一般地，我們會有一種錯覺，只要是增值稅發票，就是可以抵扣的進項，能讓公司要交的稅金變少。著實，增值稅進項的抵扣，有一個比較重要的的原則，那就是：必須有票才能抵扣。這個票不一定非是增值稅專用發票，也可能是一些特殊的定額發票，或者普通發票，但肯定是必須要有票的。那除此之外，也會有一些額外的特殊情況，即便有增值稅專用發票，也不能抵扣。
票不合規
如果發票本身就是不合規的，那自然就無法抵扣，典型的有這樣一些場景：
被查出來是虛開的發票，也就是發票業務本身不真實。還有就是，發票是假的，現在有防偽稅控系統了，這種情況比較少了，可能會遇到的是，認證的時候是正常的，後邊又被取消了之類的這種情況。發票管理不符合規定，典型的比如要求365天內要認證的，沒有及時做認證。發票本身有問題。比如，密碼區模糊不清，稅號錯了，公司名稱錯字，蓋章不清楚，沒蓋章，等之類的情況。以上這些情況，往往都有可能導致專票的進項無法抵扣，那公司日常的發票管理，就應該從這些方面注意，畢竟不能抵扣的發票，對公司來說，就是實打實的損失。從某種意義上來說，進項是公司的資產，沒管好資產，就和沒管好錢是一樣的。
稅法規定的「不得抵扣」的項目
《增值稅暫行條例》裡，也規定了一些不能用於抵扣的項目主要有這些：
用於免徵增值稅項目，最典型如避孕藥品，銷售是免增值稅的，那製造這些產品的原材料進項稅，就不能抵扣。用於非增值稅項目，以前是指營業稅，現在比較典型的是簡易計稅的項目，進項不能抵扣。用於個人消費，比如買蘋果手機，獎勵給優秀員工。用於職工福利，比如職工食堂採購的發票，非正常損失的項目，非正常損失是指：因管理不善造成被盜、丟失、黴爛變質的損失，以及被執法部門依法沒收或者強令自行銷毀的貨物。 像315查出來沒收銷毀的偽劣產品，這些產品對應的採購進項肯定是不能抵扣的。再有買回來後在倉庫保管的商品，被偷了，那採購的進項也不能抵扣。以上，就是財務上常說的要做「進項轉出」的那些業務，那也是屬於不能抵扣的情況。這類需要從業務出發進行規範，儘量讓業務核算符合抵扣的要求，如果金額很大的情況，甚至可以是稅務籌劃的重點。典型的比如職工福利的問題，就往往是要結合個稅、增值稅，多方位權衡後的決定。
一些特殊情形
一般納稅人身份的公司，沒有健全的會計核算，簡單說就是帳不清楚，那麼稅務局機關可能會做出處罰：不得抵扣進項。
類似的還有，小規模納稅人達標後，沒有轉登記為一般納稅人，稅務機關同樣可能做出處罰：不得抵扣進項。
以上，就是比較常見的一些，即便有增值稅發票，也不能抵扣的情況。因為稅法一直在變化，也不一定很全面，也歡迎大家補充。最近還聽到一則消息，稅務機關在準備試點專業發票電子化，那未來的發票管理，可能會更高效更透明吧。