在21世紀10年代早期之前，科學家們就對智人與尼安德特人雜交的問題爭論不休，但自那以後，多項研究表明，尼安德特人和人類的DNA有驚人的重疊——足以使大約1%-4%的現代人類DNA直接追溯到尼安德特人的祖先。
有證據表明，智人不僅與尼安德特人繁衍後代——他們還殺死並吃掉了他們。
由於史前人類濫交是出了名的，所以史前人類與尼安德特人交配並不奇怪。儘管科學證明了人類與尼安德特人交配，但證據中仍有一些問題有待解決。它們是什麼時候開始雜交的？是兩廂情願的嗎？現代人類和尼安德特人有關係嗎？
大多數現代人，只有一小部分尼安德特人的DNA
事實證明，史前智人和尼安德特人之間，並沒有什麼太大的區別。雖然尼安德特人更健壯，骨骼更厚，但他們在很多方面是兼容的。根據發表在《科學》雜誌上的一項研究，平均而言，一個人有4%的基因，直接與尼安德特人有關。
雖然尼安德特人在3萬年前就消失了，但這項研究為史前智人與尼安德特人繁衍後代，提供了堅實的基因證據。
智人可能是在從非洲遷徙後，開始與尼安德特人交配的
大約在65000年前，智人從非洲大陸大量遷移而來。當智人傳播到中東和歐洲時，他們遇到了尼安德特人。當這兩種原始人相遇時，他們也進行了交配。
最近的科學證據表明，智人和尼安德特人有過多次雜交，包括可能發生在10萬年前智人離開非洲後的早期混合。可能是與尼安德特人的雜交，形成了後代的DNA。
DNA重疊，發生在科學家最初估計智人與尼安德特人相遇之前
科學家最近解開了一個史前DNA之謎：10萬年前生活在德國西南部的尼安德特人，是如何擁有現代人類線粒體DNA的？直到2010年，學者們還認為智人和尼安德特人的雜交，可能要追溯到6萬年前，當時智人離開了非洲，慢慢地傳播到了中東和歐洲。
但2017年的研究表明，22萬年前，非洲的一名女性與尼安德特男性進行了交配。這種結合將mtDNA傳播到整個尼安德特人的譜系中，他們可能在數萬年後在歐洲遇到了智人。
智人可能與尼安德特人強行繁衍後代
人類和尼安德特人之間的交配是自願的嗎？關於這個問題，科學數據提供的證據不足。然而，一個線索將來自於檢查到底是誰在進行生育。是尼安德特男性讓智人女性受孕，還是尼安德特女性被智人受孕？
遺傳學研究人員亞當·西佩爾說：「我們真正知道的是，一些智人和尼安德特人的後代，最終被納入人類群體，因為我們看到的是人類群體中的一小部分基因組。」
作家羅伯特·索耶對自願的看法則較為悲觀。「我希望我能畫一個更浪漫的故事，燭光晚餐，猛獁牛排，但似乎更有可能的是，基因流動大多是無意的。」或者，簡而言之，這些群體並不是為了懷孕而交配的。
只有一群人沒有尼安德特人的DNA
智人在世界各地遷徙，有時與其他原始物種混雜在一起。但是只有一群現代人沒有與尼安德特人雜交的證據。
來自世界各地的現代族群，攜帶著尼安德特人的DNA，而這是通過混種繁殖而來的——只有非洲血統的人除外。撒哈拉以南非洲人，從未與尼安德特人接觸過，因此沒有機會將他們的DNA進行混合。其他每個人，都攜帶約1-4%的尼安德特人基因。
人類與尼安德特人，擁有99.7%的相同DNA
智人和尼安德特人很可能進行過互相交配和爭鬥，但這兩個群體在歐洲和中東共存時，可能幾乎無法區分。
這是因為尼安德特人的DNA幾乎和人類的DNA一樣。人類和尼安德特人的DNA有99.7%相同。這使得尼安德特人比與人類有98.8%相同DNA的黑猩猩，更為接近。
除了緊密的遺傳關係，智人和尼安德特人雜交，將更多的尼安德特人DNA引入人類基因庫。
尼安德特人可能因為雜交而滅絕
