衝繩縣目前是日本實際管制下的一個行政區，位於日本九州島和中國臺灣省之間。2013年《人民日報》文章作者之一、中國社科院中國邊疆史地研究中心研究員李國強撰文指出：釣魚島自古以來就是中國東海的固有群島，日方將釣魚島劃歸衝繩縣的行為是對中國主權的侵犯。同時李國強進一步指出衝繩在歷史上本身也並不是日本的固有領土，甚至迄今為止日本在法理上只對衝繩擁有施政權，至於衝繩的主權目前在國際法層面並未得到確定。
衝繩本名琉球，直到1879年之前一直是一個獨立王國，那麼獨立的琉球王國為什麼會成為日本治下的衝繩縣呢？中國周邊的朝鮮、日本、越南等鄰國都有一個共同點就是：這些國家的早期歷史基本上都是由中國古籍記載的。這是因為這些國家的文明起源相對較晚，形成書面文字相對較晚，所以也就沒辦法系統記錄自己的歷史。琉球的歷史最早也是由中國人記載的。相傳隋煬帝大業三年（607年）羽騎尉朱寬奉隋煬帝之命出海尋訪海外異俗。
當朱寬一行途徑今日北起奄美大島、南至與那國島（今釣魚島西南170公裡）時見一片珍珠般的島嶼浮在海面中，「若虯龍浮在水面」，遂為其取名流虯。明朝洪武五年（1372年）將此地更名為琉球。需要注意的是：這時還沒有琉球國的概念，這時的琉球其實是對包括我國臺灣島和琉球群島在內的東海諸島嶼的統稱，後來為了將屬於我國領土的臺灣島與琉球群島進行區別而將臺灣稱為大琉球，而琉球群島則稱為小琉球。臺灣問題屬於我國內政問題，不在本文探討的範圍之內，歷史上的琉球國係指小琉球。
關於琉球國的起源問題在《中山世鑑》、《中山世譜》和《球陽》三部著作均有記載：天神阿摩美久下凡，用天帝所賜予的草木土石做成島嶼，然後又求上天賜予人口，於是天帝將其子女二人賜予阿摩美久，此二人結合生三男二女，長男天孫氏建立了天孫王朝。天孫王朝共有二十五位國王，歷時17802年，傳至第二十五代王思金松兼王時為重臣利勇殺害，天孫王朝遂告滅亡。後來一個叫尊敦的人起兵誅滅了利勇，於是百姓擁立尊敦為君，號稱舜天王。
這一事件大約相當於我國宋代時期。公元1253年—1259年據稱是天孫王朝後裔的英祖擔任舜天王朝義本王的攝政，公元1260年義本王禪位於英祖，由此開創了琉球歷史上的英祖王朝。事實上直到此時的琉球仍處於一種近似於神話傳說的混沌迷濛狀態，英祖王朝末期琉球分裂為山南、中山、山北三國，三國之間時不時會爆發戰爭。這一時期琉球的歷史記載開始逐漸清晰起來，與此同時當時的中國明王朝的《明實錄》和李氏朝鮮王朝的《李朝實錄》中也出現了對琉球的記載，因此可以實現多方印證。
1372年（明洪武五年）正月明太祖朱元璋遣行人楊載向琉球三國發布詔諭——這是明代第一次遣使琉球。同年十二月琉球中山國國王察度派遣自己的弟弟泰期等人隨楊載入朝貢獻方物。1373年（洪武六年）山北王怕尼芝和山南王承察度也相繼向明朝進貢。至此北山、中山、南山三國開始向明政府朝貢，使用明朝年號，成為明王朝的藩屬國。1392年（洪武二十五年）朱元璋派遣福建三十六姓前往琉球支援琉球的造船航海事業。1395年（洪武二十八年）中山國國王察度去世。
1403年（明永樂元年）世子武寧遣侄三吾良疊告中國。1404年（永樂二年）2月中山王世子武寧來朝告父喪，明成祖朱棣即遣行人時中赴琉球祭弔，「賻以市帛」，繼而頒詔宣布世子武寧「襲爵位」。從此琉球新王登基必須經明朝冊封成為慣例。頻繁往來琉球的明朝使者甚至根據出使路線寫成《順風相送》一書，此書明確記載了當時明朝使者出使琉球的路線：由福州出發途經臺灣海峽，趁著東南季風順著黑潮流向，經過釣魚島等島嶼之後進入琉球國境。目前此書已成為我國對釣魚島主權的一大佐證。
