少年康熙帝，憑藉卓越的智慧和膽識，除鰲拜、整朝綱，執掌人間至高的權力。同時，他以驚人的毅力研習傳統儒學和帝王之道，涵養了一雙慧眼和滿腹才學。康熙帝終於能以真正的帝王身份，放眼中華的無限江山，構想著他的清平治世和強盛帝國。
什麼才是少年天子最關注的國事呢？通過數年的聽政和學習，他清醒地意識到在大清王朝中亟待解決的難題。於是，他在宮裡的柱子上寫下三大事——三藩、河務和漕運，日夜提醒自己勵精圖治，慎終如始。其中，三藩又是所有大事的重中之重。
三藩之亂
吳三桂等人宋朝開國的功臣，而是類似唐朝藩鎮的割據勢力。——康熙帝
三藩是清帝開國之初的三位漢人藩王，他們分別是平西王吳三桂、平南王尚可喜、靖南王耿精忠。從名號上就可以看出，這三位王爺是掌控西南地區的割據勢力了，他們都是明末降清的大將。
崇禎十七年（1644年），崇禎帝自縊殉國，國中尚有李自成的大順勢力，張獻忠的大西勢力，以及明朝宗室和文武大臣南渡後建立的南明。清欲入關統一中國，須藉助這些降將的力量，因而清廷對他們大加封賞，表示恩寵。
崇德元年（1636年），皇太極稱帝，封歸順的孔有德、耿仲明（其子耿繼茂、其孫耿精忠繼任）、尚可喜為王，首開先例。崇禎十七年（1644年），吳三桂引清兵入關後，亦被封王。
四王隨清軍南下，平定各方反清的勢力，立下軍功，享受高官厚祿。最終由吳三桂、尚可喜、耿精忠分別駐守大清邊境雲南、廣東、福建，制霸一方。時日久了，三王擁兵自重，權勢日張，漸成尾大不掉之勢。
首先是軍事上的壓力和威脅。史料記載，耿、尚二人「丁口各二萬」，吳三桂因為四方徵戰，收各路精兵為己用，總計五萬餘。三藩強大的兵力，不僅是國家統一的隱患，其巨額軍餉更成為財政的重大負擔。僅雲南一省的俸餉一年就高達九百餘萬錢，出現了「天下，半耗於三藩」的局面。
在政治上，三藩的權力凌駕於朝廷和地方的各級官員之上。清初，朝廷設十八省，每個省設一巡撫，二、三個省設一總督，負責當地的軍事、政務等一切事務，邊陲的藩地是例外。以吳三桂為例，他總管雲貴兩省的大小事務，朝廷內外的各部門官員不得掣肘、不得幹預。到康熙二年（1663年），吳三桂甚至請旨，在雲貴督撫的授命詔書上寫下「聽王節制」四字。他還操控委派官員的大權，經常選拔部下親信到他省任職，稱為「西選」，有「西選之官遍天下」之說。
在經濟上，吳三桂更是極盡搜刮之能事：踞南明皇帝的五華山舊宮為藩府，增飾奢華；盡括前朝沐氏莊園七百頃為藩莊；假藉修築城渠為名大肆斂財，任意圈佔土地，恢復明末各種苛捐雜稅。
同時，吳三桂還和西藏、蒙古開通互市，歲收良馬無數；他的兒子吳應熊以駙馬身份在朝廷為質，隨時向他傳遞京師消息。十餘年來，吳三桂日夜操練兵馬，在全國大力培植心腹，可見其野心勃勃。其他兩王雖然不如吳三桂實力雄厚，也同樣壟斷軍政大權，以橫行地方，其影響遠甚於鰲拜在朝中擅權。
因此，少年康熙帝視三藩為大清江山的最大隱患。在三藩王貪婪斂財擅政的同時，康熙帝也在思索著撤藩大計。
弄假成真
朕年輕時，認為三藩權勢日益擴大，不可不撤。——康熙帝
自秦始皇廢分封、設郡縣以來，歷朝歷代的君臣都把藩王割據勢力，當作大一統帝業的威脅，也有了漢武帝推恩、宋太祖杯酒釋兵權等免除藩鎮兵禍的舉措。清廷在不得已的情況下，設立了三位藩王，雖然他們曾為清朝的統一作出貢獻，但是當他們對國家構成威脅時，撤藩就勢在必行了。
早在輔政時期，朝廷就開始針對以吳三桂為首的三王，逐步削藩。康熙二年（1663年），康熙帝收繳了吳三桂在順治年間，為徵討雲貴而得賜的大將軍印；隨後，下詔削減藩兵，裁減糧餉百餘萬；嚴禁王公、督撫等官員或者奸商，恃藩王之權勢攫取暴利；責令督撫及相關官員掌管雲貴地區一應事務。
