磁懸浮列車屬於未來的應用科技，但是也有其自身明顯的缺陷性。由於這些缺陷，造成了它在目前的歷史階段還不具備實踐上的實用性。
其主要缺陷在於三點，1，昂貴的建造和維護成本；2，沒有技術應用的先例；3，客運載客量有限。
在2009年前後，我國的鐵路部門在謀劃高鐵建設的時候，技術部門提出了兩套應用方案，第一種是輪軌式高速列車，即現在我們在京滬線上乘坐的時速350千米／小時的高速列車。據內部專業人士透露，目前這種高速列車已經實現了85%的國產化。第二種方案，就是提出要在神州大地上建造大量的磁懸浮列車。最後的博弈結果是，磁懸浮技術方案被認為不符合國情，輪軌式高速列車贏得勝利。
不過，要注意的是，當初我國鐵路部門提出的磁懸浮列車方案，在其規劃書裡面提出的應用時速為300～330千米／小時，和普通的輪軌式高速列車的設計應用時速差不多，並沒有什麼碾壓性的速度優勢。
當然，從發展的上限來看，磁懸浮列車由於理論的超越性，其理論速度上限比輪軌式高速列車要強上一籌。磁懸浮列車的運行理論是，路基上預先鋪設導線，由強電力造成強磁場的場力，驅動列車懸浮在路基上空。由於列車走行不部位不需要與路基發生接觸，就減少了巨大的摩擦造成的能量損害，這使得磁懸浮列車具有兩個優勢，第一，運行階段比較安靜，噪音強度在30分貝以下，第二，具有極大的速度優勢，一瞬百米，風馳電掣。迄今為止，磁懸浮實驗列車的最快運行速度已經達到600多千米／小時。
英國的技術專家甚至還預言了科幻劇中的那種未來磁懸浮技術，即「真空管道磁懸浮列車」，最快運行速度理論上可以達到8倍音速，比世界上所有的超高速戰鬥機的速度都要快很多。預言人人會做，從預言走到應用，則是一個艱巨複雜的工程。馬斯克預言未來私人運營的火箭可以循環使用1000次以上，大大的降低宇航成本，但實踐中他發現要為此攻克無數的難關，至少在他的「有生之年」都看不見這種低成本火箭被發明出來的可能性。
雖然也有很具有誘惑力的優勢，但是磁懸浮列車的缺陷也是非常明顯的，在目前還是無解。有優點，肯定就有缺點，世界上的事物總是有兩面性。
比如，第一個缺點，磁懸浮列車的建造和和日常維護成本過高。
實踐證明，假設建造一條普通輪軌式高速列車的線路需要付出成本為10，則相應的鋪設一條同樣速度等級的磁懸浮列車線路，其投入的成本將是30，是前者的三倍。美國那麼「不差錢」，不也沒有搞磁懸浮列車嗎？就是因為太耗錢，連美國都玩不起這種玩具。成本高，意味著什麼？意味著要維繫它的運轉，就要出售價格高昂的車票。至少要比現有的高鐵車票貴上3倍，才能維繫磁懸浮列車線路的正常運營。高鐵票價已經算不便宜，再提高價格到三倍，這隻有商務出行人士才會去乘坐，而且人家還可以選擇民航。現在民航的價格越來越「親民」，誰又會去宣傳乘坐價格昂貴無比的磁懸浮呢？
磁懸浮列車的第二個缺點就是，在技術上還不具備應用基礎。
我國的輪軌式高速列車，雖然時速達到350千米／小時，是過去的「綠皮火車」的幾倍，但實際上從技術的角度來看，依然屬於傳統技術的範疇。在歷史經驗上，日本在上世紀60年代就已經建造完成了「新幹線」，那就是一種高速技術。而且，「新幹線」的列車已經跑了好幾十年，為後來者積累了極為豐富的經驗，包括技術、風險、管理等等。我國建造輪軌式高速列車，至少可以做到學習、模仿，核心部件還可以先進口，心裡做到有「底氣」。不像磁懸浮列車，之前世界上只有極少數幾個國家在慢慢的搞，而且從來沒有一個投入運營，完全是處於試驗階段。連人家上世紀60年代就有的「新幹線」我們都還沒有做起來，想「一步登天」去搞磁懸浮列車的運營，其難度和風險將呈現指數型上揚。這也是決策部門要考慮的一個問題。
第三個缺點，就是磁懸浮列車的載客能力有限，遠遠低於輪軌式高速列車。
我國目前已經投入使用的高鐵列車，短途的多為單聯編組，即掛8節車廂，長途的多採用雙聯編組，即翻倍為16節車廂，大大提升了運力。即使是單聯編組，也可以依據需求，比如說遇見周末和節假日，可以立即加掛為雙聯編組。從運量上來說，輪軌式高速列車的載客量較大且很有靈活性。而磁懸浮列車的客運運載量較少，掛載車廂一般為2～3節，比輪軌式高速列車要遜色很多。運載量少，則意味著營運收入的減少。無論是民航飛機、輪軌式高速列車，還是磁懸浮列車，它們歸根到底就是「賣票」，票賣得多，才能有收入，有了收入才能有後續的可持續性發展。所以，運載量較小的磁懸浮列車，即使投入了運營，也不可能是一種可大規模應用的成熟交通工具，其在商業上的競爭力較差。這也是世界上迄今為止僅僅有一條磁懸浮軌道投入商業運營的原因，即上海郊區的那一條觀光遊覽線，本質上不是用於生產，還是為了旅遊。
在預見的未來一段時期內，輪軌式高速列車才是主流，磁懸浮列車是「奢侈品」。
作者：懷疑探索者