佛教在西藏的發展分兩個階段，一般稱「前弘期」和「後弘期」。7世紀中葉到9世紀中葉為前弘期。其時，佛教在吐蕃還是一種外來宗教，它在與當地原有的苯教不斷鬥爭中發展起來，曾一度佔優勢。赤松德贊（755一797在位）時從印度迎來寂護和蓮花生兩大師，建立桑耶寺和僧團組織。期間，在印傳佛教和漢傳佛教之間曾引發一場爭論，最終印傳佛教在贊普的支持下得以取勝。赤祖德贊（815一838在位）時，佛教得到進一步發展。他的繼任者贊普達瑪期間，佛教遭受嚴重打擊，但其後約百年，衛藏地區的佛教仍不絕如縷。
10世紀，佛教逐漸由西康、青海、阿里等地將戒律傳回衛藏地區。同時有一些人去印度求法，又從印度迎請阿底峽進藏，主要傳授顯宗教理，兼及密宗。這樣，佛教逐漸在吐蕃復興，並發展成獨具高原民族特色的藏傳佛教，而且從11世紀開始陸續形成各種支派，到15世紀初格魯派的形成，藏傳佛教的派別分支才最終定型。主要有寧瑪派、噶當派、薩迦派、噶舉派等前期四大派和後期的格魯派等眾多派系。格魯派興起後，噶當派則併入格魯派而不單獨存在。藏傳佛教的派別差異既不像印度的小乘十八派是由於其遵行的戒律不同而分派，也有異於印度的大乘因其主張的教義不同而分派。其派別差異是因不同師承、不同修持教授、所據不同經典和對經典的不同理解等佛教內部因素和不同地域、不同施主等教外因素而形成眾多派別。現將主要四大派系簡介如下：
寧瑪派
寧瑪派是藏傳佛教最古老、歷史最悠久的一個派別，因僧人戴紅帽而又被稱為紅教。其顯著特點是注重密法的修煉與實踐，不問政治，因此大成就者也最多，歷史上曾經產生了超過十萬的虹化者。
「寧瑪」藏語意為古、舊，由公元八世紀蓮花生大士所傳下來，繼承從「前弘期」流傳下來的密教思想以及相關儀軌，歷史淵源早於後弘期出現的其他教派，通稱「舊譯密咒派」。寧瑪派僧徒可以分兩大類：第一類稱阿巴，意為咒士，除修行外還參加生產，靠念經念咒在社會上活動，不注重學習佛經，也無佛教理論，可以結婚生子。第二類還注重修習佛法經典，過著嚴格的出家人的生活，也有師徒或父子間傳授。
寧瑪派作為一支獨立的宗派，是在「後弘期」形成的，因在「前弘期」時無宗派之分。早期的寧瑪派採取師徒和父子相傳的傳教形式，既沒有形成統一的系統教義，也沒有固定的權威性寺院，其僧侶組織相對比較鬆散。雖然寧瑪派的教義及其傳承比較龐雜，但一般可歸納到三種傳承，即遠者經典傳承，近者伏藏傳承，以及甚深淨境傳承。
在 「後弘期」的初期，有三位寧瑪派大師（史稱三素爾）對寧瑪派的形成起到了關鍵性作用，使寧瑪派結束以往的的分散格局或無組織狀態，開始走向擁有完整教法儀軌和寺院組織的正規宗派行列，成為一個有固定寺院、有系統經典、有僧侶組織的完全獨立的宗派，並在當時享有盛譽，但依然不關心政治。
公元17世紀，寧瑪派在掌管統治權的格魯派五世達賴的支持下，在西藏地區得到進一步的發展。五世達賴不僅扶持原有寧瑪派寺院，使多吉札寺、敏珠林寺等擴大其勢力，而且親自創建一座寧瑪派新寺，專門傳授寧瑪派教法。其後，每遇戰亂、災害、瘟疫等，西藏地方政府都要從桑耶寺請寧瑪派僧人進行佔卜、作法禳解，從而提高了寧瑪派在社會上的地位。
