聯軍撤離後，原來向彼列科普方向撤退的俄軍又回到了克裡米亞南部的城鎮和平原。這裡的戰場再次成為農田和放牧地，牛群在聯軍的墓地邊遊蕩吃草。漸漸地，克裡米亞從被戰爭破壞的經濟中恢復過來，塞瓦斯託波爾獲得重建，修復了道路和橋梁，但是在其他方面，這座半島卻已經發生了永久性的改變。最顯著的改變是韃靼人大部分消失了。戰爭開始時，小群韃靼人已經開始逃離家園，戰爭接近尾聲時，因為擔心聯軍走後會遭到俄羅斯人的報復，離開的人數越來越多。
1855年5月，當地韃靼人借著聯軍佔領刻赤的機會對俄羅斯人發動暴力襲擊，造成了刻赤慘案。在這之後，克裡米亞的韃靼人就已經開始受到俄羅斯軍事當局的報復，包括大規模抓捕、沒收財產、集體處死「可疑的」韃靼人等。貝達（Baidar）谷地的韃靼居民因此向科德林頓請願，希望聯軍能幫助他們離開克裡米亞，他們擔心自己的村莊重新落入俄羅斯人手中的後果，「因為過去的經歷讓我們沒有任何理由相信我們將受到良好的對待」。他們的請願書用當地的韃靼文字寫成，然後翻譯成英語。
在請願書中他們還寫道：為報答英國對我們的善意，我們會像銘記上帝一樣永遠牢記維多利亞女王陛下和科德林頓將軍，我們會用穆罕默德教義給予我們的一天五次的祈禱機會為他們祈禱，我們對他們和所有英國人的祈禱會代代相傳給我們的子孫。由以下十二個村莊的教士、貴族和居民籤署：貝達、薩格提克（Sagtik）、卡倫迪（Kalendi）、斯克裡亞（Skelia）、薩瓦特卡（Savatka）、巴加（Baga）、烏庫斯塔（Urkusta）、烏尊紐（Uzunyu）、布尤克拉斯括米亞（Buyuk Luskomiya）、奇亞圖（Kiatu）、庫楚克拉斯括米加（Kutchuk Luskomiga）、瓦爾努特卡（Varnutka）。科德林頓沒有在任何方面向韃靼人施以援手，雖然在整個克裡米亞戰爭期間，韃靼人曾為聯軍提供了食物、情報、運輸服務。盟國外交官們從沒想到要保護韃靼人不受俄羅斯當局報復，其實他們本可以為此在和平條約中加上一條措辭更強烈的條款。
《巴黎條約》（Paris Treaty）第五條規定，任何參戰國有責任「對有跡象積極參與敵方軍事行動的本國臣民給予全面赦免」，這一條款似乎不僅適用於克裡米亞的韃靼人，還可以用來保護奧斯曼帝國內的保加利亞和希臘人，他們在多瑙河戰役中都站到了俄軍這一邊。但是新俄羅斯地區總督斯特羅加諾夫伯爵（Count Stroganov）找到了一個不受該條款約束的辦法。他聲稱在克裡米亞戰爭期間，韃靼人未經軍事當局批准離開了指定居住地，這就已經違反了俄羅斯法律，因此失去了《巴黎條約》第五條給予的保護。
在戰爭期間，成千上萬的韃靼人為躲避戰火而被迫離開家園，按照這一邏輯，僅僅因為他們的護照沒有蓋上俄羅斯的大印，這些韃靼人在當局眼中就已經犯下了叛國罪，可判處流放西伯利亞。聯軍剛開始撤離時，就出現了韃靼人第一波大規模集體逃離。4月22日，四千五百名韃靼人從巴拉克拉瓦坐船前往君士坦丁堡，他們相信土耳其政府已邀請他們到奧斯曼帝國重新定居。克裡米亞當地的俄羅斯官員警覺到韃靼人大規模逃離將會給農業經濟帶來衝擊，於是向聖彼得堡請示是否應該阻止韃靼人外逃。在了解到韃靼人曾在戰爭期間大規模投靠聯軍之後，沙皇回覆說不要阻止，還說「把這些有害民族從半島上抹去對我們是有利的」，史達林在第二次世界大戰期間也重新利用了這一邏輯。
斯特羅加諾夫在向當地官員傳達沙皇旨意時，把這句話詮釋成一道將韃靼人驅除出去的直接指令，他聲稱沙皇說的是「有必要」讓韃靼人離開（而不僅僅是這樣做是「有利的」）。於是俄羅斯當局向韃靼人施加各種壓力迫使他們出逃，比如有謠言說當局計劃把韃靼人大批遷移到北邊，或是哥薩克人洗劫了韃靼人村莊，或是當局計劃強迫韃靼人在學校裡學習俄語或改信基督教。韃靼人的農場被增加稅賦，村莊被切斷水源，從而迫使他們把土地賣給俄羅斯地主。
在1856年至1863年間，約十五萬克裡米亞韃靼人和約八萬諾蓋韃靼人（Nogai Tatars），即約佔克裡米亞和俄羅斯南部韃靼人總數三分之二的人口，陸續遷移到了奧斯曼帝國。精確的數字很難統計，有些歷史學家認為實際數字比這個高很多。因為擔心這一地區的勞動力流失不斷加劇，俄羅斯當局在1867年試圖從警察統計數字中計算自從戰爭結束後，到底有多少韃靼人離開了克裡米亞半島。他們的報告表明，有十萬四千二百一十一名男性和八萬八千一百四十九名女性離開了克裡米亞，留下了七百八十四座空寂的村莊和四百五十七座廢棄的清真寺。
在驅逐韃靼人口的同時，從1856年起，俄羅斯當局還施行了一套讓克裡米亞地區全面基督教化的政策。作為克裡米亞戰爭的一個直接後果，俄羅斯當局更是把這裡當作俄羅斯與伊斯蘭世界之間的宗教邊界，因此必須鞏固對這裡的宗教控制。克裡米亞戰爭前，這裡的總督沃龍佐夫親王相對來說傾向自由主義，反對在克裡米亞擴展基督教機構，理由是那將「在本地韃靼人中滋生毫無根據的危險念頭，以為我們會迫使他們放棄伊斯蘭信仰改信東正教」。
沃龍佐夫在1855年退休，接替他的是激進的俄羅斯民族主義者斯特羅加諾夫，他積極支持克裡米亞所屬的赫爾松——陶利德教區大主教因諾肯季的基督教化目標。在克裡米亞戰爭接近結束時，因諾肯季的傳道宣講以小冊子和版畫（lubki）的形式在俄軍部隊中廣為傳播。他把這場戰爭描述為一場「聖戰」，克裡米亞是俄羅斯東正教身份的中心，因為基督教正是從這裡傳入俄羅斯的。通過強調克裡米亞半島上希臘教堂的悠久歷史，他把克裡米亞比作「俄羅斯的阿索斯山」，一座「神聖俄羅斯帝國」的聖山，與希臘東北地區阿索斯山半島上的東正教修道院之間有宗教上的紐帶。在斯特羅加諾夫的支持下，因諾肯季在戰後創建了克裡米亞主教轄區，並在這裡興建了幾座新的修道院。