南北少林，威名遠揚，歷史上曾經演繹過多少蕩心迴腸、可歌可泣而又悲壯的故事。河南嵩山北少林寺，早已舉世聞名；而傳說中的南少林寺，究竟在何處？有的說在泉州，也有的說在莆田，還有的說在福清，眾說不一。因此，南少林寺一直成為海內外史學界、武術界、宗教界專家和學者苦苦探尋的歷史謎案。
一個偶然的機會，一場尋找南少林寺遺址的大行動展開了
據有關資料記載，1986年，福建省進行了一次大規模的文物普查。莆田縣的文物普查人員在偏僻的西天尾鎮林山村發現一些僧家用物和歷史碑刻等。其中，有五口大型花崗巖石槽經鑑定係為宋嘉裕、治平、紹聖年間（1063年—1094年）的歷史文物，碑刻和柱礎也是宋朝的遺物。除此之外，還收集到了一些民間傳說如「十三僧棍救唐王」、「五百僧造反」，以及一些與寺院有關聯的地名，如院前、院後、塔裡、塔西、放生池、練功埕、鰲池、馬槽等。在此期間，嵩山少林寺的僧人也根據歷史的記載來莆田尋找南少林寺遺址，但是不知什麼原因，依然不了了之。1989年10月，當時的莆田市體委主任林德榮聽說這檔子事，興趣十足，帶領一些研究人員來到偏僻的林山村進行實地勘察，又向文物專家了解，認為這些文物可能與南少林寺有關，便邀請一些專家學者進行初步研究，南少林寺遺址研究的序幕從此拉開了。
經過一個多月對史書、金庸和古龍的武俠小說的查閱中發現，南少林寺在這些書中記載著有關莆田南少林寺的記載。1989年11月，福建省武術協會年會在莆田召開，《莆田南少林寺之遺址—林山》和《莆田南少林寺初探》兩篇頗有意思的論文引起專家們的關注。於是，年會結束後，大量與會人員專程前往林山村實地考察。在大量的歷史遺物面前，他們認為林山寺和南少林寺有著密切的聯繫，有進一步研究的價值。此事引起了當時莆田縣各單位部門的普遍重視。
著名的歷史學家范文瀾、周谷城、李方晨、鄧子琴所著的《中國通史簡篇》、《中國通史》、《中國近代史》、《中國風俗史》等史書上，都記載著莆田南少林的資料，這給當時的研究人員更加大的信心。同時，《中國秘密社會史》、《近代秘密社會史料》、《少林拳術秘訣》、《洪門秘訣·西魯傳》、《清禪類鈔》等外國史書上也記載著有關莆田南少林寺的資料。為了挖掘南少林流傳在民間的傳統拳種，莆田市於1990年先後舉辦三次南少林傳統拳種大匯賽，從中發現流傳在莆田民間的有羅漢拳、梅花拳、洪拳、南少林一指禪、少林五雷拳、佛祖拳、五祖拳等大多數與少林拳種有關的拳種。為了深入考察，莆田相關研究人員前往嵩山少林寺進行訪問，發現更多與莆田南少林寺有關的資料和傳說。
南少林寺遺址研究到達高潮，到底歸屬莆田還是福清？
在查閱地方志史書中，福建省第一冊地方志《三山志》中記載「林泉院，陳永定元年置，歸屬福清縣。」根據時間和地點判斷，志書中記載的林泉院舊址可能在林山一帶。又根據《中國佛教》、《福建通志》等書介紹，禪宗傳入莆田的時間至少在魏晉南北朝以前。莆田歷史上高僧輩出，最有名望者乃是本寂大師，他是曹洞宗禪說的創始人之一，而這一禪說始終都是禪宗祖庭少林寺所奉行的理論，從而說明了莆田的佛教禪宗與少林寺有著密切的關係。理論研究的同時，研究人員發動林山村的群眾尋寶、獻寶，如「殘碑、楹聯」等這些很能說明問題的實物。這些實物的出現，引起社會各界的濃厚興趣。一些文物鑑定專家學者紛紛到林山村進行實地考察，都認為林山村現存的石槽殘碑等文物均為真品，屬國家保護文物。以此推斷林泉院不是一般的寺院，它是一個規模很大、歷史悠久、非同凡響的寺院，尤其是碑刻和石槽上的文字記載都證明了這一點。
所有的資料似乎都在說明，福清南少林寺才是遺址所在地，好像研究可以到此為止。但是，此事引起的社會各界的興趣也包括了國家文物局。1991年9月，國家有關部門授權福建省博物館考古隊對林泉院——南少林寺遺址進行挖掘。第一期挖掘總面積達1325平方米，在一塊35*17平方米的「大殿」地基上，部分地方還鋪著整齊完好的地板磚，場面極為壯觀。隨著挖掘工作的深入，發現整個寺院佔地約2萬平方米，歷史上曾被大火燒毀，幾經興廢，有宋、明、清等不同年代的牆基，其中有用大石板封頂的地下道（寬1.10米）。同時，還獲取了大量古建築材料以及陶瓷器皿殘片和銅錢等。這些文物均為宋、明年代。然而，據史書記載，林泉院建於南北朝時期的陳永定元年，當時隸屬福清管轄，宋太平興國劃歸興化縣，明正統十三年併入莆田縣。在林山挖掘的殘碑上，刻有「李唐貞觀」和「大中祥符」年號，這些記載與林山遺址挖掘的情況相符。
林泉院建於陳永定元年，當時隸屬福清；在宋劃歸興化縣，明正統十三年列入莆田縣，林泉院挖掘出的文物均為宋、明年代，此時迷霧已被撥開！
根據現有文獻和考古發掘的成果，以及收集的諸多文物，可以確認林山村寺院遺址就是歷史悠久的重要禪寺林泉寺遺址。歷史記載，林泉院始建於南朝陳永定元年（公元557年），最遲於北宋中葉仁宗嘉裕年間，此寺業已形成很盛的武風，成為我國東南沿海無數活動的重要中心。鑑於此，基本判定「林泉院即武術界通稱的閩中南少林寺，也就是南少林寺」。至此，一場曠日持久的南少林寺遺址爭論告一段落。
一石激起千層浪。南少林遺址論證結論的消息公諸於世之後，引起社會各界人士的強烈反響。1992年，莆田南少林遺址論證成果暨重建南少林寺新聞發布會在北京人民大會堂隆重舉行，新聞發布會的召開，對閩中南少林遺址的結論進行了進一步的宣傳定性，但也引起一些專家學者的質疑。特別是泉州、福清等地，對莆田南少林寺的遺址問題提出許多不同看法，持否定態度。但卻未能找到充分的證據證明南少林寺另有遺址，也沒有找到可以否認林泉寺不是南少林寺的佐證材料。
北有河南嵩山北少林寺，南有福建莆田南少林寺！這場世界級文化遺產之爭，從此告一段落！