由於明成祖朱棣通過靖難之役上位，所以稱帝後在政治上極不穩定，受到千夫所指。為了穩定自己的皇帝權位，朱棣下令修改了明太祖朱元璋時期的很多史料記載，給後人認識洪武年間的歷史造成了很大的阻礙。尤其是在皇室內部資料方面，包括《太祖實錄》在內的史料大量被刪改，於是留下了不少歷史謎題。其中懿文太子朱標的身世之謎便是如此產生的，也在後世引發了很大的爭議。《明史》上說朱標是馬皇后所生，但朱標出生前後卻沒有馬皇后懷孕的記錄。而《南京太常寺志》中記載朱標為李淑妃所生，與《明史》說法截然不同。
朱標到底是不是馬皇后的兒子，在歷史上一度引起了不少的爭議。雖然現在主流的歷史學觀點認為朱標是馬皇后的兒子，但在史料證據上卻存在很多矛盾之處。又因為有著《南京太常寺志》的文獻史料，所以這一直是研究明史的學者們討論的焦點話題。
從《明史》上看，朱標的出生記錄是非常模糊的。按照記載，朱標是至正十五年出身於太平富豪陳迪的家中，母親是馬皇后。但這個記載中有個很大的疑點，那就是馬皇后什麼時候到的太平？根據史書記載，至正十五年是朱元璋攻打集慶的重要一年，也是他事業的轉折點。
這一年朱元璋先是攻佔和州有了自己的根據地，然後和州被元軍包圍，戰況緊急。然後朱元璋率軍突破包圍，順勢向集慶進發，路上攻佔了太平。朱元璋在第一次攻集慶時，太平又再次被元軍所包圍，直到第二年三月集慶城破，元軍才撤退。這個記載中有個問題，是元軍七月時包圍和州，此時馬皇后正在和州，還組織軍中將領的家眷支援前線。九月初朱元璋攻佔太平，九月底時第一次集慶之戰便拉開了序幕。從這個時間節點來分析，馬皇后只有不到一個月時間進入太平，否則根本趕不到在太平富豪陳迪的家中生產。
最為碰巧的是，朱標的生日正是在這個九月份。也就是說馬皇后是在臨產的最後一個月從和州抵達太平，然後非常匆忙地完成的生產。這在現在社會或許可能，可是在戰亂頻繁的元末戰爭時期簡直就是奇蹟。除此之外，馬皇后生子的頻率也被人質疑。按照《明史》的說法，馬皇后除了生朱標外，還有秦王朱樉、晉王朱棡、燕王朱棣和周王朱橚。令人驚訝的是，這是發生在至正十五年到至正二十一年的六年間。也就是說馬皇后六年生了五個兒子，其中朱標和朱樉的出生間隔僅僅只有一年零三個月。
在戰爭時期，如此高頻率的生產簡直讓人感到恐怖。可到至正二十一之後，馬皇后就沒再生子，直到十七年後的洪武十一年，才生了朱元璋的長女寧國公主。然後又過了三年，她才生次女安慶公主。這個生產頻率與之前連生五子的高頻產出截然不同，不得不讓人感到懷疑。
要知道至正十五年是朱元璋的事業最關鍵的一年，也是戰爭頻率最高的一年。他們兩口子聚少離多，很多時候馬皇后在後方組織後勤，而朱元璋在外地打仗，哪裡有機會生孩子？即便是攻佔集慶後的前幾年，朱元璋也面臨元軍和張士誠部的聯手攻擊，根本顧不上家庭生活。
因此從歷史背景來推測，朱標的出生是存在很多疑點的。後來《南京太常寺志》的公開，這個疑點就更加顯著了。按照這部史料記載，太廟配享時馬皇后所在是沒有子嗣的。朱標和朱樉、朱棡是配享在李淑妃下面，而朱棣和朱橚是配享在碽妃下面。在關於朱棣身世的文章中已經分析過，朱棣不可能是馬皇后的兒子。他的母親碽妃的身份可能不是高麗人或元朝人，應該是朱元璋在戰爭時期的其他妾室。朱棣登基後為了讓自己變得合乎明朝法理，故意隱藏了母親的身份，把自己強行的安排到馬皇后名下。
如此說了《南京太常寺志》應該是可信的，似乎朱標就是李淑妃的兒子。可從其他的史料推測，朱標又不太可能是李淑妃所生。從李淑妃父親李傑的墓志銘看，李傑是在至正十六年投靠朱元璋的。如此看來，李淑妃到朱元璋身邊的時間在朱標出生之後，那怎麼可能是朱標的母親？而且李淑妃只比朱標大三歲，這就排除了李淑妃生子的可能性。如果這個推測成立，那《南京太常寺志》中的記載就存在重大錯誤。可是從這些記載來看，這是經過嘉靖皇帝朱厚熜批准的，是為了修改朱棣的廟號而專門修訂的，理論上不應該存在錯誤。
