空軍總司令部是臺灣空軍部隊的最高領率機關，其主要任務是依據臺灣軍隊的建軍方針、原則和軍事戰略，擬制空軍建設規劃並組織實施；制定防空作戰計劃，指揮空軍部隊的戰鬥行動；組織各種技術、勤務保障；制訂訓練大綱，組織部隊訓練。空軍總司令部通過政治作戰部、作戰司令部、後勤司令部、防空炮兵司令部等對部隊實施組織指揮和管理。
臺灣空軍由飛行部隊、地面技術勤務保障部隊和防空炮兵部隊組成。地空飛彈部隊歸陸軍建制。
飛行部隊是空軍的主體，共有8個聯隊，其中戰鬥機聯隊7個，反潛運輸機聯隊1個。7個戰鬥機聯隊中，2個裝備F—16型機，1個裝備幻影2000—5型機，2個裝備IDF型機，2個裝備F—5F型機。戰鬥機聯隊下轄1個飛行大隊、1個維護補給大隊、1個基地勤務大隊；反潛運輸機聯隊下轄2個運輸機大隊，1個反潛機大隊，1個維護補給大隊和1個基地勤務大隊。飛行大隊是臺灣空軍的基本戰術分隊，下轄3—4個中隊。飛行中隊是臺灣空軍的基本戰術分隊，戰鬥機中隊編制飛機18—22架，運輸反潛機中隊編制飛機16架。
地面聯隊是臺灣空軍的技術、勤務保障部隊，包括通信航管聯隊、戰術管制聯隊、氣象聯隊和電訊監測中心等，主要任務是實施技術勤務保障。松山、金門、馬公和花東所設的4個指揮部，為空軍駐該地區的輔助指揮、管理機構。
防空炮兵部隊主要擔負臺灣機場、港口、雷達陣地、飛彈連和指揮機關的防空警衛任務。臺灣空軍設有防空炮兵警衛司令部，下設北部、中部、南部、東部4個警衛指揮部、8個防炮團，下轄14個防炮營和11個警衛營，共109個連。其中40毫米防炮營下轄4—5個高炮連，每連裝備40毫米雙管自行高炮8門，12.7毫米4管高射機槍8挺；35毫米快炮營下轄4個快炮連，每連裝備35毫米快炮4門，「麻雀」飛彈發射架4部，組成「天兵」防空系統。