1429年中山國王尚巴志結束了三國紛爭的局面，統一了琉球群島。1430年明宣宗正式賜姓琉球統治者「尚」姓，在之前琉球人只有名，從此以後琉球人才有了姓，這時的琉球王朝因此被稱為第一尚氏王朝。琉球王國的統一使其具備了對外開拓的能力：1440年琉球國北上與日本九州地區的諸侯大名島津氏爭奪奄美群島並成功攻克了奄美群島中最大的島嶼——奄美大島。1466年琉球國王尚德率2000人馬和50艘戰艦御駕親徵喜界島。然而琉球王國並沒能控制住整個奄美群島。
在之後相當一段時期內琉球王國一直與日本薩摩藩的島津家族就奄美群島展開爭奪。尚德王在徵服喜界島3年後撒手人寰，迄今為止關於尚德王的死因仍眾說紛紜，不過較為普遍的觀點認為他應該是死於權臣的陰謀暗殺。尚德王死後琉球隨即爆發內亂，尚德王的兩個兒子均在內亂中被殺死。1470年伊是名島出身的宮中御鎖側官（管理財務的宮廷官員）內間金丸（一稱金圓）被群臣推舉為君，金丸出於政治上的考慮對外宣稱自己是尚氏王朝的後裔並改名為尚圓。
1471年尚圓以尚氏王朝世子的身份向宗主國明朝報告「父喪」，次年明朝使臣抵達琉球並冊封尚圓為琉球國王。至此琉球國名義上仍處於尚氏王朝的統治下，但實際上這時的琉球王室與之前的尚氏王族並無直接的血緣傳承關係，因此後世一般將其稱為第二尚氏王朝以與第一尚氏王朝區別。1500年琉球王國出兵迫使距離琉球本島西南方向303公裡外的宮古島稱臣納貢。1507年久米島主動臣服於琉球國。1509年琉球派遣46艘戰船和3000人馬進攻八重山群島並相繼佔領了西表島、石垣島和與那國島。
明嘉靖元年（1522年）琉球國第二尚氏王朝的尚真王將勢力擴張到宮古島、八重山群島，基本確定了琉球南部的版圖。1537年尚清王率軍北伐攻取奄美群島。至此琉球王國橫亙於中國臺灣島和日本九州島之間，疆域北起奄美大島、東到喜界島、南止波照間島、西界與那國島，蜿蜒1000公裡，總面積約3600平方公裡。琉球王國的政治典章制度、衣冠服飾、法律法規幾乎都仿照明王朝而創設，和當時的朝鮮、越南等東亞漢字文化圈的國家一樣的是：琉球王國以漢字作為官方文字。
琉球王國的國都首裡城仿北京紫禁城而建，在其王宮之前以中國的牌坊為原型混合中國唐代建築的風格和琉球的傳統手法而建的守禮門至今被視為琉球建築的典型代表，守禮門上掛有以漢字書寫的「守禮之邦」匾額。整個有明一代琉球始終作為一個恭順的藩屬國的存在，明清易代後琉球繼續稱臣於清王朝，康熙二十二年（1683年）琉球王尚真曾獲得康熙皇帝御筆欽賜的「中山世土」匾額並將其懸掛於王宮正殿。琉球王國通過與中國的宗藩關係從中國獲得大量的物資供應。
與此同時琉球還發展成為了鎖國狀態下中國的海上對外貿易「總代理」。琉球的船隻不僅往來於那霸與福州之間，還北上日本、朝鮮，南下安南、呂宋、暹羅、亞齊、爪哇、滿剌加等，足跡遍布整個南洋群島，琉球也因為海外貿易的發達而被譽為「萬國津梁」。由於得天獨厚的地理區位，琉球很快發展成為明王朝同朝鮮、日本、東南亞乃至此時東來西洋勢力之間的貿易中轉站並因此積累了豐厚的財富。也正因為如此使琉球招來了惡鄰的覬覦之心。
15至16世紀琉球就不斷遭到大量倭寇海盜的騷擾，這對琉球國的海外貿易造成了很大損失。事實上覬覦琉球的並非只有作為烏合之眾的倭寇海盜，此時日本九州地區的諸侯大名們也紛紛打起了琉球的主意。明萬曆三十七年（1609年）日本薩摩藩領主島津家入侵琉球，在薩摩入侵的過程中琉球人民進行了自發的抵抗並誕生了琉球歷史上一位抗擊外來侵略的英雄人物——鄭迥：他是福建長樂移民鄭肇祚的後裔，1540年出生於琉球國久米村的鄭氏湖城殿內家族裡，1606年57歲的被任命為三司官。