寧瑪派僧人人應學的顯宗經籍為13部，包括《現觀莊嚴論》《辯法性論》等「慈氏五論」，《根本般若論》、《七十空性倫》等「龍樹六論」，以及功德光著《戒律本論》、寂天著《入菩薩行論》。此外，《俱舍倫》為必修課，《因明》為選修課。修習密法所依據的根本密典是18部怛特羅，即《大圓滿菩提心遍作王》、《一切如來大密藏猛電輪續》、《一切如來遍集明經瑜伽成就續》、《釋續幻網明鏡》、《秘密藏續》、《文殊輪秘密續》、《勝馬遊戲續》、《大悲遊戲續》、《猛咒集金剛根本續》等等。
寧瑪派按顯密二教和佛三身之說，把佛法判為「九乘」，其中聲聞、獨覺、菩薩等三乘屬於顯教，是化身佛釋迦牟尼所說，稱為共三乘。事部（作密）、行部（行密）、瑜伽部（瑜伽密）等三乘屬於密教，是報身佛金剛薩埵所說，稱為密咒外三乘或外密乘；生起大瑜伽（大瑜伽密）、教敕阿魯瑜伽（無比瑜伽密）、大圓滿阿底瑜伽（無上瑜伽密）等三乘，稱作無上內三乘或內密乘，是法身佛普賢所說。九乘中的前三乘，屬顯密二教所共奉，中間三乘為密教諸派所共行，最後三乘則是寧瑪派所獨有。無上瑜伽的「大圓滿法」，被視作最高的密法，在寧瑪派中尤居重要地位。
「大圓滿法」又分為三部，即心部、隴部（又稱自在部、界部）和教授部。它的理論基礎與漢地佛教佔統治地位的「真如緣起」說一致，認為人的心體是本淨的，只是受到煩惱、塵垢的障蔽，才生起世俗世界的一切現象的。修習的目的，就在於保持「心體」本淨的狀態，即聽其自然，任「心」隨意而住。在修持中，要求擺脫各種迷惑（無明）和欲望（貪），以「心」之「空虛明淨」，而領悟性空之理，使二者完全契合，這就是修持「大圓滿法」的最高成就，也就是「即身成佛」。這類思想與禪宗的「見性成佛」、「直指人心」等主張尤其接近。
目前在藏區共有750多座寧瑪寺院，在藏傳佛教諸多宗派中位居第二，數量上僅次於格魯派，而大大超過其它教派的寺院。其中，西藏境內344座；四川甘孜及阿壩有262座；青海135座；甘肅８座；雲南迪慶４座。寧瑪派一直「獨善其身」，不問政治，始終沒有形成領導全派的中心寺院，也就沒有形成統一的、相對強大的寺院集團勢力，因之始終未受到中央王朝的重視和扶持，從而影響了它的發展，但由於特別注重實修和實踐應用，成就者無數，而依然在藏區具有舉足輕重的勢力，特別在藏族民間有著很強的影響力，也歷來受到相互進行鬥爭的其它各派的普遍尊重。
【 寧瑪派六大傳承】
1.敏卓林寺
2.噶陀寺
3.多傑札寺
4.白玉寺
5.雪謙寺(協慶寺)
6.竹欽寺(佐欽寺or卓千寺)
1.敏卓林寺系傳承
法座持有者： 敏林崔欽
重要上師： 敏林堪欽仁波切、闊千祖古、蔣波仁波切、堪卓瑪仁波切等
2.噶陀寺系傳承
法座持有者：不詳
重要上師 ：直美信雄仁波切、莫札仁波切、格則仁波切、夏察仁波切、幹尼仁波切、翁珠仁波切以及敦珠仁波切等
3.多傑札寺系傳承
