公元1874年，同治皇帝逝世了，由於他沒有子女，再加上慈禧太后想繼續把持朝政，便立了自己親妹妹的兒子愛新覺羅·載湉為帝（即光緒皇帝），並過繼給了鹹豐皇帝，這一年他只有四歲。新帝年幼，慈禧太后垂簾聽政，進一步加強自己對朝政大權的掌控，光緒成為了她的傀儡。
公元1887年，光緒皇帝開始親政了，不過慈禧太后仍然可以進行訓政，並給光緒設置了重重障礙，仍然將朝政大權牢牢掌控在自己手裡。光緒也有自己的理想，他也不甘心於清朝就這樣沒落下去，總想著施展自己的政治抱負，跟慈禧太后之間的矛盾是無法避免的！
光緒皇帝任用康有為、梁啓超等人展開了變法，史稱百日維新（或戊戌變法）。剛開始的時候，慈禧太后對光緒的控制並不是特別嚴，畢竟光緒是年輕人嘛，還是應該給他機會折騰一下的。可是隨著變法的深入，光緒和慈禧太后之間的矛盾徹底爆發出來，慈禧太后按耐不住心中的怒火，便發動了戊戌政變，光緒皇帝被幽禁於中南海瀛臺涵元殿。
可能是出於對光緒的失望，也可能是為了繼續掌握朝政大權，慈禧太后立了端郡王載漪之子溥儁為「大阿哥」，以在未來取代光緒皇帝，史稱己亥建儲。由於得不到列強的支持，這件事情最終還是擱置了，光緒皇帝的皇位勉強保住了！
在幽禁期間，光緒皇帝的話雖然對決策起不到什麼作用了，但慈禧太后還是會例行的問一下他的看法。
公元1900年，八國聯軍發動了侵華戰爭，慈禧太后連著四天召集大臣商討是戰是和。光緒也參加了會議，反對頑固派說的義和團有神功護體可以抵禦八國列強，認為不應該輕舉妄動，必須從長計議。
可慈禧太后卻聽從了頑固派的建議，草率的對八國聯軍宣戰，使得光緒皇帝十分的激動，忍不住問多次出使過國外的許景澄，「許卿出使外洋多年，又在總署當差，外國的情況卿最知曉，卿以為大清有無與外國一戰的實力？」許景澄明確表示了清朝目前尚無此實力，應該立刻保護外國使館、剿滅義和團等。慈禧太后聽完立馬發怒，下令處死了許景澄等反對宣戰的大臣，宣布對八國聯軍開戰。
最終的結果我們都知道了，八國聯軍攻破了北京城，慈禧太后帶著光緒逃往了西安，並且派大臣議和籤訂了《辛丑條約》。光緒皇帝越加感到失望，便把更多的時間投入到了學習外語、專研各國法律中去，書單有：《日本憲法說明書》、《孟德斯鳩法意》等。或許他是覺得慈禧太后會死在他的前面，到那個時候自己就可以重掌大權了，再利用自己所學的知識一展抱負。
不過光緒皇帝最終還是死在了慈禧太后的前一天，死因一直都是一個謎。直到2008年的時候，經過對光緒皇帝殘存的一縷頭髮進行鑑定，確定其死於砒霜中毒。至於元兇究竟是誰？目前尚沒有結論