三藩的權力在一步步縮減，真正的撤藩行動卻始於康熙十二年（1673年）初。京城還處在春寒料峭時，一封以尚可喜為名的奏疏自嶺南而來，引發了朝廷熱議。尚可喜當時年屆七旬，他以老病為由，請求康熙帝準許他攜領兩萬多名官兵及老弱百姓，回到家鄉遼東頤養天年。他的王爵，就由兒子尚之信襲封。
尚可喜的奏疏，與撤藩之計相合。康熙帝很高興，召集議政大臣商議，只是反對撤藩者佔了多數。康熙帝思索之後，認為：「三藩手握兵權，時間久了恐怕滋生禍患，發生意想不到的事情。」因而，他毅然做出撤藩的決定。
康熙帝在答覆尚可喜的詔書中，稱讚尚可喜「想要歸老遼東，情詞懇切，可見其態度恭謙謹慎，能識大體」，同時除了兩營由漢人組成的「綠旗兵」留在廣東，尚可喜的親屬和部將全部隨他遷往遼東。也就是說，康熙帝在廣東首次實施撤藩計劃。
老邁的尚可喜接受了撤藩的現實，但是康熙帝此舉在另外兩位藩王那裡引起軒然大波。吳三桂和耿精忠為此日夜難安，要他們放棄王爵自然是不舍，但如果不作為，又會招來朝廷的懷疑。特別是吳三桂，早年有人以血書鼓動他謀反，還故意把事情鬧得滿城風雨，朝廷也對吳三桂的懷疑最深。終於，兩藩王快馬加鞭，先後寄去了撤藩申請。他們的想法是，康熙帝一定會下詔安撫挽留，他們就能像明朝沐氏家族一樣，永鎮邊陲。
然而他們錯了。三藩雖然強大，他們面對的，卻是雄才大略的康熙帝。吳三桂上疏前，他的謀士還勸阻他：「皇帝早就想把您撤掉了，只是難以開口。王爺您現在把奏摺交上去，馬上就會被撤掉。」吳三桂仍然抱著幻想不肯聽信。果然，康熙帝接到奏疏後，將計就計，立刻下詔「讚譽」兩王的行為，並派官員前去處理撤藩的各項事宜。
可以想像，當吳三桂和耿精忠接到朝廷撤藩的消息，一定是又驚又怒，還有著弄巧成拙的萬分懊悔。特別是吳三桂，一邊拖延著不肯撤離，一邊暗地裡謀劃著起兵起反。
禍起南藩
吳三桂等人蓄謀已久，不儘早除掉他們，將會釀成大禍。今天撤藩，他們會起反；不撤藩，也會起反，不如爭取主動。——康熙帝
在詔書正式下達前，康熙帝還就是否撤藩安排了群臣的商議。只有戶部尚書米思翰、刑部尚書莫洛、兵部尚書明珠等少數官員贊成撤藩，大多數官員畏懼三藩聲勢，保持了沉默。其實，無論大臣們贊成與否，康熙帝和他們都有個共識，那就是藩王很有可能因此而起反。只是少年康熙帝決定放手一搏，一舉拔除三藩這個毒瘤。
隨即而來的，便是清朝歷史上長達八年的平叛歷程。康熙十二年十二月二十一日，又是年關將近的時候，原本被派往雲南的官員，星夜兼程趕回京城，只為向康熙帝匯報一個重要的消息：吳三桂反了！
詳細情況是這樣的，吳三桂在九月接到撤藩旨意，十一月底，他就調集手下藩兵，殺死拒絕反清的雲南巡撫朱國治，扣留宣旨使臣。吳三桂自封「天下都招討兵馬大元帥」，頒布冠冕堂皇的《反清檄文》，為自己當年的降清行為狡辯。於是，他打著反清復明的旗號，起兵起反。
不到一月，吳三桂的軍隊就佔據貴州全境。他致書耿、尚二人一同謀反，並聯合廣西的孫延齡、臺灣的明鄭等反清勢力，一時間叛軍聲勢囂張浩大，直指四川與湖南等地。
而朝廷裡也是一片混亂，大臣們紛紛要求懲處主張撤藩的官員，以平息叛亂，正如西漢時期漢景帝殺晁錯，以平息七國之亂一樣。康熙帝卻沒有向叛軍妥協，他說：「難道因為吳三桂反叛，就把過錯推卸給大臣嗎？」
這種敢於擔當的帝王氣度，救了一心諫主的忠臣，也鼓舞了文武群臣同仇敵愾的信心。康熙帝決定出兵平叛，肅清宇內。從康熙十三年到十五年（1674—1676年），平叛處於防守階段。康熙帝希望將戰場集中在雲南、貴州、湖南、湖北等地，於是加派軍隊進駐要地，以阻遏叛軍的進攻。
起初戰局很不樂觀，四川的官兵投降吳三桂，導致四川失守，進而危及陝西、湖北。在兩湖，吳軍又攻陷常德、澧州、衡州、嶽州、長沙等地。同時，耿精忠起兵，踞福建叛亂，進而攻佔浙江南部。一時間，清朝接連丟失雲、貴、桂、蜀、湘、閩六省以及浙贛大部，半壁江山落入吳三桂之手。康熙帝卻從容不迫，繼續加派兵馬南下馳援，在江南、廣東一帶與叛軍相持。
