在日本古代歷史上有一段軍人長期幹政的幕府政治（又名武家政治）時期。幕府政治就是以在形式上由天皇任命的徵夷大將軍（也稱作幕府將軍）為首的武士政權，與天皇為首的朝廷並存，但更具有實權。相當於曹操的"挾天子以令諸侯"吧。而「幕府」一詞始自於古代漢語，指出徵時將軍的府署，在日本的特殊時期，演變成日本古代的一種政治體制。
1600年，德川家康在內戰中因為關原之戰(關原合戰)的勝利，成為日本實際統治者。1603年由天皇下旨封德川家康為徵夷大將軍，德川幕府在江戶(今東京)建立， 1603年至1867年被稱為江戶時代，由德川家族統治日本。在經歷了1634年的島原之亂（幕府面對日益強大的天主教徒實行殘酷而血腥的鎮壓，而引發了江戶時代最大的一次農民起義）後，開始了長達200多年的鎖國政策。只允許在長崎與荷蘭和中國進行少量貿易，和李氏朝鮮則透過朝鮮通信使維持關係，也禁止日本人遠渡海外，禁止信仰天主教。時隔不久中國的清朝政府也實行了閉關鎖國政策，中日實際上也斷絕了往來。德川幕府推行的"閉關鎖國"政策，關上了日本通向世界的大門，雖然迎來了暫時的安定時期，但隨著產業和商品經濟的發展，農民自給自足的經營體制系逐漸崩潰，幕藩體制也開始動搖。
1837 年前，美國捕鯨船莫裡森號試圖在日本的橫濱靠港補給，結果遭到日本軍隊的火力攻擊，被迫撤退，沒有達到目的。1846年，美國海軍少將比德勒受命來到日本江戶，與日本進行談判，要求日本就開放口岸，日本人言辭拒絕。美國第十三任總統米勒德·菲爾莫爾派遣美國東印度艦隊馬修·培理帶著他的親筆國書，率領四艘黑色蒸汽鐵甲軍艦經過琉球和上海，於 1853 年7 月8 日下午5 時，到達德川幕府咽喉要地江戶灣相州浦賀海面。培裡明確告知日本守軍：「不開國便開炮」。日本人平生第一次見到這些鐵甲軍艦，四艘軍艦共有六十三門大炮，當時日本在江戶灣能力相當的海防炮只有二十門左右。港口的日本守將用信鴿將消息傳送到京都，當時的孝明天皇跑到神社裡連續祈禱17 天，乞求神靈攘斥夷類，保佑皇祚久長。
浦賀總督戶田氏榮讓手下中島三郎傳話，請佩裡艦隊前往長崎。在長崎，佩裡要求日本派出官員接受美國總統的國書，否則就「開炮」。日本幕府害怕接受國書後會受到全國人民的抨擊，引起群憤，不願意接受。德川幕府老中（江戶幕府的職名）首座阿部正弘同意先接受美國總統的國書，藉口要得到天皇的批准，約定下一年春天給予答覆。徵得佩裡同意後，美日雙方於1853年7 月14 日上午8 時舉行美國總統信函交接儀式。儀式相當隆重，美方400 人，其中50 名官員，50 名樂手；日方1550人，其中1500名士兵，50 名官員。井戶弘道代表日方接受了美國總統的正副兩份親筆國書，以及佩裡本人寫給德川將軍的信。日本人稱這次事件為"黑船來航"或「黑船事件」。培裡的來航令日本人大為震驚，深深感受到日本與外國的巨大差距。
1854年2月，佩裡如約再次率領艦隊抵達日本。這次，艦隊一直深入到日本江戶灣內，到達橫濱附近。日本方面派出代表就開國的具體細節進行談判。談判從1854年3 月10 日開始，一直持續了3 個星期才最終拍板。3 月31 日，日美雙方在神奈川締結了英、荷、中、日四種語言的《日美親善條約》，又稱《神奈川條約》。《日美親善條約》是日本與西方列強籤訂的第一個不平等條約，條約規定日本給予美國以最惠國待遇。隨後日本又同荷蘭、俄國、英國和法國締結了類似的條約。日本閉鎖了200餘年的大門就此被徹底打開。
1867年11月8日，與幕府將軍矛盾深重的日本明治天皇睦仁下旨組織倒幕軍，討伐幕府將軍德川慶喜。1868年1月3日，代表資產階級和新興地主階級利益的倒幕派，成功發動政變，迫使德川幕府第15代將軍德川慶喜交出政權。日本天皇重新獲得了權力，親主朝政，建立新的中央政府；遷都江戶，改名為東京；勵精圖治，銳意改革，廢藩置縣，建立起了統一的中央集權國家；大膽廢除了封建俸祿；實施富國強兵、殖產興業和文明開化三大政策，改革軍警制度，建立新式軍隊，創辦軍工產業；學習西方文明，引進西方科技與管理；發展現代教育，培養現代人才，整體提高國民素質；實行新的兵役制度，在日本全國徵召義務兵；改革農業稅；統一貨幣；1872年建成日本第一條鐵路；1882年成立新式銀行； 1885年 (光緒十一年)實行立憲，建立了內閣制度，並於1889年 (光緒十五年)正式頒布憲法，次年召開了首屆國會。這就是有名的日本明治維新。
近20個國家與日本籤訂了條約，內容包括通商、關稅、領事裁判權等等方面。1868年，明治天皇重新掌權後，日本政府就給各個列強國家遞交了申請，希望能修改領事裁判權、恢復關稅自主權，西方列強完全置之不理。經過十八年的外交努力和經濟發展，1886年，條約改正又推進了一步，西方國家承認按照歐洲國際法標準來裁決日本的對外問題。直到1904年日俄戰爭後，日本戰勝俄國，得到西方列強的承認，到此已經完全廢除了不平等條約。逐漸強大後的日本，擴張野心不斷膨脹，給鄰近的中國、朝鮮等亞洲國家帶來了巨大災難。