我們都知道日本是一個島國，其37.8萬平方千米的國土分布在北海道、本州、四國、九州四個大島及6800多個小島上。而由於歷史原因，日本現在與韓國、俄羅斯、中國都存在嚴重的島嶼主權爭端，這些爭端嚴重的影響著雙邊關係。
一 韓日獨島/竹島爭端
日本和韓國之間的島礁爭端問題圍繞著一座韓國稱之為獨島、日本稱之為竹島的位於日本海中央的火山島展開。韓國認為，獨島是鬱陵島的附屬島嶼，早在6世紀初，獨島就是韓國的領土。
根據韓國東北亞歷史基金會以10種語言製作的題為《日本不知道的十項獨島的真相》的宣傳材料稱，日本很久以前就認識到獨島是韓國的領土，只是在1905年1月爆發日俄戰爭時，日本聲稱獨島是「無主地」，於是以「無主地先佔論」侵佔了獨島，在行政上隸屬於島根縣隱岐島。
1945年，日本戰敗投降後，聯合國最高司令部明確規定把獨島移交駐韓美軍政府管轄。1952年1月，韓國發布《海洋權益宣言》，將獨島劃入韓國領海。日本對此曾提出抗議，並於1953年5月趁韓戰正酣之際，派遣自衛隊佔領了該島且在島上設立了宣示主權的標誌牌。
同年7月，韓國青年洪淳七率韓國義勇守備隊開赴獨島，強行趕走了日本軍人。1954年，韓國政府正式將獨島劃歸尚慶北道鬱陵郡管轄。由此，拉開了日韓兩國島礁主權爭端的序幕。
1956年，韓國政府派出海上警察守備隊代替獨自守島的洪淳七，並於翌年開始在獨島修建永久性建築物。1965年6月，韓日兩國實現邦交正常化時，日本提出就該島主權問題進行對話，韓國斷然拒絕，並堅持「獨島自古以來就是韓國的領土，此問題不能作為兩國紛爭而進行對話」。此後，日本多次提議將該島爭議提交海牙國際法庭裁決，雙方各執一詞。
2005年3月，日本島根縣議會通過了將每年2月22日定為「竹島日」的條例，引發了韓日領土主權爭端的升級，並一度發展為海上對峙。2008年7月，日本文部科學省宣布將在2012年度開始實施的中學社會教科書中首次寫入有關竹島是日本領土的內容。為抗議日本的挑釁，韓國歷史教育研究會、獨島學會等民間團體宣布將每年的10月25日定為「獨島日」。
作為鞏固實效佔領、宣示主權的一環，2012年8月，韓國總統李明博率閣僚登上該島，並在獨島守護標誌石上寫下「獨島」和「大韓民國」字樣。是年，日本政府再次提議將竹島爭議提交國際法院處理，遭到韓方拒絕。韓日關係急劇降溫。由是，獨島主權問題成為兩國發展的重要障礙。
二 日俄南千島群島/北方四島之爭
南千島群島是指俄羅斯千島群島和日本北海道之間的國後島、擇捉島、齒舞島和色丹島四大島嶼。
從歷史上看，日俄兩國對南千島群島的爭奪早在17世紀後期就已經開始了，雙方圍繞這些島礁主權問題展開過激烈交戰。1855年，日俄兩國籤署《和親通好條約》，規定整個千島群島以得撫島為界，以南劃歸日本，以北劃歸俄羅斯，日本自此確認了對南千島群島的佔有關係。日本堅持南千島群島是日本領土即是以此為依據。
俄羅斯所持立場則是遵從第二次世界大戰的結果。1945年2月，美蘇英三國籤訂的《雅爾達協定》有約：千島群島須交予蘇聯。同年8月，蘇聯出兵日本，並佔領了千島群島。
俄羅斯主張，根據第二次世界大戰的結果將南千島群島劃入蘇聯版圖，這是戰勝國的權利。作為蘇聯的法定繼承者，俄羅斯對這些島礁擁有主權，完全符合法理要件。而且，俄方認為，在現行國際秩序和國際體制沒有發生根本變化的情況下，日本的主張實質上就是要否定《雅爾達協定》、否定第二次世界大戰的安排、否定歷史，這不僅影響兩國關係，還將影響到國際社會對現行國際秩序的認可。
