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第1季：蛇怪復甦
隨著加滿都魔王和他的骷髏軍被四位幻影忍者打敗，幻影忍者王國再次恢復了平靜。但隨後，加滿都的兒子勞埃德將邪惡的古代巨蟒部落從地下放了出來，使世界再次陷入黑暗中，只有一位傳奇的綠色忍者才有力量打敗邪惡的蛇怪，拯救世界——他究竟是誰呢？
幻影忍者們在吳大師的指導下，突破內心的障礙，釋放出最大潛力。同時，他們發現勞埃德就是綠色忍者，他擔負著擊敗魔王的重任。在這時，派梭釋放了大吞噬者（又叫「吞噬魔」），命運賞賜號被毀，忍者們無法對抗大吞噬者，加滿都用4件黃金武器把大吞噬者消滅掉了；但他和蛇怪們逃逸了。
加滿都魔王用四件黃金武器合成終極黃金武器，將賞賜號重新拼合，據為己有。但依舊屢次失敗，後來終極黃金武器被毀滅。
第2季：最後一戰
在偶然的情況下，加滿都魔王找到了黑暗之島，為最後一戰做準備。忍者們也來到黑暗之島，找到光明神殿恢復元素力量，並有了新武器：元素劍。黑暗之主控制了加滿都和整個幻影忍者王國，勞埃德找到了第一代幻影忍者的機甲，並化身為終極幻影忍者，最後一戰開始了！
最後，黑暗之主被勞埃德打敗，而加滿都也從黑暗中解脫出來。
第3季：重啟
最後一戰過後，在塞勒斯·伯格的引導下，幻影忍者城變成了——新幻影忍者城！這裡全是機器，而復活的黑暗之主卻再次控制了新幻影忍者城，忍者能否拯救大家呢？
吳大師為了解救人們，自己卻被黑暗之主改造，變成了吳魔王，最後回復原樣。並且由機器忍者——贊與黑暗之主一起滅亡。
第4季：元素擂臺賽
凱、寇、傑、勞埃德接受邪惡的陳大師的邀請，來到一座島上參加擂臺賽，卻發現了陳大師的陰謀。後來找到被重造的贊，並與其他元素大師的後裔們一起打敗了陳大師與他的軍隊。
第5季：幽靈霸主
詛咒魔域裡的幽靈摩羅被加滿都無意釋放，逃出了詛咒魔域並控制了勞埃德，他想成為綠色忍者，同時幫助詛咒魔域詛咒十六國度，後來跟隨詛咒魔域一起滅亡。
第6季：飛天海盜
克勞斯從詛咒魔域穿回到了忍者世界，他釋放了泰拉漢之壺中的巨靈納達克汗，納達克汗拿到了穿越水晶並找回了他的船員。巨靈世界因為詛咒魔域毀而毀，巨靈想當上巨靈世界的君王並結婚，因為結婚後君王可以許無限個願望，因為尼雅很像他去世的愛人狄拉拉，於是他把尼雅變成了狄拉拉。巨靈同時還讓忍者世界的一部分土地升上天空變成巨靈世界。後來巨靈被消滅，忍者世界恢復了平靜。
萬聖節特別篇：分裂之日
楊大師用詭計欺騙了寇，使以前反派的靈魂從往生世界回到幻影忍者城，並且去對付各個忍者，忍者們會取得勝利嗎？
第7季：時間之手
當忍者擊敗楊大師後，吳大師做了一個可怕的噩夢：他夢到了索德斯博士和他的惡人展覽廳，展廳裡的塑像比其在世之時還要栩栩如生：
躲在陰影裡的楊大師
第一代火系水系大師，也就是凱兄妹的父母雷和瑪雅看起來在鍛造某種厲害的武器（Time Blades）
還有天才發明家，贊已經逝去的父親——朱利安博士
最後，吳大師認為時間已經敗給了時光雙子，所以吳受他們的幻影困擾。他決定，他必須為未來做好必然的準備。
多年前，時光雙子因為參加第一次蛇怪戰爭到吳大師麾下成名，但某天，他們因未知原因，突然背叛元素聯盟軍，這一幕的壁畫，被收藏到了幻忍歷史博物館，所以我們可以在鎮樓裡看到，年輕的吳大師和加滿都手持Time Blades（時光之刃）對峙時光雙子，而元素聯盟軍和元素大師包圍了他們。
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