明朝初年，為進一步統一蒙古地區，穩定北部邊疆，朱元璋開啟了對蒙元的北伐戰爭。從1370年起至1390年間，朱元璋在二十年的時間裡，共發動了八次北伐戰爭，以肅清遁入元朝嶺北行省的蒙元殘餘勢力。
塞王戍邊
明朝的北伐雖然在一定程度上肅清了長城以北的蒙元勢力，卻不能完全的消滅元惠宗所領導的蒙元。為防止蒙元死灰復燃，朱元璋吸取宋亡於強幹弱枝的歷史教訓，尊崇周天子諸王靖邊的策略，以尊王攘夷的思想制定了鎮守邊塞開疆拓土並節制漠南諸衛的塞王政策。
朱元璋在明朝的北部邊境險隘要塞之處設立藩王，從東到西分別設立了遼王（建藩廣寧府）、寧王（建藩大寧衛）、燕王（建藩北平）、谷王（建藩宣府）、代王（建藩大同）、晉王（建藩太原）、秦王（建藩西安）、慶王（建藩韋州）、肅王（建藩甘州）這九大塞王。
塞王起初權力極大，擁有兵權，可調動漠南諸衛部隊，任命所屬王府官吏。洪武年間，朱元璋時常派遣塞王出邊圍獵蒙元勢力，同時要求塞王採取步步蠶食的方式向漠北推進擴張，取得了很好的肅邊作用，將明朝勢力範圍拓展至漠南大部及東北外興安嶺地區，建立漠南諸衛及奴兒幹都司開啟對漠南及東北的有效統治。
但靖難之役後，本身就是塞王出身的朱棣十分清楚塞王們的強大實力。為此特意將北境塞王盡皆南遷。同時顧慮漠南諸衛的忠誠問題，逐漸廢除或內遷僅留九邊重鎮，分別為遼東、宣府、薊州、大同、太原、延綏、寧夏、甘肅和固原。這邊要著重提到一點，由於在靖難之役中，兀良哈（俗稱朵顏三衛）因「從戰有功」，被賜予大寧衛地區，這使得大明九邊重鎮中的遼東與宣府、大同的聯絡因此受阻，僅能依靠錦州一線與關內相連，破壞了明朝北疆防線的完整性，防禦聯動能力被極大的降低。
九邊重鎮
朱棣雖然依然沿襲朱元璋的北伐削弱蒙元的戰略，先後於1410年至1424年發動五次北伐，使蒙元勢力進一步削弱，並分裂為瓦剌和韃靼成為大明的屬國。但其針對漠南諸衛重新設立的猶豫最終使得朱元璋步步蠶食漠北，向北擴張的戰略，因朱棣在第五次北伐途中突然離世而最終不了了之。
自此被朱棣刻意裁撤僅存的明朝九邊重鎮正式成為明朝同關外遊牧勢力作戰的最為重要防線，而隨著明成祖朱棣的離世，明朝自開國以來對漠北的進攻態勢也就此終結，進入守御階段。
明洪熙、宣德年間（1424-1435年），邊軍衛所的屯田政策，因駐守親王、太監、軍官等勢力的爭相侵佔，遭到破壞。同時由於大量役使衛所兵為其開私田，導致大量衛所兵逃亡，進一步削弱了九邊的軍事防禦實力。
到了明英宗時期，經過幾十年的發展，蒙古瓦剌部的實力得到了極大的提升。之後瓦剌與明朝之間因朝貢問題最終引發了英宗親徵瓦剌，但此時的九邊重鎮衛所軍制早已糜爛敗壞，無法發揮防禦預警的效果，又加上宦官王振的胡亂指揮，朱棣死後僅僅25年不到，明軍就在土木堡遭受瓦剌的突襲招致慘敗，史稱土木堡之變。
隨著開國武人勳貴集團和靖難功臣集團在土木堡之變被消滅殆盡，明朝帝王只能通過內廷的宦官來制衡文官集團以保證帝王的意志得到貫徹，這就使得明朝君臣矛盾逐步加重，皇權與相權的爭鬥引發了中國歷史上最為嚴重的黨爭，嚴重影響了明朝中後期的國政執行能力。
而在明朝這邊最終沒有賺到便宜的瓦剌，最終因為國師也先的被殺而衰敗分裂。這為明朝九邊迎來了難得的和平時期，但很快新的敵人在奴兒幹地區開始出現，建州女真的出現，最終促使原本明朝九邊的防禦重心由蒙古方向轉移到了遼東地區。
遼東亂局
曾經作為明朝遼東總兵李成梁舊部女真人努爾哈赤的崛起，明朝在東北地區的統治受到了極大的威脅，其於1616年自立為後金，開始不斷攻略侵蝕大明遼東邊鎮。
但此時看似強大的明朝正處於內憂外患之中，小冰河時期的惡劣氣候，導致了全國普遍性的災害橫行，南澇北旱造成農業生產被嚴重破壞。極大的影響了依靠農稅作為財政主要收入的大明王朝，極地的商稅又使明朝在這一時期的貿易大潮的並未獲益，而持續不斷的黨爭也極大的降低了明朝的政府執行能力，對九邊的財政支持力度持續降低。
同時自朱元璋建立邊鎮就確立的鹽引換邊糧政策，在宣宗時期被戶部尚書葉淇換成了納銀換引，這造成了原來鹽商們為換得交易鹽權而在邊鎮募民開荒的邊疆開發政策被嚴重破壞。失去了內地對邊鎮的造血功能。
為遏制後金的崛起，明朝不得不一方面扶植支持明朝統治的女真葉赫部來壓制建州女真，另一方面關閉與建州女真的邊貿，整飭遼東防務。但明軍在遼東的戰力明顯薄弱。1618年，努爾哈赤攻破撫順震動明朝上下。
為挽救糜爛的遼東局勢，明朝在積極準備半年後集結47萬大軍徵討努爾哈赤，但由於消息提前走漏，以及明軍指揮失誤，明軍被後金軍隊各個擊破，史稱薩爾滸之戰。其後，遼東邊鎮開原、鐵嶺、瀋陽、遼陽相繼陷落。
名存實亡
1621年後金已完全佔領遼東，遼東邊鎮名存實亡。遼東防線僅剩錦州、山海關一線。為對抗後金的襲擾，明朝整飭九邊防線，在關錦一線建立了關寧鐵騎，以期阻擋後金對明朝的攻勢。但歷史往往總會開玩笑，當北京城被李自成攻破之後，也正是吳三桂帶領的關寧鐵騎將滿清引進了關內，而明朝的九邊重鎮自此也宣告離開了歷史舞臺，成為了往昔悲傷的回憶。