法座持有者： 多傑札仁波切
重要上師： 嘉察仁波切、達龍哲珠仁波切、等。
4.白玉寺系傳承
法座持有者： 噶瑪古欽仁波切與貝瑪諾布仁波切。
重要上師： 祖古圖桑、塔唐秋竹仁波切和色拉楊協仁波切、穰果秋竹仁波切、蔣波羅增仁波切、楊丹仁波切、諾那呼圖克圖等
5.雪謙寺系傳承
法座持有者： 雪謙冉江仁波切
重要上師： 雪謙初璽仁波切、雪謙冉江仁波切、頂果欽哲仁波切、雪謙翁珠仁波切、雪謙蔣貢公珠仁波切等。
6.卓千寺(佐欽寺或竹慶寺)系傳承
法座持有者：卓千仁波切
重要上師： 卓千闕噶仁波切、卓千奔洛仁波切、卓千格曼仁波切、索甲仁波切、等。
另外寧瑪還有兩個重要的傳承
這兩個傳承是屬於全寧瑪巴的
1.龍欽寧體傳承
法座持有者：多竹千仁波切
2.敦珠新巖藏傳承
法座持有者：敦珠仁波切(仍屬噶陀寺系傳承)
噶舉派
噶舉派，是一個注重口傳的教派。「噶」，在這裡特指師長的言教；「舉」，意為傳承，合譯作「口傳」。此派尤重密法修煉，強調師徒口耳相傳，所以稱為「噶舉派」。此派遠祖瑪爾巴、米拉日巴等人修法時穿白色僧衣、僧裙，故又稱「白教」。
噶舉派形成於11世紀中葉，很快形成大派別。其支系眾多，教法複雜。它原有兩個傳承：一是香巴噶舉，一是達波噶舉。它們的密法均來自印度，前者到14、15世紀即已泯滅無聞，後者一直傳流下來。通常所說的噶舉派就是指達波噶舉而言。此系的創始人達波拉傑，本名索南仁欽，其教法淵於瑪爾巴和米拉日巴。下屬的宗教和政府勢力曾先後兩度掌握西藏地方政權，對藏傳佛教乃至藏區社會影響很大。
瑪爾巴（1012—1097），本名卻吉羅追，出生於西藏山南洛扎縣的一個富有家庭。15歲時向卓彌澤師習梵文；成年後三次赴印，四次去尼泊爾，主要學修「時輪金剛法」、「歡喜金剛法」、「大手印」等密教教法。回藏後授徒傳法，獨成一系，後傳給弟子米拉日巴。米拉日巴先學寧瑪派的「大圓滿法」，年38拜瑪爾巴為師，45歲開始收徒傳法。其著名弟子達波拉傑於1121年創建崗波寺，後成為達波噶舉的祖寺。他的門下有四大弟子，在衛藏地區分別建寺收徒，形成四大支系，其中的帕竹噶舉又分出八個小系，總稱「四大八小」。他們各自在政治、宗教或家族鬥爭中起起落落，很多都被迫歸併入格魯派。
噶舉派雖然派系複雜，但教義卻大同小異，都屬瑪爾巴、米拉日巴的傳承，以應成中觀論為理論基礎。它最主要的教法是「大手印法」，顯密兼修。它要求從「拙火定」開端，調整呼吸，使行者身不畏寒冷，不懼饑渴。由此逐步做到心住一境，不起分別，無善無惡，這就是「禪定」；然後再集中觀察安住於一「境」之「心」，再證悟到心非實有，達到「空智解脫合一」的境界。
噶舉派擁有３６６座寺院，遍及藏族地區，以西藏自治區和青海玉樹州為該宗派的兩大活動中心。
【 噶舉派 】
分為兩大支系 :
1.香巴噶舉
2.達玻噶舉
達玻噶舉後來發展出四大派 :
1.噶瑪噶舉
2.採巴噶舉
3.跋絨噶舉
4.帕竹噶舉
其中帕竹噶舉一系又分出八小支 :
1.直貢噶舉
2.達隆噶舉
3.竹巴噶舉
