甲殼亞門，拉丁學名為Crustacea，別名是甲殼類，屬於節肢動物門的一種動物。
其在形態結構上表現出多樣性，例如體形大小、體節數目、體軀劃分及附肢的分化都有較大的差異。在生活方式上絕大多數為海洋生，為海洋浮遊動物的重要成員，常被譽為海洋中的昆蟲，少數侵入淡水。是構成水生食物鏈中的重要環節。也有極少數進入陸地生活，但不能脫離潮溼環境。甲殼亞門動物都具有兩對觸角，這一點區別於其它節肢動物。甲殼亞門動物的附肢基本上都是雙肢型，但在不同的體區有不同的形態與機能的分化，其中至少有三對口後的附肢作為顎。甲殼亞門動物生活史中由卵孵出後為無節幼蟲，僅有三個體節，三對附肢，相當於成體的前三對附肢，即兩對觸角及一對大顎。經多次蛻皮不斷地在肛門前部增加體節數，原始的種類體節可多達數十節，高等的種類體節數減少並固定，體區劃分清楚。此外有些種類頭部和胸部可能也會融合到一起，形成頭胸部。所有的甲殼亞門的幹細胞分裂時的特徵相同。
其甲殼動物的形態有著較多的變化，隨不同的種類其體節、分區都有很大的差異。低等的甲殼亞門一般體型小，只有幾mm到2～3cm，體節數多且不固定，但分節明顯，各節形態相似，體表外骨骼薄而透明。例如豐年蟲，身體分為頭部與軀幹部，沒有背甲。又如鱟蟲，體節數可多達50多節，胸、腹部分界不明顯，有背甲，其頭部體節與胸部體節癒合成頭胸部。還有的種類體表完全被石灰質骨板包圍，並營固著生活，例如藤壺。低等甲殼亞門生物形態的多樣性在細分的綱中會有較為詳細的介紹。
高等的甲殼亞門動物，即軟甲綱動物身體的節數固定，分區明顯，一般是由20～21節組成。例如蝦的頭部5節，胸部8節，腹部6節及1尾節。部分胸部體節與頭部合併，形成頭胸部，之間分界消失。頭胸部背面具有一發達的背甲，也稱頭胸甲，蓋在身體的背部，或向兩側延伸也蓋住體側的部分附肢及鰓，因此也稱為鰓蓋，其下的空腔稱鰓腔。頭胸甲是由頭及胸部的體褶共同分泌的外骨骼所形成。甲殼亞門動物有發達的附肢，除了觸角與尾節之外，每個體節都有一對雙肢型附肢。隨著不同種及不同的著生部位，附肢有多種形態及功能的分化。原始的種類附肢數目隨體節數也較多，但分化很少，多呈葉片狀，它相似於環節動物的疣足，與體軀無關節而是直接相連，可分為內葉與外葉，基部的突起形成了副葉，具鰓的功能。豐年蟲、鱟蟲都是這種原始的葉片狀附肢。
許多甲殼亞門，特別是蟹及寄居蟹等經常發生附肢的自切現象。自切的斷面發生在附肢的基節與座節之間的一個雙層膜處，膜上有孔，允許血管、神經通過，並由胸部體壁發出自切肌，直插入到斷裂面。由於外力的牽引或自身因素，自切肌被刺激而劇烈收縮，由斷裂面處分開，收縮的膜可堵塞血管以防止血液的外流。這種自切現象甚至可由單體節的反射活動而引起。螯蝦僅有螯肢能自切，寄居蟹前三對步足可自切，部分蟹五對步足均可自切。甲殼亞門也具有一定的再生能力。例如，斷肢後可再生出新肢。之間需經多次蛻皮才能完成，再生部分可以達到丟失部分的大小。
如同其他節肢動物一樣甲殼亞門的演化過程還不很清楚。這個不清楚的主要原因在於它們的甲殼比較難保存為化石。最早的甲殼亞門化石出現於寒武紀，今天發現的有介形亞綱和軟甲亞綱動物的化石。最早的甲殼亞門動物有可能類似於今天生活在鹽水洞穴中的槳足綱，但它們沒有留下化石。鰓足綱出現於泥盆紀，蔓足亞綱出現於志留紀。尤其介形亞綱動物的殼常常在沉積巖中出現，因此它是重要的指標化石。從它們出現以來它們就是浮遊動物的重要組成部分。在化石中還常出現的有藤壺。
在海洋和淡水生態系統中甲殼亞門動物，尤其是小的作為浮遊動物的甲殼亞門動物，起了一個非常關鍵的作用。它們食用水中的浮遊植物，由此控制這些植物的生長。在浮遊動物中它們所佔的數量比例最大。同時它們也是其他大的水中動物的直接的或間接的食物。人也直接食用一些甲殼亞門動物。甲殼亞門也被用來淨化用水，它們有過濾塵埃、細菌和單細胞生物，結合毒質等作用。此外，吸附在船體上的藤壺可以加大船在水中的阻力，帶來經濟損失。
其分為6個綱。為敘述方便常將小型甲殼動物統稱切甲類，將大型的稱為軟甲類。但這種命名不具分類意義。六綱為。
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