9 世紀初，在抗擊法蘭克人的共同利益的基礎上，捷克人、斯洛伐克人建立了摩拉維亞王國。在第一任王公莫伊米爾（833—846）的率領下，捷克人和斯洛伐克人打退了東法蘭克人的進攻。莫伊米爾的繼任者，拉斯蒂斯拉夫（846—869），為了抗衡東法蘭克人和保加利亞人，與拜佔庭帝國建立了密切聯繫。應拉斯蒂斯蘭夫的邀請，拜佔庭派出布教團，到摩拉維亞傳教。869 年，拉斯蒂斯拉夫敗於東法蘭克人。新的國王斯維亞託普盧克（870—894）與日爾曼人修好，使西斯拉夫人皈依拉丁教會的基督教。拜佔庭的傳教團被逐。906 年，摩拉維亞王國敗於匈牙利人，國家滅亡。
中世紀的波希米亞
10 世紀末，以波希米亞為中心形成了捷克國家。國內封建割據嚴重，中央權力衰弱。王朝內部的鬥爭長期持續，王公往往向德國皇帝尋求支持，也因此深深介入了德國皇帝與教皇的鬥爭。捷克與神聖羅馬帝國逐漸結合。1086年，德皇亨利四世授予弗拉提斯拉夫二世以捷克國王的稱號，以酬謝他在授聖職權的鬥爭中對德國的支持。1158 年，德皇弗雷德裡克允許捷克國王世襲。到13 世紀，捷克已成為帝國內的重要政治力量，為帝國七大選侯之一。在此期間，封建制度已完全確立，農民主要是依附農民和役農——被固定在小塊土地上的農民，王公貴族取得特恩權，在自己領地上享有司法與行政特權。工商業在城市發展起來，形成了布拉格、布爾諾等重要貿易中心。12 世紀以後，大批德國移民進入捷克。此後，德國移民的上層成為捷克享有特權的貴族，教會和修道院也基本為德國人掌管。
1273 年，奧託卡爾二世（1253—1278）在與哈布斯堡的魯道夫爭奪德國帝位時失敗。5 年後，奧託卡爾與魯道夫於馬爾克費爾特交戰，被殺身亡。1306 年，瓦茨拉夫三世（1305—1306）被謀殺。普舍美斯王朝因絕嗣而終結。幾年貴族戰爭之後，盧森堡的約翰（德皇亨利七世之子，兼德國皇帝，1410 年被廢除帝位）成為捷克國王（1310—1346）。約翰為形勢所迫，頒布憲章保證貴族和僧侶的封建特權，使其享有徵稅自由。其子查理一世（1346—1378）使捷克國王在帝國世俗選帝侯中列第一位。查理之子瓦茨拉夫四世（1378—1419）統治時期，德國與捷克的民族矛盾加劇。終於爆發了聲勢浩大的胡斯運動。
中世紀的波希米亞
14 世紀末期，歐洲各國的民族意識逐漸形成，民族教會的思想亦到處傳播。約翰·胡斯（1369—1415），布拉格大學校長、皇后的解罪神甫用捷克語傳教，在捷克具有極高聲望。他主張教權服從俗權，教士過清貧生活，教產歸國家所有，建立廉儉的民族教會。最初受到王室的保護。1412 年，胡斯反對教皇出售贖罪券，指責教皇為猶大，要求改革教會，被教皇革除教職。但胡斯繼續在各地宣傳自己的主張，攻擊教皇的言詞更加激烈，稱教皇為基督之敵。1414 年，教廷在德國南部康士坦茨召開宗教會議，胡斯接到出席會議受審的通知。德國皇帝西吉斯孟德（1411—1437）許諾保證胡斯的安全，胡斯亦想為自己被革除教職而辯解，「證明真理的偉大」，隨即參加了會議。但大會不給胡斯申辯的權利就以「異端」的罪名逮捕了胡斯，並於1415 年7月6 日將胡斯處以火刑。胡斯的死在捷克民眾中引起強烈反響。激憤的民眾搗毀教堂，瓜分教會財產，驅逐德國教士，改由胡斯派教士主持宗教活動。450 名捷克貴族也聯名向宗教會議發出抗議，並組成聯盟，擁護胡斯派學者在宗教問題上的決議，宗教改革運動與捷克民族運動結合了起來。
中世紀的波希米亞
1419 年夏，爆發了融宗教改革與民族獨立為一體的胡斯戰爭。戰爭的參加者包括捷克社會的各個階層：農民、手工業者、市民和貴族。他們反對德皇西吉斯孟德兼任捷克國王，由於不同的宗教、社會改革方案又形成兩個集團。一個是溫和的聖被派，主張宗教改革與社會改革分開，並擬定「布拉格四條款」：講道自由，俗人用聖杯領聖餐，僧侶不從事世俗活動，僧侶犯罪與俗人一樣受處分。另一個是激進的塔波爾派，要求廢除私有財產，消滅等級特權，取消稅賦與封建義務，建立財產共有、人人平等的共和國。
1420 年，教皇發布「反波希米亞十字軍」公告，從而使捷克全國上下統一起來。捷克人民在卓越的軍事統帥約翰·傑式卡的率領下，先後打敗了五次由教皇和德國皇帝組織的十字軍進攻。1421 年夏，布拉格大學教授發起召開國會，胡斯運動各派及部分捷克貴族參加了會議。國會廢除西吉斯孟德的王位，並組成20 人的臨時政府。會議決定，將「布拉格四條款」推廣到捷克全境。1433 年，巴塞爾宗教會議對胡斯運動作出讓步，基本上滿足了聖杯派的要求。但塔波爾派拒絕和解，聖杯派與塔波爾派隨即決裂。雙方於1434 年5月決戰於裡旁，聖杯派獲勝。