圖特摩斯一世是為了防止盜墓才把巖洞陵墓修建在帝王谷的，然而，歷史註定了帝王谷要成為盜墓賊的天堂。
那些法老們在安葬他們的乾屍時極盡奢華之能事，這在那些盜墓賊看來，誘惑實在太大了，那裡的每一座墓室的財富數量，都遠遠超過最貪婪者的夢想。在帝王谷，法老們選定的墓穴位置是彼此靠近的，不像過去那樣分散，目的是為了便於集中守護，然而，這也恰恰給盜墓賊提供了方便。不知從何時開始，一個個匪幫會聚到帝王谷周圍，他們要麼暗度陳倉，要麼明火執仗，要麼與當地政府或守護者相互勾結，進行瘋狂的盜墓活動。託特米斯一世的遺體在那裡平安待了多久不得而知，但他的後輩託特米斯四世下葬不到10年，他的墓就被人洗劫一空，並且，在墓室的牆上，盜墓者還留下了得意的留言。可以說，在500年的時間裡，葬在那裡的每一座墓室都無一例外地遭到了洗劫。以至於後來的法老不得不一次又一次地將他們的先祖改葬。拉美西斯三世的遺體前後改葬了3次，阿赫密斯、阿門諾菲斯三世、圖特摩斯二世以及拉美西斯大帝的遺體也都曾被改葬別處。到最後，由於再也找不到合適的地方，只好將它們幾具、十幾具堆在一處。1881年，開羅博物館的一位工作人員僅在一個秘密洞穴中就發現了40多具法老木乃伊！
隨著時光流轉，朝代更迭，過了3000年後，帝王谷早已被徹底廢棄成一片破敗不堪的荒漠。3000年來，一批又一批的盜墓者把這片山谷翻了一遍又一遍，直到19世紀，一支又一支盜墓匪幫仍然在這裡活躍著。可以想像，這裡的陵墓遭到了怎樣的浩劫——這個被四周的山脈所包圍的荒涼峽谷，充滿了死亡的陰影。當年豪華的洞穴已被洗劫一空，許多洞穴的入口敞開著，成為野狐、沙隼和蝙蝠的巢穴。然而儘管帝王谷已經破敗不堪，仍然有一些貪婪的人在山石上四處踅摸。在同一個地方，盜墓活動持續了3000年，這在歷史上恐怕是絕無僅有的。公元前16世紀中葉，法老圖特摩斯一世選中了這裡作為他的重生之地，然而，珍寶發覺者的嗅覺是異常靈敏的，他們知道在哪裡能夠找到價值連城的東西。自從商博良破譯了古埃及文字，冒險家，考古學家，文物販子都長上了飛往埃及的翅膀，大量的文物車載船裝，被運到充滿現代城市文明的博物館或者就藏在一些人家的地下室裡。帝王谷不再平靜。從1817年10月，文物愛好者，義大利冒險家貝爾左尼在底比斯附近的畢班·埃爾——穆魯克山谷發現了一批古墓，一切有價值的東西就被明目張胆或偷偷摸摸地弄走了。