4.雅桑噶舉
5.措普噶舉
6.修瑟噶舉
7.耶巴噶舉
8.瑪倉噶舉
重要領袖 :
1.噶瑪噶舉傳承
法座持有者：噶瑪巴
重要上師：四大法子 (夏瑪、泰錫杜、蔣貢康楚、嘉察仁波切)
巴渥仁波切、桑傑年巴仁波切、察列蔣貢仁波切、蘇曼嘎旺仁波切、詠給明就仁波切 , 創古堪欽仁波切等
2.直貢噶舉傳承
法座持有者：蔣貢澈贊仁波切、蔣貢瓊贊仁波切二位中的一位
重要上師：其他還有如阿里仁波切、安揚仁波切、等重要上師。
3.竹巴噶舉傳承
法座持有者：竹千法王
不丹竹巴噶舉傳承
法座持有者 : 不丹國師 - 傑堪布 ( 精神領袖 : 夏尊法王 )
薩迦派
薩迦派（俗稱花教）由貢卻傑布創始於11世紀70年代，主要教法淵源於卓彌譯師。卓彌曾到印度學法多年，回藏後，修建牛古城寺，收徒傳法，著重闡揚「道果」教授。後來，寧瑪派信徒貢卻傑布，從卓彌改學「道果」。1073年，他在後藏薩迦地方建造薩迦寺，遂成為此派創建的標誌。
貢卻傑布在西藏佛教諸派中是第一個直接以世俗貴族身份成為教主的，他還決定法位的傳承只能限在本家族內部，從而使政教二權都集中在一個家族之手。其子貢噶寧布成年後繼教主位，並建立了完整的「道果教授」，使之成為該派的核心教法，薩迦派勢力由此得到很大擴充，他被尊為「薩欽」（薩迦大師），列為「薩迦五祖」之首。到「薩迦四祖」貢噶堅贊（慶喜幢，1182—1251），薩迦派開始了突破性的發展。
薩班時期的薩迦派，以「教政合一」的形式，直接控制著當地政治、經濟和宗教、文化，成為衛藏地區最強大的實力集團。1206年，成吉思汗率兵到達青海柴達木盆地，寫信給「三祖」扎巴堅贊，表示願意皈依佛法。之後，藏區併入蒙古，薩迦派取得了衛藏地區在政治和宗教上的領導地位。1260年，忽必烈即蒙古大汗位，封「薩迦五祖」八思巴（後創製「蒙古新字」）為國師。1264年，忽必烈遷都燕京，在中央設置總制院，掌管全國佛教事務和西藏地方行政事務，命八思巴國師兼領總制院事，協助中央對西藏的管理。八思巴推薦釋迦桑波為第一任本欽（總管），由元世祖任命，從此確立了西藏地方由中央掌管的制度和機構，也體現了中央政府對西藏直接管轄的完全主權。薩迦派的政治、經濟力量和社會影響也空前加強，成為西藏地區居領導地位的教派。 自14世紀上半葉，元朝開始衰落，薩迦派失去了中央政權的強大支持，衛藏地區新的教派和封建集團崛起，加上內部紛爭，薩迦派逐漸式微，僅保持法王的稱號和官銜。1354年，帕木竹巴絳曲堅贊消滅了薩迦地方政權，取其轄地。從此，薩迦派政治失勢，逐漸向純宗教領域復歸。
薩迦派的教義思想與其它派別不同的是「道果」見。「道果」法說心性是萬物的最高本體，心性恢復明淨的本來貌後，就能徹底見一切皆空的真諦，達到明空無執、明空雙融的境界。
薩迦派，現有１４１座寺院，宗派勢力主要在西藏自治區境內，以薩迦寺為代表。其次，覺囊派其有３７座寺院，主要集中在四川阿壩州和青海果洛州境內，以壤塘寺為代表。其餘藏傳佛教宗派，諸如噶當派、希解派、覺域派、布魯派等，目前只是以宗派學說的形式在藏族地區流行，而作為一種宗派實體在青藏高原幾乎不存在了。
