南北朝時期日本室町時代，禪的「空無」文化精神，影響著造園藝術，「石庭」、「枯山水」庭園就成為這時期的庭園基本特色。
從這時期開始，在僧侶中出現了半專職的造園家，稱做「立石僧」，以自然石裝點庭園，稱做「石組」，亦即「石庭」，它提高了當時的建造庭園的技術，大大地推動了庭園建築藝術的發展。
「枯山水」庭園
其中南北朝臨濟宗的高僧夢窗疏石，是當時最傑出的造園師。他親自設計和建築了「淨土庭園」形式的京都的天龍寺庭園、鎌倉的瑞泉寺庭園、甲斐的惠林寺庭園、美濃的永保寺庭園等。尤其是日本歷應四年他建成的京都西芳寺庭園，最為傑出，且現今相對地保存比較完好。
西芳寺背靠松尾山山麓，前臨西芳寺川。夢窗疏石利用山麓的一塊平地，建築舍利殿、佛殿、方丈等主要建築群的同時，還營造了以取名黃金池為中心的苑池，池中建兩座分別稱為「白櫻」、「翠竹」的中島，以邀月橋相連，還建築了湘南亭、湘北亭以添增景色，還利用山腹的斜面置石，構成類似「枯山水」的石組，並在苑池的一字直線上安置點景石，這是西芳寺庭園的主要特徵。
夢窗疏石試圖要創造出禪宗寺院庭園的理想境界，他在《夢中問答》一文中就他的庭園觀這樣寫道：「相信山河大地，草木瓦石，都有各自自己的本分在。像這樣以自然石為主的庭園藝術最具代表性者，還有室町時代中期的造園師善阿彌。
他受到足利義政將軍的寵愛，他造庭園是以「空寂」幽玄的審美觀作為指導思想，強調庭園建築，置小石象徵小山，引小泉象徵河流，溶入大自然的林泉幽寂環境之中。他的代表作睡隱軒、上御所庭園、奈良大乘院庭園等，就是採用寫意式的技法，具有高度的象徵性，很好地體現了禪宗的自然觀。關於善阿彌的造園技巧，有許多史料記述，比如說他是「泉石妙手」，「築山引水，妙手無與倫比」等。
其時的禪僧鐵船宗熙在《假山水譜》中就論述，這種「石庭」的造園法是寫意的，將庭園「縮三萬裡程於尺寸」，即以小見大，給人的印象，是「一種超自然的深山幽谷之趣」。因此，這種以自然石作為庭園的主要材料，選採石是關鍵。
有的日本學者說：「造園師對石的洞察力的要求是很敏銳的。所以說，作石庭要求的是石，被要求的是人。意思是造園師要根據石的要求而立之。採石，要了解石的『心』。用簡潔的話來表現的話，這是人們需要在與石的對話中才創作出『石組』的。」
這是運用禪宗的冥想和禪宗的自然觀，對於極其抽象性的「石庭」建築藝術所做出的透徹的分析。日本庭園建築藝術，在夢窗國師、善阿彌等這種造園觀的基礎上，努力強化禪宗「無中萬般有」文化精神，為進一步自力創造出禪院的「枯山水」庭園建築藝術打下了基礎。
平安時代的「枯山水」，主要是以自然風景為主的「池泉庭」為代表。到了室町時代，禪宗廣為傳播後，導入了空寂和幽玄的藝術精神，「枯山水」才形成一種在「順從自然」的前提下，以「石庭」為主，利用石頭、白砂、苔蘚構築的人工風景庭園模式流行起來，成為日本極具象徵性的庭園文化。這種「枯山水」庭園藝術，是室町時代庭園建築藝術的象徵之一。
「枯山水」賦予石、白砂、苔蘚這些靜止的東西以動的感覺，使整體的動與靜相配合，以獲得抽象化的形象，但在這種抽象化中又具象化了。
比如，在園中置石，石本來是沒有生命，沒有感情，也不會言語的，但通過置石的技巧，卻讓人感到它擁有強大的生命力，有感情，會說話，甚至會唱歌似的。而且石的微妙起伏，其形與式產生無限的變化，與自然景物的絕妙的調和，可以表現出酷似真山真水來。
尤其是用白砂表現海，即用耙帚將白砂梳理出種種形狀，造成洶湧的波濤。借著寺院的瓦頂泥牆圈了一塊不大不小的地，敷上白砂，將15塊大小不一的石，分為2、2、3、3、5等5組置在其上，並綴滿了苔蘚，抽象化為海、島、林，產生另一種世界，構成了一望無垠的大海、星星點點地散落的小島、島上生長著鬱鬱蔥蔥的茂密森林。
還有龍安寺的苔庭，更是在以籬笆和迴廊劃出一塊空地，全部敷上非常美麗而翠綠的青苔，恍如一片軟綿綿的大草原，使人可以從這片小空間進入自然的大空間似的。
可以說，龍安寺的「枯山水」庭園，是極度象徵化的石庭，是最典型的「枯山水」庭園藝術。
京都的南禪寺有兩個「枯山水」庭園，一個是大方丈庭園，一個是金地院庭園。
大方丈庭園也有與龍安寺方丈南庭相似的地方，比如都是採用在庭園平地置石，敷設白砂以擴大餘白的手法。所不同的是，龍安寺方丈南庭是15塊分5組組成，而南禪寺庭園則是左方置巨石，右方漸次配置中石、小石，相互獨立，中間植樹相連，同時借羊角嶺為背景，擴展庭園的空間，在感覺上似比龍安寺方丈南庭寬廣。
金地院庭園是由庭園建築師小堀遠州營建的，庭園南面斜坡植樹，首先是選擇生長緩慢的樹種，並通過人工抑制樹木的生長，還經過精細的修剪，來裝飾南面，左右兩側相對置鶴島和龜島，其間鋪滿大粒砂石，其中置矩形自然石作為禮拜石，起到相連兩島的作用，故本庭園也稱「鶴龜庭」。
當時的《臥雲日件錄》就有這樣的記載：「建仁瑞巖相逐來，定水庵主攜胡餅號。唐山水者來，蓋不入水之佳餅也。」所以，這種庭園又有「唐山水」之稱。這種「枯山水」是巧妙地利用「胡餅」形狀的較小空間，不使用水，只使用石和砂，表現了有山有水的，有橋、堰、船的無限風光。
這是深受禪宗的浸染，從禪宗冥想的精神構思出來，具有禪的簡素、孤高、自然、幽玄、脫俗、靜寂和不勻整的性格特徵，它將庭園的空間單純化，以取得異常的藝術效果。
它不僅是一種表現藝術，而且是與真實自然景觀相連的幻想世界，也就是一種幻想的藝術。
枯山水大大提高了日本庭園藝術文化的內蘊和美學的內涵。日本學者吉永義信這樣解釋說：禪院造庭園的目的，不僅在於觀賞，而且是聽聞佛法的一種表現形式。
石組庭園置3塊石，表現3尊佛，並通過3塊立石相連的組合手法，象徵中央的立石是釋迦，左右的立石分別為文殊和普賢。這也許是發揮了一種另類的想像力，是一種宗教式的思考。
歸納來說，「枯山水」庭園，以龍安寺方丈南庭和大德寺大仙院為代表，可以分為兩大類，以前者為代表，是極具象徵的石庭；以後者為代表，是自然風景式的庭園。
到室町時代後期，「枯山水」庭園發生了一些變化，池庭的小山丘上或通路的地形上立石，並以此為主軸。
一些寺院，比如常榮寺、萬福寺，或武士館所屬的，比如畠田國司館等遺蹟，就採用了這種「枯山水」的新的造園法。