對日本來說，千島群島可謂是其民族的「傷心地」，取回北方領土主權可以洗刷其戰敗國身份的「汙點」。蘇聯與日本兩國於1956年籤訂聯合宣言時達成協議，雙方在籤訂和平友好條約後，將齒舞群島和色丹島移交日本，但此後由於國內外形勢發生變化，日方不再堅持這一立場。20世紀90年代，日俄曾幾近達成歸還協議，但命運有點捉弄日本，因經濟困難和外交方針的改變，俄羅斯又改弦易張。
多年來，日本政府以及北海道地方政府對「北方領土」問題的宣傳毫不放鬆。日本內閣和北海道地方政府分別設有「對策本部」，負責收集信息、開展宣傳以及協調各部門對俄相關事務等工作。
但是由於日俄有爭議的島礁現由俄羅斯實際控制，日本方面的應對辦法並不多。無論是日本政府在「北方領土日」花費巨額費用在媒體上做「北方領土正被俄羅斯佔領」的廣告，還是外相以及部分議員從空中視察，抑或是極端民族主義者給俄羅斯駐日使館寄送子彈，這些手段總能讓人感受到日本在解決與俄羅斯領土爭端上的無奈。隨著俄羅斯國力的恢復和對爭議島嶼的實際管控力度的加大，日本解決此領土問題的籌碼也會越來越少。
三 日中釣魚島爭端的根源是日本想要竊盜領土
中日兩國關於釣魚島主權歸屬問題的不同立場由來已久。大量歷史文獻表明，最早發現、命名和使用釣魚島的是中國人，而不是琉球人或日本人。但是近代以來，釣魚島被日本竊取乃至非法佔領。
1972年中日邦交正常化和1978年中日締結《和平友好條約》時，兩國老一輩領導人就「釣魚島問題放一放，留待以後解決」達成重要諒解和共識，其後，日方改變了立場，官方公開表態則強調在釣魚島主權問題上不存在任何爭議，並有計劃、按步驟地圖謀強化對釣魚島的實際控制。
為加強管控，2003年1月，日本政府以年租金2256萬日元的價格租下了釣魚島以及附近的南小島和北小島。2005年2月，小泉純一郎政府宣布將「日本青年社」建造的燈塔收歸國有，由日本海上保安廳接管，同時把18名日本國民的戶籍登記在釣魚島上。
2012年是中日邦交正常化40周年，年初之時，兩國都擬定出了一系列慶典活動。然而在這一年，中日在釣魚島主權問題上卻出現嚴重亂象。3月，日本政府公布了包括釣魚島在內的39座離島專屬經濟區基點名稱。
4月15日，東京都知事石原慎太郎在美國宣布東京都政府計劃在年內購買釣魚島。4月26日，東京都政府設立「尖閣諸島網站」並公布「東京都尖閣諸島寄付金」帳號，呼籲廣大民眾積極捐款「購買」釣魚島。
在動員日本島內民眾積極參與捐款購買釣魚島的同時，石原慎太郎一方面積極與釣魚島的「私有主」商談購買事宜，另一方面組織都議員等多次前往釣魚島實地考察，以向政府施加壓力。
7月2日，石原在《產經新聞》發表文章稱：
「回首歷史便知，改變歷史的絕對力量，就是軍事力量。……如果日本在釣魚島問題上屈服於中國的壓力，輕率地將日本的國土交給中國，這無異於國家的自殺。」
7月7日，野田佳彥首相宣布日政府有意購買釣魚島，並立即開始了相關工作。9月10日，日本政府舉行內閣會議，決定以20.5億日元的價格購買釣魚島、南小島和北小島。
9月11日，日本政府正式與釣魚島「土地所有者」籤訂「買賣合同」。當日，中國海監46和海監49抵達釣魚島附近海域巡航，展開宣示主權行動。中日關係因釣魚島爭端陷入低谷。