才知道。大理段氏俗家人一概不與知聞。
連段正明，堂堂的大理國皇帝，帶著段譽去天龍寺的那天，才知道自己的祖先真的留有這門神奇的功夫。
2. 少林寺
桃谷六仙在無意之中發現，少林寺達摩堂的達摩老祖像後面藏著一條可以直通少室山山腳的密道。
外人都不知道這條密道的存在。
反過來說，少林寺的對頭如果知道，完全可以從山下直接潛入寺內，突施偷襲。
3. 南少林
南少林藏的秘密可比嵩山少林寺的秘密大多了，算是「驚天絕密」了。
陳家洛的義父於萬亭當年是南少林弟子。後因對舊情戀念不舍，跑到了海寧陳家去找老情人，無意中聽到了皇室最隱秘的一件事：乾隆竟然是漢人，是陳閣老的親生兒子。
聽到這樣的秘密，於萬亭震驚萬分，逃走路上將追殺他的血滴子盡數擊斃，犯了殺戒，因而寫了一封悔罪書呈給寺裡。
這封悔罪書隱含的秘密實在太過重大了，遠遠超出了江湖人士的認知範圍。
4. 天寧寺
這是一座破敗無人的舊寺。其秘密，就是那座三丈餘高的佛像，內有無數的金銀珠寶。為了這座寶藏，連城訣裡的無數武林人士不惜同門相殘、骨肉相疑，最後更是有很多人死在這座寺裡。
至于天龍八部裡的玄慈有私生子、笑傲江湖裡的嶽不群在少林寺裡殺害了定閒師太等事情，這都是當事人自己的個人秘密，算不得是寺廟的秘密。