北宋初年，福建東海一帶經常鬧海災，漁民傷亡慘重。此事經赤腳大仙奏明玉帝，申請加封一位海神，統管海上救生諸事宜。在王母娘娘的支持下，赤腳大仙於莆田湄洲島發現了俠義、善良有德行的林願，並請觀音菩薩賜林妻懷孕，十四個月後產下一女孩，取名默娘。此女出生後聰明無比，更揣善良濟世之心。菩薩和大仙甚喜，相約暗地收她為徒，逐漸教她醫術、預測、觀天象等法力，以便將來能承擔海神之重任。
默娘長大成人，她身具靈異，能觀天象，預知陰晴，屢次幫助漁民避免了海災的傷害，因此，極受村民們信任、推崇。默娘在菩薩和大仙的幫助下，有了預見海上災難的能力，並可在昏睡狀態下靈魂出竅，飛躍救人。
海面上的諸多災難均與東海龍宮二王子睚眥有關。睚眥是個窮兇極惡的傢伙，他偷煉乾坤大法，企圖稱霸東海，不想造成昏迷現出原形，被漁民捕獲。幸虧少年默娘心懷仁慈之心，纏著哥哥把睚眥贖下放生，睚眥得救後，不思報答，反而煞費苦心迫害漁民以圖報復，他手下的海妖晏公百般擾民，林願只好求知縣江施旗請玄通道長降妖。不想玄通修行過淺，反被晏公逃脫，江施旗的兒子也被晏公報復，成為瘸子。
在一次與海妖周旋中，默娘救下了官船，為首的統帥為朝廷使臣吳宗倫。吳宗倫事後登門致謝，兩人相談甚歡，默娘經吳宗倫點撥，知道了許多外面的大事。
睚眥的篡位欲望不斷升級，最後把親兄弟狴犴圍困在無名島上，殺掉並埋葬於亂石下。高手對決引起巨大海難，默娘參加許茂盛的婚禮喝醉了，雖然飛去海上出事現場，然而，功力不足，眼看楊生全葬身海底。她帶著楊生全的父母找回楊生全的屍體，幸運的是，楊生全竟又奇蹟般地活了過來。楊生全死裡逃生，卻因受刺激而大腦失去了記憶。原來他是四王子狴犴所化。
吳宗倫的管家登門向默娘求婚，默娘得知吳宗倫辭官回鄉的音訊後，非常慨嘆，幾經與吳溝通後，默娘被吳宗倫的寬恕大度所感動，她接受了吳宗倫的主張，嫁給他為妻。默娘與吳宗倫相約，婚而不嫁，兩人是同居不同房。
默娘為救下官船，在海灘上又遭受睚眥及其嘍囉的攻擊，終因寡不敵眾，默娘倒在沙灘上。待菩薩和大仙趕屆時，她已沒了呼吸……菩薩和大仙封住默娘的魂靈，然後由大仙去玉帝面前為她懇求海神封號，卻遭到四海龍王聯手對立。默娘的死訊傳來，驚擾了五湖四海信眾，紛繁出資為她建廟，香火直衝九霄，感動玉皇大帝和王母娘娘，贊同加封默娘為海神，封號媽祖。
媽祖將睚眥侵等人的罪行向玉帝稟報，讓惡人受到了應有的懲罰。在人證物證面前，睚眥一夥均無可抵賴，受到了天律的嚴懲。媽祖的水闕仙班得以順利組建，她繼續帶領部屬們，巡邏在遼闊的海面上。