「我們正在收集所有必需的證據。一旦我們收集了必需的證據——目前這個時候我們不會指責任何人——如果確有撞船事件發生……我們會向相應的法庭提出必需的指控，為我們的漁民聲張正義。」——阿基諾
菲律賓媒體6月24日曝出消息，一艘菲律賓漁船近日在黃巖島北部海域與一艘其他國家船隻相撞，事故導致菲漁船上1人死亡，4人受傷。獲救的菲漁民聲稱，他們認為與自己相撞的是一艘「中國的船隻」。
菲律賓總統阿基諾6月25日在接受菲媒體採訪時，就這一事件作出表態。阿基諾稱目前不會就這起事件指責任何人，菲方目前正就此開展調查並收集證據。阿基諾還稱，一旦事故屬實，菲方將會為遇難漁民聲張正義。
菲律賓海岸警衛隊6月25日稱，他們懷疑事件中的另一艘散貨船隻來自香港。菲海岸警衛隊稱其初步調查發現，當天由於天氣惡劣，事件中的菲漁船面臨著沉船的危險，漁民被迫將船隻用繩子繫到附近海域的護漁建築上，隨後經過該海域的一艘「在香港註冊」的散貨船無意中撞上菲漁船。
對此，菲律賓海岸警衛隊司令埃德蒙•陳表示，事故發生地距爭議海域「非常遠」，因而這起事故不應與中菲黃巖島事件聯繫在一起。
此外，菲律賓媒體還報導稱，菲律賓國家減災避險管理委員會之前曾聲稱事件中的另一艘船隻來自中國，但該委員會25日更新相關信息，刪除了所有有關涉事船隻是「一艘中國船隻」的內容。