中國早在魏晉南北朝時,就有求那跋陀羅(Gunabhadra)譯著《雜阿含經》和河內沙門白法祖譯著《佛般泥洹經》等佛經記載了供養佛舍利的內容,在南京、洛陽等地也先後建造了多座供奉佛舍利的阿育王塔;
隋文帝楊堅(公元541年7月21日~公元604年8月13日)推行佛教普建佛塔使佛舍利在中國的崇奉走向鼎盛,但是當時關於法門寺佛指舍利的描述比較籠統不明,從「方骨」到「或見如玉,光白映徹」,之後才逐漸出現了「形狀如小指初骨,長寸二分,內孔方正,外楞亦爾,下平上漸,內外光淨……」、「鳳翔法門寺塔有佛指骨」、「……護國真身塔,塔內有釋迦佛指骨一節」等較確切的「佛指骨舍利」字樣;
關於佛指舍利的形制,唐代高僧、佛教南山律宗開山之祖釋道宣(公元596年4月初8日~公元667年10月)著作《集神州三寶感通錄》(公元664年)記載有:「其舍利,開頭如小指初骨,長寸二分,內空方正,外楞亦爾,下平上圓,內外光淨。」;
1987年4月9日,陝西寶雞法門寺真身寶塔舍利地宮前室石門外出土由僧澈撰文令真所書的《大唐鹹通啟送岐陽真身志文》碑,記載有:「長一寸二分,上齊下折,高下不等,三面俱平,一面稍高,中有隱痕。色白如雨稍青,細密而澤,髓穴方大,上下俱通。」,其所記佛指舍利的形狀與道宣《集神州三寶感通錄》相吻合;
1987年5月5日至12日,法門寺真身寶塔舍利地宮打開期間共出土4枚舍利,除經專家鑑定的真身佛指骨舍利外,還有兩枚白玉所制和另一枚高僧的舍利共3枚「影骨」,為了保護「靈骨」而和其放置在一起,法門寺也隨著這枚當今世界獨一無二、佛教界至高無上的聖物真身佛指骨舍利的出土而成為佛教著名勝地;
由於在歷史上,曾經先後有四位皇帝發動過毀佛、滅佛的事件,分別是公元819年(唐憲宗元和14年)韓愈寫下《諫迎佛骨》之前的北魏太武帝拓跋燾(公元408年~公元452年3月11日)、北周武帝宇文邕(公元543年~公元578年6月21日),和韓愈《諫迎佛骨》之後的唐武帝李炎(公元814年7月1日~公元846年4月22日)、後周世宗柴榮(公元921年10月27日~公元959年7月27日),史稱「三武一宗」,此間在中國的大部分佛骨舍利遭到毀壞,為了避免佛指骨舍利遭到損毀,於是不少僧尼製作了仿佛祖真身靈骨的附屬品「隱骨」;
佛指骨舍利「靈骨」之外的3枚為「影骨」,即「靈骨」之影應、應現,以證示「靈骨」之不滅。佛教界認為「影骨」與「靈骨」是不一不異的關係,卓越的佛教領袖、書法家、社會活動家與愛國主義者趙樸初(1907年11月5日~2000年5月21日)說:「影骨非一亦非異,了如一月映三江。」;
釋迦牟尼佛指骨舍利「靈骨」為左手中指,三面俱平,一面稍高,上齊下折,長40.03毫米、上寬12.11毫米、上腔徑13.75毫米、下腔徑16.5毫米,重16.2克,為乳黃色,有似骨質的顆粒分泌物,出土時有星星點點的白色黴點附著其上,有裂紋,有蠟質感,當時因液體浸泡千百年骨質發軟而不能觸摸。
佛指骨舍利「靈骨」被用五重寶函包裝:
第五重寶函為盝頂鐵函,為鐵質,出土時已鏽跡斑斑呈深褐色,最初在此重鐵函之外還曾包裹著一層絲綢織物,因年代久遠而朽壞殆盡,僅可從殘片中識別出它原來的材質和紋樣;
第四重寶函為鎏金45尊造像盝頂銀函,緊套在第五重寶函之內,精美的函身上雕鑿有45尊在佛教界地位很高的唐密金剛界成身會曼荼羅造像,是目前全世界發現最早的密宗曼荼羅方壇場;