實際上從這部分內容出現的歷史背景來看，也是存在很大爭議的。朱厚熜改朱棣的廟號，從太宗改為成祖，目的是為了強化自己的皇帝地位，使自己的皇位具備正統的合法性。所以在管理皇室內部事務的太常寺方面，對應的記載文檔一定會進行相應的修改。他將朱棣從宗改為祖，也有著把朱棣即位看作明朝重建的意思，而朱元璋時期就成了單列的另一個王朝。從這個角度看，朱棣是不是歸屬於馬皇后已經不重要了，所以把朱棣擺在碽妃的序列上是可以的。因此只需要把朱棣和朱標並列，就能夠讓朱棣的皇位符合法理。
從這個角度看，《南京太常寺志》似乎是故意壓下朱標的地位，使其與朱棣平行，目的是讓朱棣符合明朝皇室的繼承制度。所以朱標等其他皇子都不能放在馬皇后之下，否則朱棣都不具有合法繼承權。為了將朱棣提升為成祖，朱棣也不能放在馬皇后之下，這就使得馬皇后的子嗣被懸空了。如果這種解釋成立，那朱標被列在李淑妃之下很可能是朱厚熜故意為之，目的是為了給自己皇位增加合乎法理的地位。那麼問題又回到了最初的層面，那朱標到底是不是馬皇后的兒子呢？為什麼史料中存在如此多的疑點呢？
通過上述分析可以確定一點就是，《南京太常寺志》所記載的內容是朱厚熜為了維護朱棣的合法地位而做的修改。如此看來，關於朱棣的內容是可信的，而關於朱標等其他皇族的內容存在很大疑點。所以朱棣是碽妃之子的可能性極大，而朱標是李淑妃之子的可能性極小。依照這個推論，那朱標幾乎百分百就是馬皇后的兒子了。可是從朱元璋的嬪妃序列來看，這種說法也是具有疑點的。至少馬皇后三年產三子的疑點就沒法解答，她怎麼可能有如此高的生產頻率？這種現象在古代是非常罕見的，尤其是在戰爭年代。
其實在馬皇后和李淑妃之間，朱元璋還有位孫貴妃。這位孫貴妃的地位很高，僅在馬皇后之下，輔佐馬皇后管理後宮的。雖然從時間段上看，朱標出世時孫貴妃只有十三歲，而且她在十八歲才被朱元璋納為妾，但從朱元璋對待孫貴妃的特殊態度上卻讓人生疑。
孫貴妃無子，但朱元璋卻對他恩寵有嘉，很多生兒子的嬪妃在地位上遠不如孫貴妃。這種現象在封建時代是非常少有的，不得不讓人懷疑朱元璋的出發點。更讓人質疑的是，孫貴妃去世時，朱元璋讓所有皇子為孫貴妃戴孝，甚至於朱標發生衝突，這就非常不正常了。
孫貴妃地位雖高，但畢竟不是皇后。馬皇后還在世的情況下，朱元璋讓所有皇子給孫貴妃戴孝，這已經是非常過分了。最為過分的是，居然讓皇太子朱標服喪三年，這就太奇怪了。為了這個事情，朱標這麼老實的人都跟朱元璋起了衝突，氣得朱元璋拿劍砍朱標，這是多大的火氣？雖然最後在馬皇后和大臣們的勸阻下，朱標沒有以太子身份服喪，但周王朱橚還是代替朱標服喪三年。這種明顯有違皇族禮法的事情，朱元璋竟然逼著兒子幹，這就太過反常了。所以有理由懷疑，這位孫貴妃才是朱標的親身母親，而馬皇后只是嫡母和養母。
朱標拒絕給孫貴妃服喪的理由很明確，就是嫡子不跟庶母服喪，這是完全符合禮法的。朱元璋強迫朱標服喪，還逼著其他兒子戴孝，這是非常不合理的。如果是馬皇后的葬禮，這麼做到無可厚非，但孫貴妃畢竟不是皇后，而且皇后還在世。但如果孫貴妃是朱標的親身母親，那事情就合情合理了。
根據朱標出生的時間來看，他從孫貴妃改為馬皇后之子並非不可能。當時朱元璋剛剛打下集慶，開始以此為根據地發展自己的勢力，謀求脫離紅巾軍的序列。為了讓自己的地位更穩固，也讓手下的將軍們有個盼頭，搞個世子出來也是很正常的。將朱標作為馬皇后的兒子，在政治上是有很大象徵意義的。
有人可能會對孫貴妃的年齡，和她被納妾的時間提出質疑。這個倒比較好解釋，多半是朱元璋故意為之。畢竟那時候是戰爭年代，時間上就是朱元璋說了算，也沒有專門的起居注。為了讓孫貴妃的嫌疑少一些，穩固朱標的太子地位，把兩人關係說得越淺，對朱標也就越有利。從這個角度推測，孫貴妃也很有可能是朱標的母親。如果這個成立，馬皇后在進入集慶後三年生兩子就合理多了，至少朱標的出生不會那麼突兀。畢竟進入集慶後局勢相對穩定，馬皇后生子的可能性還是有的。從上述分析來看，孫貴妃是朱標母親的可能性也是極大的。