1895年，孫中山策劃廣州起義失敗後，清政府緝捕革命黨人，廣州城內外及南海、番禺等各縣，遍貼兩廣總督譚鍾麟緝捕革命黨人的告示，並分別懸賞花紅銀數百至一千元。其中廣東按察使兼管全省驛傳事務衙門懸賞逃犯的告示云：「孫文即逸仙，香山縣東鄉翠微人，額角不寬，年約二十九歲，花紅銀一千元。」 孫中山已於10月27日深夜乘船逃出廣州，經香山縣唐家灣到澳門，來不及返家向老母、妻兒道別，並於29日抵香港，次日晨離開香港，前往日本。從此，直到辛亥革命成功，前後有17年之久，孫中山一直流亡在海外，為反清革命進行著艱苦卓絕的鬥爭。
孫中山被清政府列為叛逆的要犯，家屬自然受到株連，香山知縣史繼澤迅即派人到翠亨村捕拿他的家人。當時孫中山領導的廣州起義失敗的消息很快傳到了翠亨村，盧慕貞和婆婆楊太夫人聞訊立即收拾細軟，準備逃難。清政府官署書吏將孫中山家鄉翠亨村誤寫為翠微村。翠微村是個大村，在翠亨村之南30公裡。官署書吏的一字之差，使得盧慕貞一家有時間逃過一場大劫難。當大批清政府官兵趕到翠微村抓人時，翠微村民說村裡根本沒有姓孫的，翠亨村才有姓孫的。於是清兵又趕到翠亨村，找到了孫家。盧慕貞和楊太夫人聞知情況危急，趕緊四處張羅，終於借了數十金，拱手奉送給清兵，結果清兵在拿到錢後就吆喝一番走了，回報翠微村查無孫姓，交差了事。臺灣學者莊政教授認為：「廣州事敗，陸皓東等被捕，在所書供狀中，訛稱家居翠微村，實則其與中山先生為翠亨村鄰居，但為避免連累孫、陸兩府家人，故行『權宜之計』，清吏可能根據陸之供狀出此。」盧慕貞一家雖然僥倖逃過劫難，但清政府把孫中山視作叛逆要犯，如果不遠走高飛，勢必兇多吉少，不知哪一天會災禍臨頭。正當她們整日為逃難之事犯愁時，陸皓東的侄兒、興中會會員陸燦從檀香山返鄉結婚，當他了解到險情後，自告奮勇，幫助護送盧慕貞攜帶5 歲的兒子孫科和襁褓中的長女孫娫，與楊太夫人、孫眉妻子譚氏，先逃到香港，再乘輪船遠涉重洋前往檀香山，投奔在茂宜島經商的孫眉。
1895年12月中旬，孫中山隻身從日本橫濱到檀香山，立即前往茂宜島，與盧慕貞和兒女團聚。盧慕貞對孫中山奔走革命遭受挫折，無一言責備。雖然她不懂政治，在反清革命的宏業上與丈夫沒有共同的語言，更不會用動聽的話語去安慰，但她懂得如何讓丈夫拋卻家累，毫無顧忌地投身革命。
1896年6月，孫中山因革命工作不能久留檀香山，毅然辭別家人赴歐洲進行革命宣傳。1896年10月，孫中山在英國倫敦被清廷駐英公使囚禁，九死一生，獲釋後不久的11月12日，他在倫敦度過了而立之年的生日。就在這一天，他和盧慕貞團聚的結晶——次女孫婉在檀香山降臨人世。女兒與父同月同日出生，富有意趣。孫婉的出生，給孫家帶來了吉祥和喜慶的氣氛，可遠在英國倫敦的孫中山，為了國家和民族，卻無法享受喜得千金的歡樂。盧慕貞在檀香山一住就是12年，其間孫中山三次赴檀香山與盧慕貞團聚，共處時間總計不過一年半。
