喀喇汗王朝的疆域很大，那是一個可供遊牧部族和農業居民生活的富饒地區。這個地區，集中了亞洲三大草原中的兩個即準噶爾盆地和中亞草原。塔裡木盆地南緣地區又有高度發達的農業和農業居民。因此，王朝的統治者不得不考慮這種現實，而對牧業地區和農業地區採取不同形式的管理制度。
在遊牧部族中，厲來有一種傳統的、符合遊牧部族生產和生活特點的行政管理辦法。經漠北時代、隋唐時代一直沿用下來，而到了喀喇汗王朝統治這些地區以後，不但沒有改變反而繼續保留了這種傳統的行政管理辦法即遊牧部落制度。保留了酋長在本部落中的統治地位。部落中的所有事務，包括排解糾紛、處理犯罪等等完全聽任部落酋長裁決。部落酋長又必須向最高統治者可汗負責，服從可汗的統轄，並承擔一定數目的賦稅和必要的兵役。
喀喇汗王朝統治者在農業地區則採取完全有別於草原遊牧地區的行政管理方法。喀喇汗王朝向農業區——主要是指塔裡木盆地諸綠洲與中亞河中地區——派遣官吏，即地方官吏行使朝廷的管理權，他們叫作「伯克」。具有治安、司法、稅收等方面的行政權力。「伯克」又分幾個等級，各級伯克的任選和罷免，取決於可汗。
喀喇汗王朝這種實施於農業地區與草原地區的雙軌體制的行政管理系統，一直貫穿於整個喀喇汗王朝的全部歷史時期。
當蘇圖克·博格拉汗執政以後(公元960年)，朝廷又設置了中央派出機構。最初在巴拉沙袞城設置北部總督;徵服河中地區以後，又在烏茲根城設立了西部總督。這兩個總督之職，分別委派王室成員擔任。
在喀喇汗王朝長期進行對外戰爭中逐漸建立、完善了一支直接受可汗支配、統帥的武裝力量。這是汗王即王朝統治權力及統治體系得以存在的重要條件。當朝著名作家麻合穆德·喀什噶爾在其《突厥語大辭典》中記錄了喀喇汗王朝軍隊的情況，認為是一支組織完善、結構嚴密的軍隊。
完整的統治系統造就了中央集權的條件。喀喇汗王朝的可汗，具有至高無上的封建皇權。這一點在王朝對外活動中有著明顯的反映。
當帕米爾高原周圍響徹王朝軍隊凱歌聲與喊殺聲的時候，蔥嶺西維吾爾內部社會生活正發生著劇烈的變化。喀喇汗王朝在軍事和政治上的勝利不僅僅使維吾爾人奪得了當時世界上農業最發達地區之一的塔裡木盆地南緣地區和中亞河中地區，而且新的生產關係和生活方式，開始湧進維吾爾社會生活的各個領域。
維吾爾人早在秦漢時代就知道農業耕作技術，但那只是小型的、局部的家庭農業。而到了塔裡木盆地以後，農業經濟所固有的優越性，在蔥嶺西維吾爾中間開始發生影響。維吾爾勞動人民看到農業經濟創造的穩定的收穫，以及定居帶來的安定的生活環境。維吾爾王公貴族看到的是:農業經濟提供的更為豐富的財富，以及定居所創造的更加豪華的住宅、城池和奢侈的生活條件。
喀喇汗王朝統轄下的帕米爾以西地區、中亞草原上繼續保留了以國家直接佔有為主的封建所有制，即將草原、河流等土地的一部分作為世襲封地授予王室成員。得到世襲封地的王族被稱作「伊列克汗」。另一部分土地，則沿用薩受尼王朝的舊制，作為終身份地，以「伊克塔」名義授予維吾爾貴族和其他遊牧軍事貴族。無論是世襲封地(伊列克)，還是終身份地(伊克塔)，在授予與否上均屬於喀喇汗王朝的最高統治者可汗所有。
喀喇汗王朝統轄下的維吾爾居民，在經濟生活方面發生變化即向定居農業過渡的同時，在社會形態方面也完成了封建制的過渡。這兩種過渡的結果，是公元十一世紀，維吾爾社會經濟出現了空前的繁榮發展。七河地區大批城市和居民點興建起來，農業和手工業較前一時期有了很大的發展。新近出版的五卷本《哈薩克共和國史》的編著者在該書中說:十至十二世紀是七河地區經濟文化巨大進步的時代。窗戶玻璃的生產和普遍使用，釉下彩陶的生產達到了鼎盛時代，織造業、造紙業、礦業都有很大的發展。特別是城市規模空前擴大，根據考古資料，撒瑪爾罕城本身擴大到六百三十公頃，它的坊區已延伸到離城六七公裡的地方。阿爾斯蘭汗穆罕默德(公元1102-1130年在位)重修布哈拉城牆，城區面積達六百五十公頃，它的規模就是十九世紀的布哈拉城。與經濟發展的同時，維吾爾人作為統治民族，在政治上又具有特殊的優越地位，因而加速了這一遼闊地區各部落的語言的統一進程和生活習慣上的突厥化，普遍信仰了伊斯蘭教。
這種融合發展的結果，在喀喇汗王朝時期形成了一種全新的文化—伊斯蘭—突厥文化。而這種新的文化中的主體和核心就是做為喀喇汗王朝統治民族的維吾爾人的文化。