第三重寶函為雕花檀香木函,以銀包角,由於一千多年的塵封而全部朽壞;
第二重寶函為嵌寶石水晶槨,槨頂嵌有各一顆黃、藍寶石各一顆,槨蓋上雕有觀音菩薩坐像,由於原件裂痕嚴重難以修好,目前以複製品替代展出;
第一重寶函為壺門座玉棺,棺蓋雕有普賢菩薩像,玉棺之內供奉著釋迦牟尼佛真身靈骨舍利放於雕花棺床之上。
佛指骨舍利「影骨」之一被八重寶函包裝:
第八重金筐為銀稜頂檀香木寶函,呈精緻的黑漆正方體,長、寬、高皆為30釐米,通體以極珍貴的檀香木製成,雕花銀稜,內壁漆以烏黑髮亮的黑漆,函蓋上稜為銀質斜面,在被發現時已全部朽壞;
第七重金筐為鎏金四天王頂銀寶函;
第六重金筐為素麵頂銀寶函;
第五重金筐為鎏金如來說法頂銀寶函;
第四重金筐為六臂觀音純金頂寶函;
第三重金筐為寶鈿珍珠裝純金寶函;
第二重寶函為金筐寶鈿珍珠裝武夫石寶函;
第一重寶函為寶珠頂單簷四門純金塔,僅105毫米高,塔頂飛簷高翹,純金方臺塔座上有一僅11毫米高的小銀柱,用以套置佛指舍利。
1981年8月24日午夜,歷經多次損毀又多次重建的法門寺塔再一次在一陣撼天動地的巨響聲中轟然倒塌;
1987年4月3日~5月12日,文物專家在修繕佛塔時,意外發現了佛塔下地宮內的記事碑和物帳碑以及包含釋迦牟尼佛指骨舍利、銅浮屠、八重寶函、銀花雙輪十二環錫杖等佛教至高寶物在內的兩千多件大唐國寶重器,尤其是四枚「佛指骨舍利」的先後出土被文物工作者依次編號為最高等級的特一、特二、特三、特四號文物,沉睡千年的唐代珍寶重見天日;
2002年1月18日,八重寶函被列入國家文物局頒發的《首批禁止出國(境)展覽文物目錄》;
2004年法門寺地宮被聯合國評定為「世界第九大奇蹟」;
2006年5月25日,法門寺作為南北朝至清朝的遺址被列入國務院頒發的《第六批全國重點文物保護單位目錄》;
2009年5月9日上午,釋迦牟尼真身指骨舍利被永久安奉在歷時3年新建的148米世界最高佛塔合十舍利塔的地宮之中,只有逢節假日、重大佛事活動或農曆的初一和十五,才可用電動液壓升降機通過頂部蓮花中心藻井開啟裝置升至地面一層供人們瞻禮,合十舍利塔造型如同合十的雙手,牢牢的將舍利捧在手心。在塔內建有信息化、系統化、智能化的安保設施,構成了保護這枚特一級國寶無堅不摧的壁壘;
2014年10月11日,寶雞法門寺榮獲中國旅遊景區質量等級評定委員會頒發的國家5A級旅遊景區稱號;
2014年10月16日,第27屆世界佛教徒聯誼會在寶雞法門寺舉行;
寶雞法門寺地宮中所出土的佛指骨舍利是世界上目前發現的獨一無二的兼有文獻記載和碑文證實的釋迦牟尼佛真身舍利,是佛教世界的最高聖物,史載人們熟知的唐代高僧玄奘法師去西天取經時請回了佛骨舍利,並密藏於代州武臺山、終南山五臺寺、泗州普光寺及鳳翔府法門寺等四大名寺,但是代州武臺山及終南山五臺寺之佛骨舍利被毀於唐武宗會昌5年的滅佛運動中、普光寺在康熙19年(公元1680年)陷於洪澤湖導致佛指舍利可能也隨之沉沒,因此在寶雞法門寺13層寶塔下埋藏了千年唐朝的「迎佛骨於鳳翔」佛骨竟然還能存在於宇宙間並能重現於人們眼前,令世界為之震動,法門寺佛祖真身指骨舍利作為中國現存的唯一佛指骨舍利,其宗教價值和文物價值無可估量。