1906年，孫眉因傾力支持孫中山革命，終致經營的農場宣告破產，無奈之際，只得於次年舉家遷居香港九龍，在牛池灣開辦小型農場維持生活。盧慕貞攜兩女孫娫、孫婉和楊太夫人隨孫眉到香港九龍，孫科因求學之故，暫留檀香山，寄居在興中會會員鄭金家中。臨別，盧慕貞想到當年為逃避清廷的捕拿亡命檀香山，現在卻迫於生計，又要與愛子分離，而丈夫又遠在天涯，不禁悲從中來，但她以不同尋常的毅力強忍住了骨肉離別的悲傷。盧慕貞母女在香港同大伯孫眉、婆婆楊太夫人定居九龍城東頭村，生活十分艱難，盧慕貞悉心侍奉婆婆，撫育兩女。對當時的生活狀況，孫眉的好友羅延年有回憶：「一九一零年前，孫總理之母楊太夫人，及總理之兄孫眉先生，系母子與侄女，即總理之兩女及家人，同住九龍城東頭村二十四號。此屋系一樓一底，楊太夫人居樓上，時年逾八十，雙眼失明。當時弟（羅延年）在九龍警署為通譯，有暇時常去探望孫眉先生……孫眉先生在九龍城宋皇臺左右，有一罾棚，每日到棚，拗魚奉母。」
1910年7 月19日，楊太夫人逝世，享年83歲。當時孫眉貧困潦倒，竟無錢為母親購棺下葬，後幸得南洋的革命黨人及香港同盟會會員的募捐，始得入土為安。盧慕貞作為一個丈夫遠離身邊的婦女，在經濟困頓中，與大伯孫眉一起全力為婆婆料理後事，其中的艱辛是可想而知的。當楊太夫人去世之際，孫中山正在從日本橫濱前往南洋檳榔嶼途中。孫中山此行是為了策劃第二次廣州起義，募集革命經費。盧慕貞聞悉丈夫在檳榔嶼，婆婆去世後已無家累，故立即攜兩女由九龍赴南洋，全家得以別後重逢。同年12月，南洋英殖民當局配合清廷對孫中山的通緝，聲稱孫中山在當地組織華僑進行反清革命是「妨礙地方治安」，將他驅逐出境。孫中山只得惜別妻女，前往歐美籌集革命活動經費。盧慕貞母女三人的生活沒有著落，由當地華僑集資供給每月生活費一百元。當時她們的生活窘況，可從1911年7月18日孫中山在美國舊金山寫給革命黨人鄧澤如的信中得以反映：「……弟家人住榔，家費向由榔城同志醵資供給，每月百元。自弟離榔之後，兩女讀書，家人多病，醫藥之費常有不給，故前後兩次向港部請撥公款，然此殊屬非宜，實不得已也。自港款撥後，則無向榔城同志取費，蓋每月由金慶君散向同志收集，亦殊非易事，常有過期收不齊者，此亦長貧難顧之實情也。雖曰為天下者不顧家，然弟於萬裡奔馳之中，每見家書一至，亦不能置之度外，常以此縈擾心神，紛亂志氣，於進取前途殊多窒礙。敢請兄於榔城外之各埠，邀合著實同志十餘二十餘人，每月每人任五元或十元，按月協助家屬，以紓弟內顧之憂，而減榔城同志之擔任。以榔城同志之供給已過半載，未免疲勞。倘若與他埠同志能分但，實為至感。」
1911年10月10日，辛亥革命爆發。孫中山從海外返國，途經南洋檳榔嶼時，與盧慕貞、女兒相聚，前後僅三天時間。
1912年1月21日，孫中山致電南洋革命黨人鄧澤如，請他回南京商量國事，並說：「已電家人來，能同行，更妙。」鄧澤如接孫中山電報後，第二天就致電在檳榔嶼的盧慕貞，詢問回國行期。鄧澤如很快接到革命黨人黃金髮的回電，說盧慕貞及家人因旅資問題，尚未定行期，正由革命黨人集資資助。鄧澤如獲悉即往吉隆坡告知陸秋霞，得到他慷慨捐助一千元。鄧澤如到檳榔嶼，把募捐之款交給盧慕貞。
