據日本媒體報導，日本九州地區的熊本縣等地14日以來連續發生強烈地震，已經開始對日本經濟的一些環節產生影響。
地震對日本西南部地區經濟造成較大損失。九州各工廠年產汽車130萬輛，佔全國產量的十分之一。豐田、三菱、日產、本田、大發等工廠因交通受阻、零部件斷供等已停止生產。索尼、三菱電機等電子工廠也已停產。一些企業的廠房、設備等不同程度受損。
據報導，位於九州島的熊本市一家索尼CMOS工廠被迫停止生產。在遭受地震襲擊後，索尼疏散了工廠的工人，並表示仍在對這座受影響的工廠進行檢查。除了索尼移動之外，三星、蘋果等智慧型手機巨頭，乃至大部分國產智慧型手機廠家都是索尼 CMOS的客戶。一旦索尼CMOS的供應受到影響，對於全球智慧型手機行業的衝擊不言而喻。不過，目前建築物本身並未遭到嚴重損壞。加之索尼轉移生產的能力也比較有保證，供應鏈暫時還不會出現大問題。
受熊本地震影響，豐田汽車零部件供貨陷入停滯，停產的工廠數量在日本全國出現上升。豐田汽車宣布，4月18日至23日期間，日本全國的整車工廠將分階段停產，24日之後才能研究是否恢復生產。豐田在福岡縣的工廠從15日開始停產，愛知縣和宮城縣等地的工廠也陸續停產。20日至23日，豐田的車體全部量產線將全面停產。預計整體將減產5萬輛左右。由於還有餘震，恢復生產和替代生產的籌備工作陷入停滯，還將對豐田日本全國工廠的採購產生影響。
熊本是日本著名的農業縣，番茄、洋蔥、馬鈴薯等產量巨大，但震後已停止上市，這可能導致東京、大阪等瓜果、蔬菜批發市場出現數量下降、價格上升的情況。
受輸送鏈斷裂影響，零售和餐飲行業部分店鋪被迫停止營業。據報導，永旺17日暫時關閉了熊本縣和大分縣的27家旗下超市。熊本縣嘉島町的部分永旺店鋪在16日之後開始在店鋪前的停車場進行食品和水的銷售。便利店中，羅森17日暫時關閉了熊本縣全部141家中的約三成店鋪。與16日80家店鋪停業的狀況相比，目前營業店鋪出現增加，但夜間仍有一半店鋪無法營業。在最大家庭餐廳連鎖企業Skylark，地震後熊本和大分兩縣27家中的15家一度停止營業。截至17日，熊本縣內的9家仍未恢復營業。
經濟學家們開始擔心此次地震對經濟形勢的影響。日本綜合研究所一位學者認為，如果工廠持續停產，將影響5、6月的工業生產統計結果，形成景氣減弱的印象。大和綜研主任研究員熊谷亮丸認為地震可能影響消費者心理，海外投資家們也可能出售日本股票。
摩根大通18日表示，因熊本地震及持續的餘震，日本近期經濟活動將不可避免地受到影響，因此日本第二季度1.5%的GDP增速預期或面臨下修風險。不過該行指出，預計負面影響將是暫時的，日本經濟上升的趨勢不會改變，預計日本政府或在5月26日至27日前和下半年宣布增加2016財年補充預算，且2017財年補充預算料接近10萬億日元。