截至2020年7月，南通市轄3個區（崇川區、通州區、海門區）、1個縣（如東縣）、代管3個縣級市（啟東市、如皋市、海安市），總面積8001平方千米。
市轄區
1.崇川區
崇川區，隸屬於江蘇省南通市，位於江蘇省中部，長江入海口北岸，是南通市市委、市政府駐地。總面積215平方千米。
崇川區擁有一山一水兩個風景名勝區。一山即國家4A級風景區狼山，一水即國家5A級風景區濠河。
2.通州區
通州區，江蘇省南通市市轄區，南通市主城區之一，位於江蘇省東南部，總面積1525.74平方公裡。
通州區濱江臨海，東部為中國「通州灣江海聯動開發示範區」，西部為南通濱江新區，南部連接蘇通長江大橋，北部被世界級的滬蘇通長江公鐵大橋穿境而過，南通興東國際機場坐落於境內。
3.海門區
海門區，江蘇省南通市市轄區，位於江蘇省東南部，與上海隔江相望，素有「江海門戶」之稱，被譽為「北上海」。
海門區總面積1148.77平方公裡，海門是中國聞名的「科技之鄉」、「紡織之鄉」、「建築之鄉」。
縣級市
4.如皋市
如皋市，江蘇省轄縣級市，由南通市代管，省級歷史文化名城。全市總面積1477平方公裡（不含長江水面）。
通揚運河、如海運河、如泰運河等縱橫如皋全境，總長180.8公裡，內河航運十分便利。如皋港是國家一類開放口岸上海組合港的重要組合港，擁有長江中下遊地區深水岸線和土地資源，是江蘇省沿江開發的重要組成部分。
5.啟東市
啟東市，江蘇省南通市代管的縣級市，地處萬裡長江入海口北側，三面環水，形似半島，集黃金水道、黃金海岸、黃金大通道於一身，是出江入海的重要門戶，也是江蘇日出最早的地方，啟東市陸地面積1208平方公裡。
6.海安市
海安，江蘇省南通市代管的縣級市，由「海水永不揚波」之意而得名，地處江蘇省中南部，位於南通、鹽城、泰州三大市交界處，全市總面積1184平方公裡。
海安是歷史形成的綜合交通樞紐，漢代開鑿上官運鹽河過海安鎮境，境內寧啟鐵路、新長鐵路穿境而過，鹽通高速鐵路經。
縣
7.如東縣
如東縣，江蘇省南通市下轄縣，位於江蘇省東南部、長江三角洲北翼。如東縣以原為如皋縣東鄉而得名。陸域面積1872平方千米，海域面積4758平方千米。
如東是江海鹽墾文化的代表。秦漢以前縣境為長江口沙洲，故稱扶海洲。長江、黃淮衝積成陸後，如東鹽業興起，亭場林立，至明清繁盛一時。