當薩摩軍隊進犯那霸港時鄭迵據守那霸港附近的三重城，然而最終寡不敵眾。和琉球國王尚寧王等人都成為了薩摩軍隊的俘虜並被虜至鹿兒島。1611年薩摩藩主島津忠恆強迫尚寧王籤署了《條》：承認薩摩藩對琉球的控制。同時將奄美五島（即喜界島、德之島、奄美大島、衝永良部島和與論島）劃歸薩摩藩直轄。此外琉球還必須遣使謁見日本幕府將軍。對此鄭給予了嚴詞拒絕和厲聲斥罵，惱羞成怒的島津忠恆下令將鄭迵投入油鍋烹煮。
琉球人為紀念而將這一事件記載在了他們的國旗上。這是一面類似太極圖的旗幟,在琉球叫做「三巴紋」——所代表的正是鄭迥和將其投入油鍋的兩名獄卒。在籤署《掟十五條》之後無論是當時實際統治日本的德川幕府或是作為半獨立政權的薩摩藩儘管將自己的勢力成功擴張到琉球，但還是默許了琉球作為獨立國家存在的事實。這主要是考慮到琉球同中國的特殊關係，如果日本方面執意吞併勢必將再次引發像萬曆年間的韓戰類似之事。
從此琉球進入到同時向中國明朝和日本薩摩藩稱臣進貢的兩屬時期，每當接待中國使者時琉球總是要將同日本相關的一切藏起來。就這樣忙於內部問題的中國方面竟一直對薩摩已迫使琉球稱臣一事蒙在鼓裡。當中國發生了明清易代之後琉球作為之前明朝的藩屬國仍向清朝稱臣朝貢，中國和琉球之間的宗藩關係仍繼續維持著。這時的日本還無力挑戰中國作為東亞第一大國的地位，所以對中國和琉球之間的宗藩關係也並沒試圖抵制。不過日本仍暗中加強了對琉球的控制力度。
1632年（日本寬永九年）薩摩島津氏在琉球那霸設立「在番奉行」，以監視琉球內政和監督貿易和進貢。1853年5月美國海軍準將佩裡的艦隊首次到達琉球。1854年3月佩裡又到達了日本江戶（今東京），在美國炮艦的威脅下日本被迫籤訂《神奈川條約》，在籤訂過程中佩裡要求日本開放琉球的那霸港。對此日方表示：琉球是獨立的主權國家，日方無權決定其港口開放權。這表明至少在1853年日本仍承認琉球系獨立自主的國家，而不是隸屬於日本。
1854年7月11日佩裡又與琉球政府以中英文兩種文字籤訂了開放那霸港口的《琉美修好條約》。《琉美修好條約》的籤訂足以證明當時日本和美國都承認琉球為獨立國家。1871年12月19日一艘琉球國船隻在海上遭遇風浪被吹到中國臺灣的牡丹社土著居住地。由於雙方語言不通，結果這群琉球漂流民被牡丹社居民當成入侵者殺死，有幾人僥倖逃到了臺灣漢人聚居的地區後被保護了起來。清政府在對倖存者進行撫恤後派船送他們返回琉球。
按說這件事本該就這麼過去了，然而日本方面卻趁機插手了。日本以琉球向薩摩藩稱臣納貢為由宣稱琉球為日本領土，於是提出臺灣土著殺害琉球漂流民的行為是對日本國民的傷害，日本據此向清政府提出索賠要求。清政府方面認為：臺灣系中國領土，琉球為中國屬國，朝廷已對雙方的摩擦進行了妥善處置，實在沒必要對日本有所交代。1874年日本以日本國民遭臺灣土著殺害為由入侵臺灣。日本這次侵臺最終以與清政府達成和議而告終。
1874年10月31日經過反覆論爭之後中日雙方籤署《北京會議專條》。在這份條約中有這樣一條：日本此次所為原為保民義舉，中國不指以為不是。日本以此為由認定清政府已承認琉球百姓為日本國民，所以琉球自然也就該是日本領土了。事實果真如此嗎？事實上就在清政府與日本方面談判期間日方代表柳原前光又提到了另一起漂流民遇害事件：1873年3月8日來自日本小田縣的佐藤利八等人在海上遭遇風暴漂流到臺灣東岸。佐藤利八等人和當初的琉球漂流民一樣遭到了當地土著的劫殺。
