自明朝中後期開始，整個朝堂社會上出現了一股很奇怪的歪風，那就是——凡是敢於不聽皇帝的指示，批評抨擊皇帝，與皇帝意見相左的官員，就會被朝堂上下譽之為「剛正不阿、忠言直諫、為國事不惜犯上」的忠賢之臣。不論對錯與否，只要是皇帝支持的，我們就反對，只要是敢和皇帝作對的，我們就支持。
有時候連罷官不可怕，下獄更不可怕，有事沒事起起鬨罵皇帝，有事沒事鬧鬧事罵皇帝，博取剛正不阿、正直敢諫的名聲最重要，說不定還能在史書上留下自己的名字。
「無事生非、欲博直名」，這就是明朝中晚期很多官員的為官哲學。
在這股風氣之下，顧憲成雖然因為得罪了萬曆皇帝而被迫罷官，卻成為了超級明星，影響力大為增強。
由於罷官之後無事可幹，加上顧憲成自己也有很大的野心，所以顧憲成乾脆利用自己的「明星」身份開始進行講學，宣傳自己的理念，擴大自己的勢力，而講學的地點設在宋代的東林書院，這足以看出顧憲成的野心勃勃。
還別說，顧憲成當官不咋地，但闡述自己的政治主張、治國理念卻是頭頭是道。
他的名氣也越來越大、人氣越來越旺、弟子越來越多，逐漸形成了一股龐大的輿論勢力，從而開始對明朝政治勢力進行操控。
從此之後，以顧憲成弟子門人為主的「東林黨」勢力開始登上歷史舞臺，在明朝朝堂中拉幫結派、上躥下跳、惹是生非，大肆奪權攬權，似乎想要朝中的所有官職都讓東林黨人擔任。
最後硬生生將秦黨、齊黨、楚黨、浙黨等其他政治派系逼到了大太監魏忠賢的門下，「閹黨」由此誕生。
在明朝天啟年間，東林黨與閹黨展開了血腥的政治搏殺，以左光鬥、楊漣等為首的一批東林黨人慘遭殺害。
崇禎皇帝即位後，剷除魏忠賢，欽定《逆案》。
東林黨再次翻身，自我標榜「眾正盈朝」，繼續影響國家軍政大事。
到了南明弘光政權時期，由於建都在東林黨大本營的江南地區，樹大根深的東林黨更加跋扈，也使黨爭更為激烈。
東林黨雖然在最開始的時候就強調「實學」，也的確出現過一批人品高尚、剛正不阿的正人君子比如左光鬥等等，主張反對貪汙受賄、進一步開放言路、反對宦官幹政、反對徵收商稅礦稅，等等對國家有利的措施。
但到了中後期，東林黨本身成分就非常複雜，裡面的成員中也有不少投機取巧之徒和避難的貪官汙吏，而且大部分人都和史可法一樣，空談儒家義理，對真正的「知行合一」一無所解，在明朝後期內憂外患的政治局勢中，對一系列經濟、政治、社會、軍事問題束手無策。
而反對徵收商稅礦稅，則更是出於私心。
明朝後期江南地區商業和礦業繁榮發達，而國家財政困難，長期處於入不敷出的狀態。
東林黨倘若真正的為國為民，就應該幫助皇帝制定合理的商稅和礦稅政策、為國家解決財政上的老大難問題。
但東林黨中有很多成員是江南地區的士紳地主階層，加上江南地區商業發達，他們與商業、手工業、礦業有著緊密的聯繫，因此極力反對商稅與礦稅，導致明朝在異族入侵和農民起義中走向滅亡。
周明初教授在《晚明士人心態及文學個案》中一針見血地指出：早期的東林黨看起來是一群有抱負有理想的群體，但是到了中後期，東林黨逐漸產生了異化，變成一群沒有多少政治遠見，缺乏治國才能的士大夫，「在好同惡異，黨同伐異方面，東林黨比起其他諸黨成員來，常常是有過之而無不及的」。
所以說明朝的滅亡與明朝後期的黨爭有著密不可分的關係，而東林黨作為當時最大的黨派勢力，對明朝的滅亡肯定負有不可推卸的重要歷史責任。
學者李伏明在《倫理政治的內在矛盾與明後期的腐敗：從張居正到魏忠賢》中也認為：東林黨人雖然也想進行一些政治社會經濟軍事方面的改革，但他們根本拿不出有效的對策出來。他們最擅長的不是謀劃國家大事和實施朝廷政策，而是排擠打擊反對派，自取滅亡，怪不得別人。
公正的說，東林黨最開始的初衷是美好的，早期的東林黨人能夠以道自任，致力於當時社會道德文化秩序和政治法律倫理秩序的重構，大力倡導知行合一，左光鬥、黃道周等人的人格精神也是永遠值得人們讚揚；但是經過幾十年的實踐中，理想的美好與現實的操作碰撞，使得東林黨異化成一個有著壁壘森嚴的門戶之見、意氣用事排除異己和操控國家大權的龐然大物，挑起了明朝後期劇烈非常的黨爭，不僅給明朝和自身帶來了滅亡，也給國家、民族造成極其巨大的負面影響。