莫臥兒帝國皇帝究竟與蒙古人在血緣上有多大關係呢？其實關於莫臥兒帝國和蒙古人之間的關係，其實確實還是有挺多彎彎繞的，首先是莫臥兒帝國皇族的祖先帖木兒算不算蒙古人，其次關於莫臥兒王朝的母系在其血統中的地位也有爭議。
帖木兒算是蒙古後裔嗎？
雖然我們要討論的是莫臥兒帝國開車君主巴布爾的身份，但其實主要要說的卻是他的五世祖帖木兒到底算不算蒙古人後裔。帖木兒是公元14世紀到15世紀初的一個中亞徵服者，當時正值中國元明交替時期，而他的大軍則曾經在幾十年內在中亞、西亞、北非等地區徵服了大片領土，甚至在某種程度上可以說把除了蒙古本部和元朝舊疆之外的蒙古帝國重新統一了。
（帖木兒帝國疆域）
而根據帖木兒家族成為統治者之後的說法，帖木兒出身於蒙古察合臺汗國的巴魯刺思部，而這個巴魯刺思部的祖先則可以追溯到成吉思汗鐵木真帳下的「四狗」之一忽必來，也就是鐵木真手下得到公認的四員猛將。而這「四狗」中的另外兩位顯然是更出名一些，即哲別和速不臺，但能和這兩位同列「四狗」，也說明忽必來當時的地位了。
而且按照帖木兒家族的說法，忽必來和鐵木真擁有共同的高祖敦必乃，所以其實和鐵木真也算遠親。如果按照這種說法，帖木兒當然至少是可以算蒙古人後裔了。但這種來自帖木兒家族自己的說法其實在當時就不太被鐵木真後裔的「黃金家族」所認可。而帖木兒似乎也對自己沒有鐵木真「黃金家族」的血統感到有些自卑，所以雖然他徵服了大量土地，而且始終牢牢地把西察合臺汗國控制在自己手裡，但他卻始終沒有去稱大汗，而是一直自稱「埃米爾」，在伊斯蘭國家裡，這個稱號的意思是總督或者統帥。
（帖木兒家族自稱蒙古後裔，但當時就有人認為他們是突厥人冒稱蒙古後裔）
而且關於帖木兒的身世，在現代其實又有了更多的證據。在1941年，蘇聯考古學家打開了當時位於蘇聯境內的帖木兒陵墓，對他的骸骨進行了仔細研究，並用一些方法復原了他的長相，結果發現帖木兒是典型的高鼻深目長相，和蒙古人差別很大。而後來對帖木兒的骸骨進行的基因檢測又發現，他的父系基因屬於J2群，而這個基因在蒙古人中極其罕見，卻在高加索和車臣人裡特別常見。當然他的母系基因裡有一些蒙古基因，但在當時如果帖木兒是這種血統構成，恐怕是不能算蒙古後裔的。所以現代也有一種觀點認為帖木兒不是傳統認為的突厥化蒙古人，而是蒙古化突厥人，或者是蒙古化的波斯第民族後裔。
巴布兒算蒙古後裔嗎？
所以帖木兒的蒙古後裔身份其實是有很大問號的。而帖木兒建立的帝國在他死後也迅速分裂，最後被烏茲別克汗國的昔班尼所滅亡。而帖木兒後裔在中亞無法立足之後，他的五世孫巴布爾則率軍南下，進入了南亞次大陸，結果沒想到最後在印度和巴基斯坦地區打下了龐大的帝國，也就是莫臥兒帝國，而莫臥兒其實就是波斯語裡蒙古的意思，所以莫臥兒帝國其實意思是「蒙古帝國」。
（莫臥兒帝國疆域）
那帖木兒本身蒙古人的身份就受到質疑，巴布兒怎麼還這麼堅定地說自己是蒙古帝國呢？其實原因也很簡單，因為巴布兒的蒙古血統跟帖木兒相比，確實肯定又多了一些。因為帖木兒在掌控了西察合臺汗國之後，就和西察合臺王族進行了聯姻，所以在《明史》裡才把他稱為「前元駙馬」。而後面幾代人裡，帖木兒家族基本上都跟鐵木真後裔組成的「黃金家族」有聯姻關係。
（通過幾代和蒙古「黃金家族」的聯姻，巴布爾的長相反倒更像蒙古人了）
比如巴布爾的外祖父就是東察合臺汗國的國王羽奴思，也就是察合臺的直接後裔。所以到巴布爾這輩，他的蒙古血統其實跟帖木兒相比，其實是更多也更確定了。不過雖然有蒙古血統，但到帖木兒時代，其實西察合臺汗國的所謂「蒙古人」也都已經完全突厥化了，他們信仰伊斯蘭教，說突厥語。而且可以說東西察合臺汗國分裂的根本原因就是因為這個，東察合臺地區還保留有一些蒙古傳統，而西察合臺汗國則完全突厥化和伊斯蘭化了，雙方沒法再相互兼容，所以只好分裂。
（莫臥兒王國的銀幣，已經完全伊斯蘭化）
而到巴布爾時代，其實都已經不太認同蒙古人這個身份了。比如巴布兒在自己的自傳裡甚至都曾經說，自己的民族屬性是突厥人，而在他眼裡，自己一些仍然會說蒙古語的親戚，比如自己的舅舅阿黑麻以及自己的表弟薩義德才算蒙古人。
所以雖然莫臥兒帝國的皇室可以確定有蒙古血統，但在當時他們其實已經根本不再認同蒙古人的身份了。他們將自己的國家還稱為「蒙古帝國」其實更多的只是表明一種法統的傳承，只是想證明自己的帝國是從蒙古帝國那繼承來的，所以其統治是具有合法性的。所以某種程度上，只是一種類似「自古以來」式的宣示而已，除此之外其實沒有太大的意義。