清政府在條約中提到的保民義舉係指日本方面為被害的小田縣漂流民主張權利一事，而從來都不是指日本方面越俎代庖為琉球漂流民主張權利一事。日本方面實際上是將琉球漂流民遇害事件和小田縣漂流民遇害事件捆綁在一起，從而混淆了事情本來的真相。說日本方面是用捆綁策略混淆視聽有沒有證據呢？事實上這是可以從當時日本侵臺將領西鄉從道照會中國閩浙總督李鶴年的文書中得到證實的。這份文書先是提到明治四年12月琉球漂流民遇害一事，接著又提到明治六年的小田縣漂流民事件。
在這份照會中西鄉從道把琉球漂流民和小田縣漂流民皆稱為「我人民」。由此可見日本方面一開始就打定了以捆綁策略混淆視聽的主意。《北京會議專條》籤訂後大久保利通在向明治政府的建議書中說道：「琉球歷來為本朝與中國之兩屬。其人民受日本保護，其正朔又受之於中國。此次對清交涉之後徵討臺灣藩地使中國認作義舉，為受害難民支付恤銀。雖然據此說琉球是我國版圖有幾分依據，但難以達到判斷定局」。由此可見即使在條約籤訂後日本方面自己都感覺據此主張對琉球的主權有些牽強。
日本在與清政府就琉球問題展開談判的同時卻一直在不斷製造既成事實：琉球漂流民事件發生在1971年。1872年日本政府借明治天皇親政之機，削琉球國號設為「琉球藩」。也就是說當1874年《北京會議專條》籤訂時日本實際上已實現了對琉球的高度控制。日本政府用這種「在戰場上製造既成事實，在談判桌上捆綁處理」的策略對清政府步步緊逼。1875年7月日本強令琉球王國停止對清政府的朝貢並改用日本年號。1877年10月日本政府又將琉球的司法權納入大阪高等法院的管轄之內。
1879年日本宣布琉球廢藩置縣，完成所謂的「琉球處分」，將琉球強行併入日本，改為「衝繩」縣。日本這種單方面的侵略行為不僅得不到琉球人民和身為宗主國的中國的認可，在國際社會上也並沒得到承認。1880年1月13日英國駐日大使巴夏禮向日本外相寺島宗則說明了英方在中、日兩國就琉球問題交涉的態度：英方認為中國清政府在1874年的條約中支付撫恤金的對象是小田縣漂流民而非琉球漂流民，英方並不認為中國政府已放棄對琉球的宗主權。
在日本吞併琉球的過程中自身實力有限的琉球只得寄希望於身為宗主國的清政府：1875年日本派內務大丞松田道之出使琉球，強迫琉球斷絕與中國的宗藩關係，琉球國王在日本方面的壓力下只好派官員赴東京請願。然而與此同時琉球也開始暗中積極聯絡清政府以避免被日本吞併的命運：紫巾官向德宏奉琉球國王之命以前往伊平屋島祈禱作為幌子掩護自己秘密出使中國的行動，琉球在中國的留學生林世功等一行19人也隨同前往。1877年4月12日秘密出訪中國的琉球使團抵達福州。
向德宏、林世功等人將國王尚泰的密信呈給閩浙總督何璟並提出直赴京師請願。這時的清政府儘管已被列強的堅船利炮強行打開國門，然而閉關鎖國的心態卻沒多少改變，以致於當何璟的上書送達京城後朝廷大員們才知道琉球所發生的一切。恰逢此時沙俄正在新疆製造事端，因此中國一時無暇顧及琉球局勢，日本也就趁此時機完成了對琉球的實際吞併。儘管此時琉球國實際上已然被日本吞併，然而包括林世功等人在內的大量流亡在中國的琉球人士展開了復國運動。