與智人雜交對尼安德特人來說，可能是個壞主意。尼安德特人的Y染色體與人類的Y染色體並不完全兼容。因此，如果一名尼安德特男性與一名人類女性生育，懷孕往往會以流產告終。
人口遺傳學家費爾南多·門德斯發現了尼安德特人Y染色體上的突變，這種突變會引發人類女性的免疫反應。如果她懷孕了，她的免疫系統可能會導致流產。
事實上，尼安德特人可能在與智人融合後，就開始逐步滅絕了。
智人殺死並吃掉了尼安德特人
當智人試圖從非洲擴展到歐洲和亞洲的尼安德特人領地時，智人和尼安德特人可能已經互相爭鬥了10萬年。2020年11月，進化生物學家和古生物學家尼古拉斯·r·朗裡奇說，儘管人們很容易認為，這兩個種群可能相處得很好，但「生物學和古生物學描繪了一幅更黑暗的畫面。」尼安德特人遠非和平，他們很可能是熟練和危險的戰士。」
考古證據表明，尼安德特人使用矛來獵取大型獵物，所以他們可能也使用這些工具來保護自己，尼安德特人和智人的史前遺蹟，都顯示出頭骨和上半身受傷的跡象。
以沙尼達爾Z為例，他是大約5萬年前，生活在伊拉克的一名40歲的尼安德特人，被一支長矛刺穿胸腔後而死。人類學家史蒂文·邱吉爾證明，奪去沙尼達爾Z生命的工具，可能是一個輕量級的拋射矛。在法國西南部的一個洞穴中，發現了一塊尼安德特人的下顎骨，上面有石器切割的痕跡，這表明尼安德特人的孩子被殺害並被吃掉了。
朗裡奇說，尼安德特人可能在那次徵服中，倖存了10萬年，因為他們更熟悉那裡的地形，肌肉發達的身體和大大的眼睛，能幫助他們在近距離搏鬥和黑暗環境中生存。現在還不清楚，為什麼智人最終佔據了上風，也許是他們發展出了更好的武器或狩獵技術。
智人在數量上超過尼安德特人
為什麼尼安德特人最終滅絕了，而智人卻繁榮昌盛？部分原因與尼安德特人的人口規模較小有關。在3.8萬至7萬年前，歐洲的尼安德特人數量很少，大概只有1500名育齡的女性尼安德特人。在尼安德特人時代的晚期，智人的數量遠遠超過了他們。
研究人員Adrian Briggs解釋說，「因為從來沒有真正的數百萬人口規模，因此他們可能更容易受到某種事件的影響，使他們滅絕，在我看來，可疑的是這與現代人類的出現是一致的。」
尼安德特人和智人並沒有什麼不同
雖然尼安德特人和智人在大約50萬年前開始分道揚鑣，但這兩個群體並沒有多大區別。智人在身高上略微超過了尼安德特人，而尼安德特人擁有更大更強壯的骨骼。尼安德特人有更大的眉骨和鼻子。
人類學家通常提到的另一個相似之處是生殖器，尼安德特人的陰莖可能看起來更像人類。人類學家約翰·霍克斯解釋說，大多數靈長類動物的陰莖上都有「角質乳頭」或刺，但人類和尼安德特人都缺少這些刺的基因。
智人可能與其他早期人類物種雜交
尼安德特人並不是唯一與智人雜交的原始人。新的研究表明，智人還與直立人、能人以及居住在亞洲大部分地區的丹尼索瓦人有過交配。來自大洋洲和東亞的現代人，仍然攜帶著丹尼索瓦人的DNA片段。
麥可·哈默博士說：「我們認為可能有上千種雜交事件。而這種情況發生得相對廣泛而頻繁。」儘管史前的智人與其他人類物種雜交，但智人卻比他們的競爭對手活得更久。
尼安德特人與智人是否共存，仍有疑問
一些學者質疑最近關於尼安德特人與人類雜交的研究。在2012年的一項研究中，研究人員精確地確定了來自西班牙南部的尼安德特人骨骼的年代，發現它們比智人進入該地區的時間，早了1萬年。然而，智人到達該地區的時間，可能比我們之前所知道的要早。
另一些人則認為，這種基因相似性，可以追溯到一個共同的祖先，而不是來自異種交配。然而，現代人有4%的尼安德特人DNA，而非洲人卻缺乏尼安德特人DNA，因此雜交仍是目前科學界的共識。