1912年2 月9 日，盧慕貞攜兩女孫娫、孫婉，侄女孫順霞，傭人阿清，搭乘英國郵船「亞舍」號啟程，10日途經新加坡，鄧澤如搭船同行護送，15日到上海，受到滬軍都督陳其美和長子孫科的迎接，下榻滄州別墅。下午，孫科迎接母親和妹妹等。同年2 月20日，盧慕貞母女在鄧澤如和孫科的護送下抵達南京，與孫中山團聚。盧慕貞在南京與孫中山共同生活了20多天，住在原清廷的兩江總督署內(今上海長江路292號大院的煦園內)。中華民國成立，臨時大總統府就設在兩江總督署內。
盧慕貞在南京的日子裡，悉心照料孫中山的生活，從不在公眾面前露面，人們難見她的容顏，以致人們把她和孫中山的另一位革命伴侶陳粹芬相混。此時雖說夫妻團聚，其實也是離多聚少。因為從臨時政府誕生起就面臨重重困難，既有西方列強的逼迫，又有袁世凱北方勢力的壓力，孫中山日理萬機，許多時光都是在大總統辦公室度過的，沒有時間與夫人談論私情。而對盧慕貞來說，她的許多時光常常是在牽掛忙於國事的丈夫中度過的，幸好兩個女兒時常陪伴左右，也結識了一些新朋友。黃興的夫人徐宗漢與盧慕貞是香山縣同鄉，在不長的日子裡，兩人結下了深厚的姐妹之情。
1912年3月25日，盧慕貞把兩個女兒留在孫中山身邊，自己卻離開南京返鄉了。從表面上看，是由於她不習慣南京的生活，其實還蘊含著更深一層的原因。對此，臺灣學者莊政教授有過如下分析：「溯自乙未廣州之役敗後逃難，孫氏家族流亡異域十七載。這一為革命而離多聚少的特殊家庭，理應非常珍惜這段人生最難得的歡愉時光。從而獲得長期以來為革命而到處流浪、備嘗艱辛，所獲得些許精神上的補償。惟以民國初建，百廢待興，中山先生就任大總統後，日理萬機，因公而特忙，精神壓力奇重，實在抽不出很多的時間陪伴家人。盧夫人侍姑及撫育子女，料理家務，賢勞備至，尤於寄居海外期間，吃盡了苦頭。革命建國後，妻以夫貴，尊為國家元首第一夫人，大眾莫不投以嚮慕、傾羨的眼光，總認為大總統的眷屬會有享受不盡的榮華富貴！無奈盧夫人生性好靜，且較孤僻，她是一個舊式婦女，做一個典型的賢妻良母綽綽有餘，但對政治性的應酬則毫無興趣。在冠蓋京華的政治中心石頭城，面對中外貴賓如雲似海的各種政治場合，對自幼纏足梳髻的她來說，與其說是一種無尚的尊榮，倒不如說反而是種精神上的累贅，她很想擺脫了它，而重溫一向平靜、淡泊、與世無爭的自我生活。她頗有自知之明，既然不能配合夫君，協同領導諸種政治活動，乃逐漸萌生知難而退的念頭，這也就是後來她為什麼慨然同意跟先生分手的重要因素之一。」
1912年4月1日，孫中山辭去臨時大總統職務，率領胡漢民等人，並攜兩女考察湖北、廣東等地。同年5月27日，孫中山攜兩女和秘書宋靄齡回到闊別17年的故鄉翠亨村，和妻子及大哥、大嫂等親人團聚。他在故鄉逗留三天，即告別兄嫂，攜盧慕貞母女同往，到各地考察。6月18日，孫中山一行乘高麗輪經臺灣基隆赴上海。8月18日，盧慕貞母女隨孫中山從上海啟程，經天津赴北京，袁世凱還特地選了一座洋房供孫中山和家人居住。孫中山攜全家暢遊各地名勝及前清宮殿名園，度過了一段難得的美好時光。