【 薩迦派 】
1.薩系
2.哦系
3.察系
4.種系
1.薩迦寺系傳承
法座持有者：薩迦崔欽
重要上師：達欽仁波切等
2.哦爾系傳承
法座持有者： 祿頂堪布仁波切
重要上師： 祿頂堪欽仁波切等
3.察爾系傳承
法座持有者： 究給崔欽
4.種巴系傳承
法座持有者：多傑滇巴仁波切
格魯派
「格魯」，意為「善律」，故又稱善律派或善規派。因該派僧人戴黃色僧帽，亦名「黃教」。格魯派是藏傳佛教諸多宗派中最後形成的一個宗派，由於其強力參與政治，長期受中央政府支持，持續掌握地方政治權力，而使之發展為藏地最有影響的宗派。
格魯派的創始人宗喀巴?洛桑札巴（１３５７——１４１９年）七歲出家，後相繼從寧瑪派、噶舉派、薩迦派、噶當派等高僧大德求法，並逐漸形成自己的宗教思想體系。其時，由於元代給予僧侶許多特權，隨著之前佔統治地位的薩迦派受帕竹集團軍事打擊而衰落，許多教派參與世俗的政治、軍事鬥爭，「寺院僧侶，盡同俗裝」，不習經典，「亂受灌頂」，「不知戒律為何事」。1409年，宗喀巴得到帕竹地方政權大力贊助下，在拉薩以東的卓日窩切山腰創建了甘丹寺，同時發動了一場宗教改革運動並取得成功，弟子先後在拉大建成規模宏大的甘丹寺、哲蚌寺、和色拉寺，作為重要的傳法據點，正式形成一個新宗派。格魯派廣收門徒，外出傳經並舉辦大法會，以擴大社會影響；和各地封建領主以及明朝中央政府聯繫，爭取到廣泛的支持和贊助。經他和弟子甲曹傑、克珠（即一世班禪）、根敦珠巴（即一世達賴）等人的努力，終於建起穩定的僧侶集團，全藏的寺院網絡擁有強大的經濟實力，繼而採用活佛轉世制度以繼承它的法嗣。
格魯派可謂後來者居上，其發展之迅猛，在藏傳佛教史上從未有過，特別是1642年五世達賴在清朝中央政府的冊封和支持下，取得了在全藏區的世俗統治地位，強化了在西藏地區的政教合一制度，建立起西藏地方政府，掌管西藏地方的經濟、政治、文化，並對其它宗派構成強力威脅，令許多不同宗派的寺院被迫改入格魯派，逐漸成為藏族社會上勢力最強大、影響最深遠的一大宗派。在藏、蒙等少數民族地區的政治、經濟、文化等生活中有著極其深遠的影響。
格魯派現有近1500座寺院，接近藏傳佛教各宗派寺院總數的二分之一，遍及整個藏族地區。格魯派的顯教教義主要繼承阿底峽等人的中觀應成派思想。此思想的基本內容、主要特點、理論框架集中體現在宗喀巴撰寫的名著《菩提道次第廣論》、《緣起贊》、《中論廣釋》等書中。其中《菩提道次第廣論》是格魯派綱領性的著作。
【 格魯派 】
主系統有四大領袖
1.前藏
嘉瓦仁波切喇嘛
2.後藏
班禪喇嘛
3.內蒙古
章嘉仁波切
4.外蒙古
哲布尊丹巴仁波切
該派另有六大寺 :
1.甘丹寺
2.哲蚌寺
3.色拉寺
4.札西倫布寺
5.拉布楞寺
6.塔爾寺
甘丹寺：甘丹墀巴
色拉寺：洛桑巴登嵁仁波切
哲蚌寺：不祥
扎什倫布寺：班禪喇嘛
塔爾寺：阿嘉仁波切
拉卜楞寺：嘉木祥仁波切