這時，吳三桂有議和之心，於十三年四月，放還扣留使臣，希望和清廷一南一北裂土而治。然而康熙帝平三藩之意堅決，或徵討、或招降，但絕不肯以割讓領土為代價換取苟安，讓父輩辛苦打下的大一統王朝陷入分裂。他聽取議政大臣的建議，處死吳應熊及其長子。吳三桂裂土稱霸的美夢徹底幻滅，朝野臣民平叛的信念則愈發堅定。
清軍的實力，僅能和叛軍相持，難以進取，各路兵力分散各處戰場，互相之間無法協調配合。而吳三桂屯重兵於嶽州，伺機北上或東進。於是，康熙帝在十三年六月開始，又增派五位宗室大將軍率兵，分別進駐嶽州、浙江、四川（實際僅到陝西）、江南、廣東，連同之前已有大將軍駐守的荊州，共組成六大戰場。每支軍隊，由貝勒或親王擔任大將軍，率領八旗勁旅，兼統帥當地官兵，形成陣容強大的王師。康熙帝的部署，極大地提升了軍隊的作戰和應變能力。
十三年底，陝西提督王輔臣叛亂，佔領了甘肅東部和陝西北部。次年，原本進軍四川的清軍徵討王輔臣，在半年以後取得大捷，西北地區遂定。之後，康熙帝採取剿撫並用的策略，招降耿、尚兩軍，亦平定福建和廣東。這時開始出現轉機，進入平定叛亂的第二個階段——清軍反攻的時刻。
八年平藩
康親王在福建圍剿叛賊，雖然屢傳捷報，朕也不會真的高興。吳三桂是賊首，只有攻破嶽州、澧州，才真的值得慶賀。——康熙帝
前方將士為了清朝基業捨生忘死，浴血奮戰，康熙帝坐鎮京城，運籌帷幄，決勝於千裡之外。從康熙十六年到二十年（1677—1681年），是清軍克敵制勝的階段。康熙帝認為，吳三桂是最大敵人，他盤踞的湖南也是第一戰場，因而非常重視湖南的戰局，也把平叛的主力部署在湖南戰場。
康熙帝從全局出發，從陝西調精兵徵湖南，連續收取茶陵、攸縣、安仁、郴州、桂陽等十多個城鎮。當時吳三桂在衡州，準備進犯廣東，清軍的一系列軍事勝利，徹底打破了吳三桂的軍事計劃。
面對節節敗退的局勢，吳三桂為振奮士氣，強行在康熙十七年（1678年）三月，稱帝于衡州。然而不過一個月的功夫，他就病逝了，由其孫吳世繼任。吳三桂的死，讓本就渙散的軍心到了崩潰的邊緣。康熙帝抓住這一戰機，命水陸兩軍夾擊，速取嶽州，並於康熙十八年（1679年）正式收復。很快，整個湖南盡在清軍掌握之中。
之後，康熙帝計劃收復蜀地和雲貴。在四川一線，康熙帝決定重用漢人將領，率領由漢軍組成的綠旗兵作戰；滿人將士則作為後援，運送糧餉，並隨其作戰。十月，一路清軍收復漢中府，直抵川陝邊界的青石關；一路抵達略陽，進取陽平關。在康熙帝周密的部署下，兩路大軍會師後，於十二月分頭進軍四川，一路勢如破竹大敗吳兵。十九年正月，四川大部平定。
接下來，那兩路大軍直逼雲貴。一番激戰後，由於滿軍將領作戰不力，吳軍再犯四川，令戰局出現反覆。康熙帝卻把握住了機會，認為吳軍分散了兵力，勢必削弱了雲南的防守力量。於是，他調集平定兩廣的軍隊一同攻取雲貴。
康熙二十年初，吳世璠猶作困獸之鬥，欲調四川兵力回援雲南。康熙帝急命幾路將軍，立刻火速進軍，並在吳軍到來之前拿下雲南。同時，康熙帝安排一路漢人軍隊，採取先定四川再取雲南的策略。三月，這支勁旅追剿四川叛軍，五月收復瀘州等地，七月進入雲南武定州，九月抵達昆明，等待著最終的決戰。
這時，康熙帝下令攻取雲南省城。滿漢將士們浴血奮戰，激戰三日，終於大敗吳軍。九月二十八日，吳世自殺，叛軍出城投降。至此，歷時八年的平叛戰爭結束。深夜裡，勝利的喜訊傳入宮廷，康熙帝欣喜之餘，揮筆作《滇平》一詩紀念：
「洱海昆池道路難，捷書夜半到長安。未矜幹羽三苗格，乍喜徵輸六詔寬。天末遠收金馬隘，軍中新解鐵衣寒。回思幾載焦勞意，此日方同萬國歡。」
叛軍既除，撤藩行動也順利進行。三藩中，吳藩大逆不道，株連九族，殘部充作官奴或役夫，耿、尚二王因其歸降的舉動，有罪者受到懲處，忠義者寬宥，這樣，康熙帝將三藩徹底廢除，統一了地方建制。