他們以福州、北京、天津為據點，向清朝總理衙門、禮部和李鴻章、左宗棠等朝廷重臣遞呈請願書，要求清政府就琉球問題向日本交涉。日本對琉球的吞併行為從未得到清政府的承認，這就使琉球問題仍是擺在中日外交關係中的不確定因素。日本公然吞併琉球的行為使清政府感受到了來自日本的巨大戰略壓力，實際上這時日本已然開始將中國的臺灣鎖定為下一個目標，而中國的北洋艦隊實際上從成軍伊始就是以日本為假想敵的。從1879年日本吞併琉球以來中日之間圍繞琉球問題不斷展開交涉。
1879年6月12日美國前總統尤裡西斯·格蘭特在天津會晤中國政府代表李鴻章時被邀請就琉球問題進行調停。7月3日格蘭特一行乘坐「裡奇蒙德號」抵達橫濱，7月22日格蘭特與日本政府要員伊藤博文、西鄉從道等人就琉球問題舉行會談。在聽取了日本方面的意見後格蘭特認為日本吞併琉球侵犯了清國的海上貿易利益並將對中國的臺灣構成巨大的戰略壓力，為此他提出只有和平談判才是解決琉球問題的方法。8月10日格蘭特會見明治天皇時指出若是日本吞併琉球將「斷絕清國與太平洋之通道」。
格蘭特建議日本「予彼以太平洋之廣闊通路，如至此議彼將應承之」。中國駐日公使何如璋發電報通知總理衙門稱格蘭特提出「琉球三分方案」：包括琉球本島在內的中部各島歸還琉球，恢復琉球國，將宮古及八重山以南各島劃歸中國，將包括奄美大島在內的五島劃歸日本。總理衙門表示贊成這一方案，但事後美國方面不承認這是格蘭特提議的。這時的日本羽翼尚不豐滿，對號稱」世界第八、亞洲第一「的北洋艦隊還是有所忌憚的，加之有美國方面的調停，最終日本方面決定在琉球問題上採取一定」讓步「。
1880年3月日本方面正式向清政府提出「分島、改約」案：琉球群島的北部和中部島嶼歸日本管理；宮古島、八重山等南部諸島則歸清政府管轄。這就是題目中所謂日本主動提出歸還琉球一事。在日本方面看來：這已是他們做出的重大讓步。這時的日本在琉球問題上秉承的是強盜邏輯：既然琉球實際上已被自己吞併，那麼日本也就理所當然將琉球視為自己領土的一部分，如今主動提出將琉球南部諸島交給中國，至於中國在得到琉球南部諸島後如何處置則由中國自行決定。
不得不說日本人的如意算盤打得精：琉球本來就不是日本領土，如今日本用吞併得來的領土與中國交易，那麼即使在讓出南部諸島後日本仍是淨賺。然而作為當時中國方面談判代表的李鴻章卻不能接受日本的這一提議，因為在他看來：琉球國本就是中國的藩屬國，是被日本強行吞併的，只有日本完全從琉球撤軍才能算琉球問題得到妥善解決。如果就日本方面的方案進行談判，那麼實際上相當於中日合謀瓜分琉球，這不符合中國對待藩屬的興亡繼絕之道。
況且在日本的方案中琉球北部和中部絕大部分地區都處於日方控制下，而中國只得到土地貧瘠的南部諸島，中國通往太平洋的海上通道仍受到日本的遏制，臺灣仍將面臨來自日本的巨大戰略壓力。可以說中國儘管在表面上看似得到琉球南部的幾個島嶼且可以將其併入自己直接管轄的領土，然而卻無助於改善中國東南海疆的戰略態勢，反而還要背負與日本合謀瓜分藩邦的惡名。與此同時日本方面的方案是附帶交換條件的：中國應修改日清通商條約，允日享有最惠國待遇。
有鑑於此的李鴻章也擔心日本會利用這一條款趁機向中國索要更多政治經濟利益，從而為將來埋下隱患。日本提出的方案公布後流亡在中國的琉球人士再三向清政府請願表示宮古、八重山二島土地貧瘠，無法生存，萬不可接受。林世功甚至在北京總理衙門前自殺以示抗議。林世功自殺後清政府拒絕在談判條約上簽字，於是中日之間圍繞琉球問題的談判就此擱置。也許當時李鴻章等人還想著暫時擱置爭議以待日後解決，然而甲午戰敗後清政府被迫與日本締結《馬關條約》。
