據《環球時報》3月17日報導，臺灣海巡隊登船處理漁事糾紛時，遭大陸漁船以技術故障為由強行「挾持」，臺灣為此出動多艘艦艇圍追，15日將涉事的9名大陸船員逮捕。這一新聞傳出後，兩岸漁業糾紛再度引發關注。上海臺灣研究所常務副所長、《臺海研究》主編倪永傑16日在接受媒體採訪時稱，此事或許可以成為兩岸籤署漁業協定的契機。另據《環球時報》了解到的消息，從15日起，大陸海協會和臺灣海基會一直就此事進行溝通；希望事件能儘快落幕，大陸人船及早返回。
據臺灣《中國時報》16日報導，15日上午11時半，大陸「浙嶺漁69088」號漁船與臺灣的「瑞漁31」號發生絞網糾紛，基隆海巡隊獲報後前往處理。下午2時，10名海巡隊員抵達彭佳嶼東北方17海裡處，但大陸漁船僅放慢速度，並沒有把船停下。5名海巡隊員於是帶著電棒和警棍跳上大陸漁船，要求船員接受檢查。《中國時報》稱，船長徐軍輝知道自己違反「兩岸人民關係條例」，若跟隨海巡隊員回臺必定受罰，於是下令8名船員緊閉門窗，並對5名海巡隊員表示自己不願接受檢查，甚至宣稱船隻發生故障無法停船，繼續往東北方行駛。後據臺灣當局稱，船長徐軍輝當時按下了「反海盜挾持」按鈕，讓漁船自動回航福建方向。
被臺灣當局抓捕的大陸漁船
巡防艇指揮官立即要求其他在巡防艇上的隊員尾隨這艘大陸漁船，並通過無線電指揮船上5名隊員務必將船上9人帶回臺灣。15日晚上7時半，海巡隊特勤隊緊急從基隆港出發馳援，謀星艦、新北艦及海軍軍艦等也抵達彭佳嶼東北方40海裡處，將大陸漁船團團包圍。7名海巡隊員帶著瓦斯槍及電棒登上大陸漁船，加上原本在船上的5名隊員，以12比9的人數優勢，壓制住包括船長徐軍輝在內的9名大陸漁工。
《聯合晚報》稱，16日早上6時，海巡船押著大陸漁工回到基隆，被戴上手銬押往居留地點。多數漁工面對媒體採訪時一言不發，但有媒體問到「為什麼挾持我們的人」時，一名40多歲的漁工驚訝地稱「我們沒有挾持」。「海巡署」官員潘進家稱，徐軍輝情緒不穩，但漁民並未有肢體反抗行為。據悉，徐軍輝等人阻撓登檢，已依妨害公務罪偵辦。《聯合晚報》還稱，依「兩岸人民關係條例」，100噸以上船隻越界，可處以25萬元新臺幣（約合5萬元人民幣）罰款，而該大陸漁船噸位為260噸，最高可罰到5倍。
對於這一突發事件，島內反應克制。臺灣陸委會15日晚間稱，已就此事透過「兩岸共同打擊犯罪及司法互助協議」通報機制，及時向陸方通報。《聯合報》稱，目前臺灣攔檢越界大陸漁船是依據「兩岸人民關係條例」，流程是先向大陸漁船廣播，要求停船受檢。一般來說，臺灣35噸巡防艇配備最少6人，100噸最少8人，配備有手槍、步槍、機關槍和烏茲衝鋒槍等武器，火力足夠，但為避免挑動兩岸敏感關係，隊員幾乎不敢開火。「中央社」稱，他們害怕衍生兩岸事件，臺灣漁船「廣大興28」號遭菲律賓公務船槍擊事件更加深了這種擔心。
近年來，兩岸漁業糾紛不斷。2003年10月，臺灣馬祖海巡隊向大陸漁船開槍，導致兩名漁民大腿中槍。《聯合晚報》稱，2006年臺灣海巡艇在金門一帶攔截登檢大陸漁船時，一名分隊長被大陸漁民持刀挾持，臺方以震撼彈、霰彈槍和催淚瓦斯彈將其制伏。倪永傑16日在接受《環球時報》採訪時稱，浙江和福建的漁民經常與臺灣漁船在同一個漁場捕魚，產生一些小的摩擦和糾紛也很正常，原來是由兩岸紅十字會協調解決，後來通過兩會機制，但並沒有從根本上解決漁業糾紛。他建議兩岸應該儘快籤署漁業協定：一是建立糾紛處理機制，二是根據大陸人和臺灣人各自比較喜歡的魚種，對漁場進行規劃和分工，不要雙方出了什麼事情就鬧起來，傷感情。至於臺灣海巡隊此次事件的處理是否得當，倪永傑說，它當然是照顧臺灣漁民的利益，所以處理方式比較簡單，「我覺得動不動就扣人，還是不太好」。