台州大捷後，浙江倭患基本被肅清，戚繼光在福建巡撫的要求下，帶領6000戚家軍進入福建作戰，同行的還有督府中軍都司戴衝霄的1600人。
戚家軍在福建與倭寇進行了多次戰鬥，知名度最高、規模最大、戰況最激烈的當屬以下幾次：
1，橫嶼島之戰：
橫嶼島是位於寧德縣東北20餘裡處的一個海中小島，這片淺灘，潮來成海，潮退泥窪。用陸兵攻打難於涉渡，用水師進攻則船易擱淺。
福建明軍多次攻擊，都無功而返。
戚繼光到來後，根據潮汐規律和倭寇部署情況，決定在退潮時涉水攻擊。
戚家軍以每人負草一捆，以鴛鴦陣隊形前進，匍匐前進，用草填泥壑，戚繼光則親自擂鼓助威。
戚家軍登陸後，斬殺倭寇1000餘人，救出被擄百姓800餘人，另有數百殘倭被趕入海裡。
2，牛田之戰：
橫嶼島之戰，戚家軍多位士兵負傷，直浙總督胡宗憲令戚繼光回師浙江修整。
福建官員極力挽留，胡宗憲只好同意留下戚家軍繼續作戰。
戚繼光將下一個打擊的目標定為位於福清的牛田倭寇大本營。
與此同時，大批倭寇在福清集結，以牛田 、杞店、上薛、西林等地為巢穴，布下連綿三十餘裡的營壘。
九月一日，戚繼光奇襲杞店，全殲此處敵人，隨後又設伏殲滅前來偷襲的倭寇。
戚家軍乘勝直搗牛田倭寇大寨，擊潰匆忙列陣迎戰的倭寇。
戚繼光率軍一鼓作氣，連破牛田、上薛、聞讀等倭寇巢穴，擊潰倭寇上萬人，斬首688級，生擒10人，戚家軍無一陣亡。
3，林墩之戰
摧毀牛田倭寇大營後，戚繼光將進攻的矛頭對準另一處倭寇據點——林墩。
林墩毗鄰海港，四面環水，地形複雜，易守難攻，4000多倭寇盤踞於此。
戚繼光利用夜色掩護髮動進攻，但嚮導被倭寇收買，將戚家軍引入僅能兩人並行的寧海橋。
大批倭寇聚集於此瘋狂反撲。
戚家軍陷入苦戰，兩哨士兵戰死，數百名士兵轉身後撤，督戰的戚繼光親手斬殺14人，才穩住局勢。
調整部署後，戚繼光率領親兵衝鋒，終於殺開一條血路，攻入林墩，全殲倭寇。
林墩之戰，共斬殺倭寇2023人，俘虜13人，其餘倭寇被燒死或趕入海裡淹死。
戚家軍陣亡90人，是整個抗倭戰爭中傷亡最慘重的一次！
戰後，戚繼光到戰場祭奠陣亡將士，伏地大哭，隨後大病一場，返回浙江修整。
4，平海衛大捷：
戚家軍重返福建後，倭寇放棄興化，退往海濱，企圖將所搶財物送回日本，遭到明軍水師攔截，未能得逞。
倭寇佔據平海衛，構築工事，憑險固守。
戚繼光率領戚家軍途徑浙江義烏時，招募了一萬多新兵。
四月十九日，戚繼光、俞大猷、譚綸會師於興化東亭，明軍總兵力達三萬餘人。
福建巡撫譚綸根據平海衛三面環海，易守難攻的特點，在各海道上環立柵欄阻斷倭寇歸路，然後以戚繼光為先鋒，劉顯為左軍，由陸路進攻，俞大猷為右軍，率水師從海上進攻，譚綸自領中軍，隨後跟進。
明軍勢如破竹，攻克平海衛，斬殺倭寇2200餘人，次日嚴密搜捕，又斬殺逃匿倭寇170餘人。
捷報送到北京，嘉靖皇帝龍顏大悅，專程到太廟祭祀，告慰列祖列宗。
5，仙遊之戰：
戚家軍分兵住房後，一萬多倭寇包圍福建仙遊，仙遊軍民拼死抵抗，同時請求戚家軍支援。
戚繼光率領1000餘人趕到後，才用疑兵之計，迷惑倭寇，有不斷組織小股部隊不斷出擊襲擾，使倭寇摸不清戚家軍實力，不敢貿然進攻。
戚家軍主力到達後，戚繼光首先擊潰圍城倭寇，摧毀倭寇修築的四座營壘，隨後和城內軍民配合，追殺潰退的敵人。
一群倭寇逃到城西小山，被戚家軍追上，兩軍反覆衝殺18個回合，倭寇倍全殲，人們將此地成為為「十八戰」。
五百倭寇逃到一處山谷，被仙遊軍民包圍殲滅，後人將此山谷命名為「五百洗」。
另一股倭寇逃到城西北的小山包上，被戚家軍包圍，經過9次激戰，全殲倭寇，後來人們把此地稱為「九戰尾」。
數千倭寇逃往同安，至此，被圍困近兩個月的仙遊解圍。
仙遊之戰，戚家軍共斬首488級，生擒1人，解救被擄百姓3000餘人，戚家軍犧牲24人，仙遊軍民犧牲300餘人。
6，蔡丕嶺之戰：
仙遊解圍後，數千倭寇逃到同安王蒼平和漳浦蔡丕嶺。
戚繼光集中兵力，先攻王蒼平，斬首數百，另有大批倭寇墜崖而死。
漳浦蔡丕嶺的倭寇，拒險而守。
戚繼光將部下分為五哨，各持短兵器攀崖而上。
當戚家軍登上崖頂時，倭寇伏兵四起。
戚繼光嚴令部下不得後退一步，與敵人拼死搏殺。
經過激戰，倭寇大敗，被殺數百人，一千多倭寇逃入密林，被放火燒死。
仙遊之戰，歷時兩個多月，戚家軍共殲滅倭寇近萬人！
至此，福建境內殘餘的倭寇失魂喪膽，紛紛逃往廣東，福建倭患基本平息。
福建巡撫譚綸在給朝廷的奏章中，盛讚戚繼光，稱「自東南用兵以來，軍威未有若此之震，軍功未有若此之奇！」