至此清政府連自己的領土臺灣都割讓了，至於早已被日本實際吞併的琉球就無力聲索了。當初明太祖朱元璋曾派閩人三十六姓移居琉球，幫助當地人防備倭寇和發展當地經濟，這三十六戶閩人後裔定居於如今那霸市的久米村。身為漢人後裔的久米人在歷史上曾誕生過抗擊日本薩摩藩入侵的英雄人物鄭迥，甚至在琉球被日本吞併後這裡的人們仍拒絕穿和服、說日語並設法與當時的清政府取得聯繫，直到1895年《馬關條約》籤訂後日本佔據臺灣，從而切斷了久米人同中國的聯繫。
儘管腐朽的清政府無力懲罰日本公然吞併自己屬國的行為，最終只得以拒不承認的方式作為一種無聲的抗議。然而今天我們回頭重新審視這段歷史可以說這種無聲的抗議並非是毫無意義的：如今的國際體系是由西方式的條約關係為主基調的，而東亞傳統的宗藩朝貢體系早已成為歷史，條約體系在東亞取代宗藩體系是經歷了一段相對漫長的歷史時期的。在帝國主義列強侵略中國及其藩屬國的過程中一開始是承認在東亞已維持數千年之久的宗藩朝貢體系的。
所以中國近代相當一部分不平等條約中都包含有廢除宗藩關係的條款：1885年的《中法新約》中清政府宣布廢止與越南的宗藩關係，承認法國對越南的保護權；1886年的《中英會議緬甸條款》中清政府承認英國取得緬甸主權；1895年的《馬關條約》中清政府宣布廢止與朝鮮的宗藩關係......正是通過這一個個條約使中國及其藩屬國由傳統的宗藩體系過渡為西方式的條約關係。這樣就形成一種慣例：中國與藩屬國關係的轉型是通過條約確立的。
儘管今天我們認為這些條約是不平等條約，但當時的中國政府的確聲明放棄對越南、緬甸、朝鮮等國的宗主權，然而在東亞世界由宗藩體系向條約體系轉型的過程中琉球成為了一個例外：琉球是被日本強行吞併的，儘管事後中日之間圍繞琉球問題展開過談判，但並未達成任何協議。甲午戰爭後日本是有機會迫使清政府以條約形式承認日本對琉球的佔領的，然而也許是當時的日本醉心於戰勝的喜悅之中竟忘了完善這樣一道手續。這意味著什麼呢？
越南、緬甸、朝鮮等國脫離以中國為核心的宗藩關係都是通過條約形式得到確認的，然而從清政府到北洋政府、國民政府再到人民共和國政府從未有任何一屆中國政府在承認日本吞併琉球的條約上簽字（哪怕是不平等條約），也就是說作為琉球原宗主國的中國從未聲明放棄過對琉球的宗主權。儘管宗藩體系在今天看來似乎早已成為歷史，然而如今的國際法體系是由西方國家所主導的，而在此之前東亞的宗藩體系早已運作了數千年之久。
在東亞地區被動納入到西方式的國際體系過程中實際上締結的各種條約實際上形成了這樣一種慣例：中國與藩屬國關係的轉型是以中國通過條約形式承認放棄宗主權而實現的，偏偏在琉球問題上卻沒形成類似的條約，那麼至少在國際法層面中國實際上還保留有在琉球問題上發聲的法理依據。日本吞併琉球儘管缺乏法理依據，但的確造成了一種既成事實。1895年《馬關條約》籤訂後清政府連臺灣都割讓了，自然也不會再繼續對琉球問題發聲了。
到了1945年琉球問題再次開始浮現在世人面前：在這年3月至7月期間日軍與美軍進行的衝繩戰役中日軍在琉球群島進行了二戰期間僅次於南京大屠殺的第二大屠殺事件。據戰後統計資料顯示：日軍的屠殺導致島上26萬多居民的傷亡，美軍的轟炸同樣也造成大量島上平民的傷亡。根據二戰後期美、蘇、中、英等反法西斯同盟國達成的《開羅宣言》、《波茨坦公告》等協議規定：戰後日本的主權範圍將限定在本土的九州、四國、本州、北海道四個主要大島。
至於其他離島則由盟國認定是否為日本所有。隨著美蘇冷戰格局的日益明朗，美國對日本的態度由打壓開始向扶植轉變。1951年9月4日美國請了52個國家在舊金山同日本籤訂了和平條約，因此這一條約被稱為《舊金山和約》，美國刻意將中、蘇等國排除在外。值得注意的是：《舊金山和約》不僅排斥當時已然成立的新中國，臺灣的中華民國政府也被排除在外。就這樣美國在背著中國的情況下同日本達成和約。這份和約的第三條對日本除四大主島之外的離島做出了規定。
《舊金山和約》第三天的規定是：日本對於美國向聯合國提出將北緯二十九度以南之南西諸島（包括琉球群島與大東群島）、孀婦巖島以南之南方諸島（包括小笠原群島、西之島與琉璜列島）及衝之鳥礁與南鳥島置於聯合國託管制度之下，而以美國為唯一管理當局之任何提議將予同意。這樣一來包括琉球群島在內的日本本土四大島之外的離島由聯合國託管。名義上說是由聯合國託管的琉球群島實際上是處於美國的佔領之下，從此這裡就成為美軍在亞洲的前哨基地。
1952年4月1日美國在琉球群島成立了一個「琉球政府」作為行政機構，琉球群島由此實現了部分自治，但實際統治權仍掌握在美國手中。歷史上飽受戰火荼毒的琉球群島居民這時最大的希望是遠離戰爭，然而在美蘇冷戰的格局下琉球成為了美國遏制戰略對手的前沿地帶。在這種形勢下日本在美國佔領當局主導下制定的《和平憲法》就對飽受戰爭創傷的琉球人產生了莫大的吸引力。這就導致琉球原有的獨立運動逐漸轉換成為了本土復歸運動。
琉球當地人在1951年成立日本復歸促進期成會、1953年成立衝繩諸島祖國復歸期成會、1960年成立衝繩縣祖國復歸協議會，這些都是當地人要求美國將衝繩群島移交日本的民間協會。1964年6月日後成為日本首相的佐藤榮作在與池田勇人競選自民黨總裁時提出了要讓美國歸還衝繩的計劃。1968年11月在衝繩本地的選舉中主張「本土復歸」的衝繩社會大眾黨候選人屋良朝苗當選琉球政府行政主席。屋良朝苗上臺後就積極推動使衝繩「復歸」日本，這正好與日本佐藤政府的步調形成了有力配合。
不過所謂「衝繩復歸」首當其衝的就面臨著美軍基地問題。琉球群島的基地對美軍至少有兩大意義：一則是監控日本，二則是封鎖亞洲大陸。儘管二戰後美國成功控制了日本，但對這個曾經的對手並不能完全放心，所以在琉球群島保持軍事存在就能有效監管控制日本。同時琉球群島的地理位正適合用來封鎖亞洲大陸，從而孤立遏制美國在亞太地區的戰略對手。當琉球群島處於美軍佔領下時美國可以隨意使用島上的基地，然而一旦「復歸」日本就意味著美軍再要使用基地需要先和日本政府磋商。
儘管二戰後的日本受到美國的高度控制，然而這樣畢竟沒自己直接佔領琉球時那樣方便，還是會使美軍或多或少受到一些掣肘。美國尤其最擔心的是部署在島上的核武器。日本作為世上唯一曾遭受核武器打擊的國家對核武器問題是極為敏感的，所以一旦將衝繩交給日本後島上的核武器如何處置就成為了一個問題。最終經過日、美兩國的磋商達成協議：美軍撤出部署在琉球群島的核武器，但仍保留在當地的駐軍和基地。1972年5月15日美國正式把衝繩的施政權移交給日本。
如今琉球群島被日本管轄是美日之間私相授受的結果。美國之所以把琉球群島的施政權交給日本是美國出於自身利益訴求，但美國只是移交了琉球群島的施政權，卻從未提及過主權問題。這實際上正是美國人狡猾的地方：儘管如今琉球群島的局面是美日私相授受的結果，但美國卻聲稱自己只是移交了施政權，所以也就不用介入到關於琉球群島可能出現的主權爭議問題中。事實上美國也無權向日本移交琉球群島的主權，因為琉球群島本就不屬於美國，所以琉球目前在法理上仍處於主權待定狀態。